בחודשים אוגוסט–ספטמבר 2009 נערכה חפירת הצלה באתר נחל סכר VI (אתר B81; הרשאה מס' 5717-A; נ"צ 18352-5/55626-33) לקראת הרחבת כביש 40 מבאר שבע לצומת הנגב. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון החברה הלאומית לדרכים בישראל בע"מ, נוהלה על ידי ע' ברזילי ונ' אגא (צילום שטח), בסיוע י' מילבסקי וה' אשכנזי (ניהול שטח), ש' לנדר וי' אל-עמור (מנהלה), ע' מרדר וח' חלאילה (בדיקות מקדימות), י' רסקין, נ' שרפי ונ' פורת (גיאולוגיה), ו' אסמן, מ' קיפניס וט' קורנפלד (מדידות ושרטוט) ול' ברדה
(GPS).
האתר נמצא בחלק התיכון של נחל סכר, בגובה של כ-350 מ' מעל פני הים, מדרום-מזרח לרמת חובב (איור 1). האזור, המכוסה כיום בדיונות חול פעילות (3–10 מ' עובי), נמצא במגע בין חולות חלוצה ממערב לבין גבעות הגיר של רמת בקע ממזרח. כיום האקלים באזור מדברי וממוצע המשקעים השנתי הוא כ-200 מ"מ.
האתר נתגלה בשנות ה-50 של המאה הקודמת בחתך הכביש (F. Burian. and E. Friedman. 1975. Prehistoric Sites in the Nahal Sekher Area. Mitekufat Haeven—Journal of the Israel Prehistoric Society 13: 68–69). בשנת 1981 נערכה בדרום האתר חפירת הצלה מצומצמת (18 מ"ר) ונחשפו שרידים מן התרבות הנטופית שכללו בעיקר כלי צור רבים, לרבות סהרונים, ואבנים שרופות (A.N. Goring-Morris and O. Bar-Yosef. 1987. A Late Natufian Campsite from the Western Negev, Israel. Paléorient 13/1:107–112). שטח האתר הוערך בכ-60 מ"ר אך אי אפשר היה לאמת זאת עקב כיסויו בחולות. במסגרת סקר החרום בנגב זוהו באזור 35 אתרים פרהיסטוריים מן התקופות הפליאוליתית העליונה, האפיפליאוליתית, הניאוליתית והכלקוליתית (חדשות ארכיאולוגיות פ–פא: 57–58). על הגדה הצפונית של הנחל, כקילומטר אחד למערב, נמצאו אתרי חניה כלקוליתיים (I. Gilead and Y. Goren. 1986. Stations of the Chalcolithic Period in Nahal Sekher, Northern Negev. Paléorient 12/1:83–90.).
בחודש יוני 2009 נפתחו באתר תעלות בדיקה. זוהה מפלס ארכיאולוגי והתברר ששטח האתר (כחצי דונם) מכוסה בדיונת חול (כ-2 מ' עובי בצפון-מזרח, כ-0.7 מ' עובי בדרום ובמערב).
החפירה הנוכחית נערכה בשלושה שטחים (A–C). שטח A נחפר בתת-ריבועים
(0.5×0.5 מ') תוך תיעוד בקואורדינאטות של פריטים דיאגנוסטיים דוגמת סהרונים וגרעינים, ואילו שטחים B ו-C נחפרו ברשת (5×5 מ'). כל הסדימנט שנחפר נופה בנפה 1 מ"מ. נחשפו שרידי מחנה ארעי מן התרבות הנטופית (שטח A) וכן עדות לנוכחות בתקופות הכלקוליתית, הביזנטית והעות'מאנית (שטחים A ו-B).
שטחA (גודל 165 מ"ר)
על דיונת חול יציבה נחשף מפלס ארכיאולוגי דק (2–5 ס"מ עובי; איור 2) המורכב בעיקר מפריטי צור ואבנים שרופות. השטח נחלק לשניים, אזור מפולס גבוה במזרח ואזור משופע בשוליים בדרום ובמערב. במרכז האזור המפולס נמצאה עמדה להכנת כלי צור שכללה סדן אבן שבור, מקבות, גרעין להבונים מצור וסהרוני חילוואן גדולים (איור 3), ולכן נראה שהממצא באזור זה הוא באתרו. לעומת זאת, הממצא בשוליים סחוף שכן המפלס הארכיאולוגי נמצא בשיפוע ובריבועים D14–B11 אף חדרו ממצאים אל מתחת למפלס (עד 0.3 מ' עומק).
מכלול הצור מתאפיין בגרעיני להבונים (איור 4:A), פסולות סיתות וכלים. נראה שמטרת הסיתות העיקרית באתר הייתה הפקת להבונים שמהם עיצבו סהרונים. הסהרונים כוללים בעיקר סהרוני חילוואן גדולים (איור 4:B) האופייניים לתרבות הנטופית הקדומה וסהרונים קטנים בעלי גב (איור 4:C) האופייניים לתרבות הנטופית המאוחרת. הופעת שני הטיפוסים יחד באתר מעלה את השאלה האם היו בו שני שלבים, קדום ומאוחר, או שלב מעבר אחד שבו התקיימו שני הטיפוסים? ניתוח הפיזור המרחבי של פריטי הצור באתר ובחינת דגמי הפטינה שעליהם עשויים לתת בעתיד תשובה לכך.
נמצאה כמות לא מבוטלת של אבנים שרופות המעידות על קיום מוקדים, שלא זוהו בחפירה. כמו כן נמצאו ריכוזים גירניים שמקורם בשורשים ובעצמות, חרוזים מצדפי דנטליום שמקורם בים סוף, ושברים של ביצי יען האופייניים לתרבות הנטופית באזור הנגב (איור 5).
במזרח השטח נמצאו על פני המפלס שברי כלי חרס אחדים מן התקופה הכלקוליתית, ומכאן שהאתר נחשף חלקית בתקופה זו. ייתכן שמקור כלי החרס באחד האתרים הכלקוליתיים שזוהו בסביבה (חדשות ארכיאולוגיות פ–פא; Gilead and Goren 1986).
שטחB (גודל 150 מ"ר)
אזור שקוע על דיונה פעילה (איור 6) שנמצאו בו פריטים שלא באתרם. הממצא כולל פריטי צור מן התקופה הכלקוליתית, שברי כלי חרס מן התקופות הביזנטית והעות'מאנית ואבנים שרופות.
שטחC (גודל 75 מ"ר)
שקע ללא ממצאים, למעט נתזי צור לא אינדיקטיביים אחדים.
הממצא הנטופי באתר, ובמיוחד עמדת הסיתות והסהרונים הרבים, מצביע על פעילות הקשורה לציד. סביר להניח שמיקום האתר, כמו גם הימצאות אתרים נטופיים אחרים בסביבה דוגמת נחל סכר 23 ונחל סכר 30 (A.N. Goring-Morris. 1987. At the Edge: Terminal Pleistocene Hunter-Gatherers in the Negev and Sinai [BAR Int. Ser. 361]. Oxford), קשורים לאגם העונתי שהתקיים במורד הנחל, כקילומטר וחצי ממערב לאתר (י' אנזל. 1984. הגיאומורפולוגיה של נחל סכר התחתון. עבודת מוסמך, האוניברסיטה העברית, ירושלים).
לאחר נטישתו נחתם האתר בחולות נודדים עד לתקופה הכלקוליתית, אז נחשף בחלקו במזרח, ולאחר מכן כוסה עד ימינו בשכבת חול עבה. השרידים הכלקוליתיים המועטים, שכוללים שברי כלי חרס בשטח A ופריטי צור בשטח B, עשויים להצביע על קיום אתר חנייה סמוך או קשורים לאתרי חנייה אחרים באזור.