בחודשים אוקטובר–נובמבר 2001 נערכה חפירת בדיקה בחורבת בני ברק לאורך צדה הדרומי של דרך לוד וצמוד לה, דרומית-מערבית למחלף מסובים ומעט צפונה לתל (הרשאה מס' 3510-A; נ"צ — רי"ח 183836-994/660578-632; רי"י 133836-994/160578-632) בעקבות בדיקות שערך כלי מכני בפיקוח א' גליק. החפירות, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת מקורות, נוהלו על ידי אק"מ ון דן ברינק, בעזרת ד' גולן, ו' אסמן וט' קורנפלד (מדידות), י' רחמים (מנהלה), צ' שגיב (צילום), מ' בן-גל (רפאות), מ' רפפורט (ציור), ד"צ אריאל (מטבעות) ל' קולסקה-הורביץ (ארכיאוזואולוגיה) ונ' ליפשיץ (זיהוי עץ).
הורחבו עשר תעלות בדיקה באמצעות כלי מכני שהסיר את שכבת פני השטח (כ-0.8–1.0 מ' עובי) שהופרעה בעת החדשה. נפתחו חמישה ריבועים (A, D, E, J, K) וארבע יחידות קטנות יותר (B, C, F, H; 2.25 × 2.25 מ'; איור 1). הובחנה בהם סטרטיגרפיה לא רציפה של שכבות המתוארכות לתקופות ההלניסטית, הביזנטית, האסלאמית הקדומה ותקופת המנדט הבריטי. רבדים של פעילות אנושית נמצאו על פני או מתחת למשקעים אלוביאליים סטריליים ומהודקים.
החומר הקדום ביותר בחפירה נמצא בבור אשפה שנחשף כ-3 מ' מתחת לפני השטח בריבוע G. הבור תוארך למאה הג' לפנה"ס והכיל שברי כלי חרס הלניסטיים הניתנים בחלקם לרפאות ובהם בעיקר קנקנים בינוניים בגודלם וכלי שולחן פשוטים, שבהם בולטות קערות מעוגלות אופייניות.
שכבה יישוב שנייה המתוארכת לתקופה הביזנטית הקדומה נמצאה בכל הריבועים והיחידות. שרידים של רצפות חלוקי גיר הקשורות לפעילות טחינה נמצאו באתרם בשלושה ריבועים. טיפוס הכלי הנפוץ ביותר שנתגלה הוא קנקן עזה, המוכר באזורי הדרום והחוף ומתוארך למאות הה'–הו' לסה"נ. כן נתגלו ברובד זה כמה נרות ומטבעות. עצמות בעלי חיים גדולות למדי שנמצאו בשכבות אלה הן מקור מידע על משק בעלי החיים בתקופה זו.
שכבה ובה שרידים ארכיטקטוניים מן המאה הי' לסה"נ נמצאה רק בקצה המזרחי של האתר, בריבועים J ו-K (אינם מוצגים באיור1). אלה יכולים להיות משויכים לקרמיקה שנמצאה באתרה בריבוע E ומתוארכת למאות הט'–הי' לסה"נ.
שלב היישוב האחרון באתר נמצא סמוך לפני השטח ובו שרידים ארכיטקטוניים אקראיים וחרסים הכוללים שברים של רעפי מרסיי וכלי עזה שחורים. שכבה זו מתוארכת לתחילת המאה הכ' לסה"נ.