טרם החפירה נהרסה הדופן הדרומית-מזרחית של הבור. הבור (כ-7×7 מ', 4.5 מ' עומק; איור 1) נבנה בתוך חציבה מלבנית גסה. דופנות הבור נבנו במרחק של כחצי מטר מהדופן החצובה של הסלע, והשטח ביניהם מולא בעפר ושברי סלע (איור 2). דופנות הבור נבנו באבני גזית גסות (כ-0.25×0.30×0.40 מ'), שהודקו בחומר מליטה של סיד והרבה פחם. בתקרת הבור נבנו ארבע קשתות מצטלבות, הנתמכות בעמוד איתן רבוע (1.45×1.45 מ'), שנבנה באמצע הבור. בתקרת הבור הותקנו שני פתחים. לימים נסתמו שני פתחים אלה באבנים ומעליהן נוצק בטון שאטם את הבור לחלוטין.

דופנות הבור והתקרה טויחו בשכבה עבה (7 ס"מ עובי מרבי) של טיח הידראולי אפור, שמעורבים בו הרבה גריסי אבנים וקרמיקה. השכבה החיצונית של הטיח חלקה, ללא גריסים. בקרקעית הבור, מתחת לפתח המזרחי, הותקן שקע רדוד (כ-0.3 מ' קוטר) שנועד לאיסוף פסולת. בחלק העליון של הדופן הצפונית-מערבית יש כניסות של שני צינורות חרס (איור 3). הצינור הצפוני (0.25 מ' קוטר) נמצא בגובה של של 4 מ' מקרקעית הבור, והוא שימש להזנת הבור. כיוון הצינור מלמד שהוא הוליך מים מהגג של האגף הישן ומהחצר אל הבור. הצינור הדרומי (0.3 מ' קוטר) נמצא בגובה של כ-3.5 מ' מעל קרקעית הבור, והוא ניקז עודפי מים מהבור החוצה. על דופנות הבור ניכרים עקבות של חמישה מפלסים שונים של מים. המפלס העליון נמצא הישר מתחת לגובה צינור החרס הדרומי ועקבותיו בולטים ורחבים, ולכן נראה כי במשך רוב תקופת השימוש בבור הוא התמלא עד למרב תכולתו (180 מ"ק ויותר).
 
מסמכים של החברה האימפריאלית הרוסית-אורתודוקסית בירושלים מספקים מידע חשוב אודות חצר ויניאמין (http://ricolor.org/russia/ippo/h/veniamin/). האגף המערבי של בית 43 הוא הקדום במכלול. הוא נבנה בשליש האחרון של המאה הי"ט, והיה שייך עד שנת 1887 לבנקאי היהודי יוהנס פרוטיגר. החצר כללה אז ארבעה מבנים ושני בורות מים. הבור שתועד בחפירה הוא אחד משני בורות אלו. הדופן הצפונית-מערבית של בור זה מקבילה לאגף המערבי הקדום בחצר, ועל כן נראה כי מיקום הבור הותאם למבנה. הבור השני נהרס כנראה במהלך בניית אגף חדש במקום (להלן). בחודש מרס 1887 נמכרה החצר להירומונק (כומר) רוסי, האב וניאמין, שהיה בירושלים בשליחות רוסית אורתודוקסית ופתח במקום הוספיס לעולות רגל זקנות אשר רצו למות ולהקבר בעיר הקודש. בשנת 1891 נמסר ההוספיס לחברה האימפריאלית הרוסית-אורתודוקסית. בשנת 1893 נבנה צמוד לאגף המערבי אגף חדש, הממוקם מצפון-מזרח לבור המים שנחפר. בצילום שנעשה אחרי שנת 1893 ניכר הפתח המזרחי של הבור; הפתח המערבי שלו נסתם במהלך בניית האגף החדש (http://palomnic.org/gallery/v/19-vek/ippo/ven/6.jpg.html). ברשימה של נכסי החצר משנת 1910 הוזכרו חמישה מבנים ושלושה בורות מים, האחד הוא בור גדול שנמצא ליד המבנה הישן (הבור שתועד בחפירה) והשניים האחרים הם בורות קטנים בדרומה של החצר. אחד מהבורות הקטנים נהרס טרם החפירה ומיקום הבור השני אינו ידוע. לא מן הנמנע שגם הוא נהרס טרם החפירה. באותה רשימה צוין כי שני הבורות הקטנים סיפקו את כל צרכם של המתגוררים במקום, וכי הוחלט כי המים מהבור הגדול ימכרו.
נראה כי הבור שתועד בחפירה נבנה יחד עם האגף המערבי של בית 43 בשליש האחרון של המאה הי"ט. מי הבור התנקזו מגג המבנה ומרצפת החצר. בשנת 1893 נבנה לאורך הדופן הצפונית של הבור אגף חדש של הבית. השימוש בבור נמשך, אך פתחו המערבי נסתם. לא ידוע מתי פסק השימוש בבור.