תועדו שלוש מערות טבעיות (F3–F1; כ-2 מ' עומק, 3–4 מ' רוחב; איורים 2–4), שנפגעו מכלים מכניים במהלך עבודות הפיתוח. תנאי השטח לא אפשרו חפירה, ועם זאת נבדקו חתכי המערות.

לשלוש המערות פתח עליון דמוי פיר המוביל פנימה ממזרח למערב. ייתכן שהיו למערות פתחים נוספים.
מערה F2 שימשה לקבורה. נמצאו שרידים של שני בוגרים וילד שראשיהם פונים לדרום (L3). זיהוי גיל הנקברים ומינם התאפשר בזכות השתמרותן הטובה של העצמות והשיניים (ר' אשד להלן). הנפטרים הונחו סמוך לדופן המערבית של המערה. לצד הראש הונחו מנחות קבורה, בהן פכית קטנה שנמצאה שלמה (איור 2:5).
שברי כלי החרס שנמצאו במערה תוארכו לסוף התקופה הכלקוליתית: קערה (איור 1:5), פכית תמימה קטנה (איור 2:5) וידיות מדף (איור 3:5, 4).
 
אנתרופולוגיה פיזית
ורד אשד
 
בעת ניקוי החתך של מערה F2 נחשפו עצמות אדם של שלושה פרטים: עצמות גוף מגושמות של זכר בוגר, שגילו מעל 19 שנים; עצמות גוף עדינות מאוד של נקבה בוגרת שגילה מעל 19 שנים; ועצמות גוף, עצמות גולגולת ושיניים של ילד, השוכב בכיוון צפון–דרום וראשו פונה לדרום. גילו, לפי השלב של התפתחות שיניו, 5–6 שנים.

 

נראה שמערה F2, שבה זוהה קבר, היא היחידה משלוש המערות שנחתכה במרכזה מכלי מכני. סביר להניח שכולן, ולא מערה אחת בלבד, שימשו לקבורה. המערות מרוחקות זו מזו מטרים ספורים, כיוונן דומה ומידותיהן כמעט זהות. ייתכן שבכל מערה נקברו יותר משלושה אנשים. ידוע כי בתקופה הכלקוליתית הועדפה קבורה קבוצתית של בני המשפחה המורחבת על קבורה נפרדת של בני תא משפחתי קטן. בחפירה לא נמצאו מנחות קבורה נוספות, כגון תכשיטים או פריטי נחושת, מלבד כלי חרס, אך היקף החפירה אינו מאפשר להעריך מה היה מעמדם החברתי של הנקברים.

עד כה לא נמצאו קברים או יישובים מן התקופה הכלקוליתית בסביבה הקרובה לאזור החפירה. השרידים הקרובים ביותר תועדו באזור העיר שוהם (ון דן ברינק 2005) ובשכונת בוכמן שבדרום-מערב מודיעין (ון דן ברינק 2007).