עם תחילת החפירה ניכר היה כי השטח הופרע מעבודת כלים כבדים של היזם ומעבודות הפיקוח, שחשפו את תחום שרידי המחצבה. בחפירה הוסרו מילויים של אדמת טרה רוסה מעל פני הסלע, הקשורים כנראה במדרגות עיבוד שהיו במקום, אולם הללו לא נראו בתחילת החפירה. עוביים של המילויים השתנה מאזור לאזור, בהתאמה לשיפוע הסלע ולשקעים הטבעיים והחציבות שנעשו בו. הממצא שעלה מהמילויים היה מועט, ובו מעט שברי גוף מצולעים של קנקנים(לא צוירו). בכל מקום שנחפרו מילויים נחשף מתחתם הסלע (סה"כ שטח של כ-160 מ״ר), ועליו נמצאו עדויות לחציבה. החפירה באתר נעשתה במגבלות השטחים המיועדים לבנייה, בשני מלבנים: צפוני (10 × 13 מ') שנחפר במלואו, ודרומי (5.5 × 6.7 מ') שחפירתו לא הושלמה (איור 3).

הפאות הצפונית והמערבית של שרידי המחצבה שנחשפו במלבן הצפוני-מזרחי נחצבו במדורג אל תוך שכבת הנארי הקשה. כתוצאה מכך נוצרה ׳חצר׳ מלבנית (5 × 7 מ') בציר אורך צפון-מזרח–דרום-מערב. הפאות המזרחית והדרומית של החצר נחצבו חלקית בלבד ועדיין אפשר היה להבחין בהן בפני הסלע המקוריים. סימני החציבה שנותרו בסלע בתחומי אזור זה מאפשרים לעקוב, במידת מה, אחר האופן שבו נחצבו אבני הבנייה:
א. סימון הגושים המיועדים לחציבה. בחלקו המערבי של קטע זה ניכרות בפני הסלע שש חציבות מלבניות רדודות (0.5 × 0.9 מ', כ-2 ס"מ עומק), סמוכות זו לזו (איור 4). חציבת תעלה רדודה סימנה את המתאר הרצוי של אבני הבנייה טרם חציבתן. החוצבים הקפידו להותיר מרווח קבוע של כ-0.1 מ' בין הגושים ולתוך מרווח זה נחצבו תעלות ניתוק.
ב. תעלות הניתוק (כ-0.1 מ' עובי ממוצע). בפינה הצפונית-מערבית של קטע זה נמצא גוש (0.4 × 0.7 מ', 0.45 מ' גובה), שהופרד מהסלע מכל צדדיו בתעלות ניתוק, אולם לא נותק מהסלע סופית (איור 5). תעלות הניתוק בצדדים הדרומי והצפוני של גוש זהמלמדות כי החציבה נעשתה מלמעלה כלפי מטה, כלומר ממערב למזרח.
ג. ניתוק הגושים מהסלע. לאחר שנחצבו תעלות הניתוק סביב גוש האבן אפשר היה להפרידו בעזרת אזמל או לום. לא נמצאה אחידות במידות תשלילי החציבה וסימני החציבה (כ-1 מ' אורך גוש ממוצע, כ-0.4 מ' רוחב).
בשטח החפירה נחשפו שתי חציבות מעוגלות (L102, כ-0.7 מ' קוטר, 0.6 מ' עומק; L103, כ-0.4 מ' קוטר, 0.5 מ' עומק), וייתכן כי הן קשורות במתקנים שקדמו לשלב שבו האזור שימש מחצבה. אפשרות נוספת היא שהחציבות שימשו לקיבוע עמוד עץ שתמך בקירוי קל.
בפינה הדרומית-מזרחית של קטע מחצבה זה נחשפה גומחה חצובה (L104; כ-0.3 מ' קוטר, 0.5 מ' עומק; איורים 3, 6). ניכר כי חלק מהדופן המערבית של הגומחה הוסר בפעולת החציבה ולכן היא מאוחרת לה. יש להניח מכך שהיו באזור מתקנים על פני הסלע שבוטלו בעקבות החציבה.
 
חפירת הקטע הדרומי-מזרחי לא נסתיימה עם תום החפירה, אולם גם באזור זה ניכרים בפני הסלע סימני חציבה. על פי חתך החפירה המזרחי באזור הונחו על פני המחצבה מילויים של אדמת טרה רוסה (L101; כ-0.9 מ' עובי). גוון המילוי מתחלף בסנטימטרים הספורים (0.1 מ') מעל לסלע מחום אדמדם לחום-בהיר, ומעורב בבליה מהסלע. כמעט ולא נמצאו חרסים במילוי זה. מעט החרסים שנמצאו בפני השטח היו שברי גוף מצולעים של קנקנים, לא אינדיקטיביים.
 
בחפירה הובחן כי יסודות המבנה העות׳מאני, שנחפרו בשנת 2013 ופורקו לגמרי טרם החפירה, צמודים לשטח המחצבה ממערב וכיסו חלקית את המחצבה. מכאן ששלב השימוש הראשון במחצבה קדם להקמת המבנה. עם זאת, היעדר ממצא קרמי או כל ממצא מתארך אחר, מקשה לקבוע באיזו תקופה שימשה המחצבה, או לשלול את האפשרות כי היא המשיכה לשמש במהלך התקופה העות'מאנית.
באזור פסגת נ"ג 411 פזורות אבני בנייה רבות, חלקן משולבות בשימוש משני בקווי גדרה ומדרגות עיבוד. במדרונות המזרחי והדרומי של הגבעה נחצבו חללים רבים: בורות מים, מערות קבורה ומתקנים חקלאיים, המלמדים על קיומו של יישוב בתקופה קדומה. על פני משטחי הסלע ומדרגות העיבוד פזורים חרסים מהתקופות הרומית והביזנטית. ייתכן אם כן ששרידי המחצבות הנרחבות, שנחשפו בחלקם בחפירה, קשורים ביישוב שכאמור סמוך לחורבת בית נטיף. ייתכן כי מחצבות אלו שימשו בחלקן גם במהלך התקופה העות'מאנית, זמנו של הכפר הערבי בית נטיף.