החפירה נפתחה מדרום-מזרח לשער הדרומי-מערבי וכ-100 מ' מצפון-מערב לבית הכנסת 'בית לאונטיס' ונחשפו בה שלוש שכבות (כ-70 מ"ר; איור 2): שכבה III — שכבת סחף שהכילה כלי צור מהתקופה הכלקוליתית וחרסים מתקופת הברונזה הקדומה I; שכבה II — שרידי מבנה גדול מהתקופה הרומית (המאות הב'–הד' לסה"נ) שכלל חדרים וחצר;שכבה I — קירות, תעלות ומפלסי חיים מהתקופה הביזנטית (המאות הד'–הז' לסה"נ).

 
שכבה III. ביסוד קיר משכבה II (ב-W2) וממערב לו נחפרה שכבת סחף של אדמה אפורה ואבני גוויל קטנות (L41), ובה כלי צור המתוארכים לתקופה הכלקוליתית וחרסים מתקופת הברונזה הקדומה I. במכלול נמצאו חמישה פריטי צור (לא צוירו), ששניים מהם זוהו: גרזן דו-פני ואזמל דו-פני. הגרזן עשוי צור ורדרד והיה שחוק מאוד, כנראה פריט סחוף. שאר הפריטים הותזו מצור בגוון צהוב-אפרפר והשתמרו היטב. הגרזן והאזמל הם חלק מקבוצת כלים המופיעה לראשונה בתחילת התקופה הניאוליתית הקדם-קרמית, ונפוצה במכלולים שזמנם עד התקופה הכלקוליתית (Barkai and Yerkes 2008; Barkai 2011). במכלול כלי החרס מתקופת הברונזה הקדומה I מגוון כלים, בהם שלושה שברי קנקנים (איור 3).
 
שכבה II. נחשף חלקו הדרומי של מבנה מונומנטלי גדול, שהיו בו כנראה חצר ומערכת חדרים.מהחצר (כ-20 מ' אורך) נחשפו שלושה קירות תוחמים (W11 ,W2 ו-W12), ונראה שהמבנה המשיך אל מחוץ לתחום החפירה. הקיר המערבי של החצר (W2; כ-3.8 מ' אורך חשיפה, 1.8 מ' רוחב) השתמר לגובה שני נדבכים והתחבר ככל הנראה לקיר 11 בניצב. הקיר נבנה בניית גוויל מאבני בזלת ומעט אבני גיר, והושתת על שכבת סחף של אדמה אפורה (L41; שכבה III). הקיר הדרומי של החצר (W11; כ-30 מ' אורך חשיפה, 1 מ' רוחב) נבנה בנייה יבשה מאבני גוויל בזלתיות גדולות ואדמה אפורה, ונשתמר לגובה 2–3 נדבכים. יסוד הקיר עשוי משכבת אבני גוויל קטנות הבולטות משני פני הקיר, והוא הושתת על שכבת סחף. קטעים גדולים מחלקו המערבי של הקיר פורקו עד היסוד, וחלקו המזרחי פורק בתקופה הביזנטית.
רצפת החצר (L18 ,L14), העשויה אבני גוויל קטנות מבזלת וגיר, ניגשה לקירות החצר, ונמצאה עליה שכבת מילוי של פסולת בית מרחץ (איור 4) שהכילה אבני גוויל קטנות, קוביות פסיפס אבן, שברי צינורות חרס, רעפים, טיח וחרסים מהתקופה הרומית. בממצא כלי החרס זוהו קערה ממורקת אדום שלה בסיס שטוח (איור 1:5), ממשפחת הסיגילטה האיטלקית (Italian Sigilata), שזמנה המאה הא' לסה"נ; קערה שלה דופן מתעגלת (איור 2:5) הדומה בצורתה לקערות הפיניקיות המתוארכות לאמצע המאה הא' לסה"נ; סיר בישול סגור (איור 3:5) מטיפוס כפר חנניה C4, המתוארך ל-135–300 לסה"נ, כמוהו נמצאו בציפורי (Balouka 2013: Pl. 15:15); קנקן שלו שפה משולשת ורכס בבסיס הצוואר (איור 4:5), מטיפוס שכמותו נמצאו בבית שאן בקיסריאום ובמכוור (Sandhaus 2007:119, Fig. 6.2:6, 7; Loffreda 1996:47 Fig. 16:11, 12), ותוארך בהם לפרק הזמן שבין המרידות, 70–135 לסה"נ; קנקן שלו שפה מחורצת וצילוע רדוד על כתפו (איור 5:5), נפוץ יותר באזור הדרום ומתוארך למאות הא'–הב' לסה"נ.
באגף המזרחי נחשפו שלושה חדרים (CA). חלקו הדרומי של חדר A המלבני (8 מ' אורך חשיפה, 3.8 מ' רוחב) נחשף עד מפלס יסוד הקירות. כל קירות החדרים נבנו בניית גוויל מאבני בזלת ואדמה אפורה, והשתמרו לגובה ארבעה נדבכים שהושתתו כנראה על שכבת סלע טרוורטין. ביסוד הקירות נמצאו חרסים מהתקופה הרומית ובהם ממשפחת הסיגילטה האיטלקית שזמנה המאה הא' לסה"נ (L33; לא צוירו). רצפת החדר (L26), העשויה מגיר כתוש ואדמה אפורה, ניגשה לקירות החדר והושתתה מעל סלע הטרוורטין (איור 6). מעל הרצפה שכבת מילוי של אדמה בהירה ואבני טרוורטין, מעט אבני גוויל בזלתיות וטיח (L19). שכבת המילוי הכילה חרסים מן התקופה הרומית, בהם קדרות בישול מטיפוס כפר חנניה A3 (איור 1:7, 2) שלהן גוף חביתי ושפה שבה שקע לקליטת מכסה, מטיפוס שהיה בשימוש באמצע המאה הא' לפסה"נ ועד אמצע המאה הב' לסה"נ; קדרת בישול (איור 3:7) שלה גוף חביתי ושפה מחורצת, וזמנה המאה הב'–אמצע המאה הג' לסה"נ, שכמותה היו נפוצות באתרי הגליל; סיר בישול פתוח שלו ידיות אופקיות (איור 4:7), המתוארך למאות הא'–הב' לסה"נ, ולו תואמים מכסים מצולעים ושטוחים (איור 5:7, 6); קנקנים שלהם שפה משולשת ורכס בבסיס הצוואר (איור 7:7, 8), הנפוצים באזור הגליל התחתון והעמקים ונתגלו בציפורי, שם תוארכו לשנים 70–135 לסה"נ (Balouka 2013: Pl. 6:64, SJ3); קנקן (איור 9:7) שלו צוואר מדורג המסתיים בשפה הנוטה חוצה ובחלקה הפנימי שקע רדוד, כנראה לקליטת מכסה, שכמותם נמצאו בציפורי ותוארכו לתקופה הרומית התיכונה (המאות הב'–הג' לסה"נ); אמפורה (איור 10:7), שכמותה נמצאו במכלולי המאה הא' לסה"נ ביריחו (Bar-Nathan 2002: Pl. 22:372); צפחת (איור 11:7) שלה רכס בבסיס השפה וצוואר ישר או מתכנס לכיוון החיבור עם גוף הכלי, גופה פחוס ואינו עגול, והיא מתוארכת למאה הא' לסה"נ, שכמוה מתוארכות ביריחו עד שנת 70 לסה"נ (Bar-Nathan 2002:169); ופך מסננת שלו שתי ידיות (איור 12:7) עשוי טין מפולם, שכמותו נמצאו בציפורי במכלולי התקופה הרומית (Strange 2006: Fig. 6.23:2).
חלקו המערבי של חדר B (כ3.8 מ' אורך, רוחב לא ידוע) נחשף באופן חלקי בלבד, ואילו חלקו המזרחי נחפר עד למפלס הרצפה (שכבה I). רצפת החדר (L29), העשויה מגיר כתוש ואדמה אפורה, ניגשה לקירות החדר. מעל הרצפה נחשפה שכבת מילוי של אדמה בהירה ואבני טרוורטין, מעט אבני גוויל בזלתיות וטיח (L10). שכבת המילוי הכילה חרסים מן התקופה הרומית, בהם קנקן (איור 13:7) שלו צוואר מדורג המסתיים בשפה הנוטה חוצה ובחלקה הפנימי שקע רדוד, כנראה לקליטת מכסה, שכמותם נמצאו בציפורי ותוארכו לתקופה הרומית התיכונה (המאות הב'–הג' לסה"נ).
חדר C מלבני (2 × 4 מ' פנים החדר; איור 8), נחשפו בו ראשי הקירות בלבד.
 
שכבה I. בתקופה הביזנטית נמשך השימוש במבנה הרומי. השינויים ניכרים בבניית תעלות והגבהת מפלסי רצפות. בחדר A, צמוד לקיר 12, נחשף קטע מריצוף (L13) של אבני גוויל בזלתיות בגודל בינוני, שהושתת על גבי שכבת מילוי (L19; שכבה II). בתשתית הריצוף, צמוד לקיר 12, הותקנה תעלת ניקוז (CH1; כ-5.8 מ' אורך חשיפה) בציר דרום–צפון, חלקה הדרומי חותך את קיר 11 והיא נמשכת אל מחוץ לתחום החפירה. התעלה כוסתה באבני גוויל בזלתיות מלוכדות בטיח (W20), והייתה מלאה בשכבה של אדמת טרוורטין אפורה שהכילה מעט אבני גוויל בזלתיות קטנות וחרסים (L39). רצפת התעלה ודופנותיה (0.15 מ' רוחב, 0.2 מ' גובה) עשויות מלבנים צרופות, מלוכדות ומטויחות בטיח כתום ורדרד (איור 9).
רצפת חדר B השתמרה בחלקה, מרוצפת אבני גוויל בזלתיות בגודל בינוני ואדמה אפורה (L29; איור 10) וזהה בבנייתה לרצפת חדר A. בתשתית הרצפה נחשף צינור חרס (CH2; כ- 2 מ' אורך חשיפה) מדופן באבני גוויל. בחדר C לא נחשפו שרידים מן התקופה הביזנטית.
שכבת סחף כיסתה את הרצפות בשלושת החדרים (L34 ,L10 ,L3), ובה נמצאו חרסים מהתקופות הרומית והביזנטית (לא צוירו), אבן שחיקה מבזלת (ר' איור 4:12) ו-12 מטבעות ברונזה, מהם רק שלושה שזוהו ותוארכו למאה הד' לסה"נ:
 
מס'
לוקוס
סל
תיאור
שליט/תאריך (לסה"נ)
מטבעה
ר"ע
1
3
111
DN CONSTANTINVS AVG, זר ובתוכו: VOT XX
קונסטנטינוס הא', 324-327
טיקינום
155562
2
34
166
זר ובתוכו: VOT XX MVLT XXX
קונסטנס הא', 341-346
אנטיוכיה
155563
3
3
108
טיפוס SECVRITAS REIPVBLICAE
364-375
 
155515
 
 
במערב המבנה נחשפו תשתית רצפה (L21) וקיר (W44; כ-0.88 מ' אורך חשיפה). הקיר, שכיוונו מזרח–מערב, נבנה בנייה יבשה מאבני בזלת גדולות מסותתות סיתות גס, והושתת על שכבת אבני גוויל קטנות ואדמה אפורה (L7); הוא נשתמר לגובה נדבך אחד. חלקו המערבי ניצב לקיר 2 (שכבה II); חלקו המזרחי נמשך אל מחוץ לתחום החפירה. מצפון לקיר 44 נחשפו שרידי תשתית רצפה (L21; כ-0.2 מ' עובי; איור 11) הניגשת לקיר 2, עשויה מאבני גוויל בזלתיות קטנות, מעט גיר ואדמה אפורה ועליהן צמידה של טרוורטין. שכבה זו הושתתה על שרידי רצפה 18 משכבה II. בתשתית הרצפה נמצאו חרסים מהתקופות הרומית והביזנטית, בהם שתי קערות מהתקופה הביזנטית (איור 1:12, 2) מטין חום מעורב בכמות גדולה של גריסים אפורים, מייצור מקומי, המאפיינות את אזור בית שאן (אבישר תשע"ד: איור 4:3, 6) ומתוארכות למאות הד' – ראשית הז' לסה"נ; וכן סיר בישול פתוח שידיותיו אופקיות (איור 3:12) שהופיע לראשונה בשקמונה במאה הא' לסה"נ (אלגביש 1977: לוח 21:IV), אך תוארך במכוור שבעבר הירדן למאות הא'–הב' לסה"נ, ובנצרת נתגלה בשכבות מן המאות הב'–הג' לסה"נ (Loffreda 1996: Fig. 35:11). מעל תשתית הרצפה נמצאה שכבת סחף של אדמה אפורה ואבני טרוורטין קטנות (L1) שהכילה שברי רעפים וחרסים מהתקופה הביזנטית (לא צוירו).
 
החפירה הרחיבה את הידע על אודות היישוב בתקופות הכלקוליתית והברונזה הקדומה I ועל גודל היישוב של ניסה-סקיתופוליס בתקופות הרומית והביזנטית. ייתכן שממצא כלי הצור מהתקופה הכלקוליתית הוא חלק מתעשייה קדומה שנחשפה בקרבת מקום (צורי תשכ"ב:188). ממצא כלי החרס מתקופת הברונזה הקדומה I, שנמצא ביסודות המבנה הרומי, מעיד על פעילות בתקופה זו באזור. שרידי המבנה, שנתגלו בחפירה ותוארכו על סמך ממצא כלי החרס לתקופות הרומית והביזנטית, ושרידי בית המרחץ שנתגלה מתחת ל'בית לאונטיס', מעידים על מבני ציבור מונומנטליים בקרבת שער העיר 'ניאפוליס'. פירוק בית המרחץ הרומי, שחלקים ממערכת הצינורות והלבנים ששימשו בו נמצאו בחפירה, מצביע על שינוי מהותי בתפיסת התכנון העירוני בתקופה הביזנטית. נראה כי בתקופה זו, מלבד חומות העיר, נבנו גם בתי מגורים, בתי אמידים ווילות מעל שרידי המבנים הרומים, תופעה המצביעה על התרחבות העיר הביזנטית אל מעבר לחומות.
עם הכיבוש האסלאמי, בשלהי התקופה הביזנטית–ראשית התקופה האסלאמית הקדומה (המחצית הראשונה של המאה הז' לסה"נ), ננטש המבנה ויצא מכלל שימוש.