המנזר נבנה כיחידה מלבנית סגורה בציר צפון-מערב–דרום-מזרח והוא מוקף מארבעת עבריו בקיר איתן (W205 ,W110 ,W108 ,W100; איור 1). צמוד לקירות החיצוניים נבנו חדרים ובמרכז המתחם נמצאו כמה חצרות. החצר הדרומית הרוסה מאוד, אך ניתן לזהות סביבה חדרים עם מיתקנים תעשייתים: בית בד, אורוות(?), מיתקני מים ובסיס מטחנת קמח. בחלקו הצפוני של המנזר נחשפה כנסייה (9 × 20 מ') המחולקת לשני חדרים עם רצפת פסיפס צבעוני שרק קטעים ממנה שרדו. באולם הכנסייה נותר קטע פסיפס לא רגולרי (3 מ"ר) שעליו דמויות אייל ותמנון (איור 2) וממערב לו אולם נוסף (9 × 10 מ'; איור 3) ששימש נרתקס. במזרח הכנסייה נותר רק תשליל האבנים והיסודות החצובים של האפסיס. צמוד לקיר הצפוני של המתחם נבנתה תעלת מים מטויחת שהובילה ככל הנראה לבור סמוך שהיה מעבר לתחומי החפירה. מדרום לכנסייה השתרעה חצר מוקפת עמודים, שרצפתה וחלק מבסיסי העמודים סביבה חצובים בסלע. בחצר בור מים המשמש עד ימינו את תושבי השכונה, ונראה כי הוא היה חלק ממערכת אגירת המים של המנזר.

 

במרכז החצר המוקפת עמודים שלוש כניסות למערכות קבורה תת-קרקעיות, שכולן כוסו בלוחות אבן רבועים בגובה החצר (איור 4). אל הקבר הקדום מוביל גרם מדרגות (3 מ' עומק) המוליך אל חדר קבורה (לוקוס 3001; 3 × 3 מ') שבו שלוש שקתות עם כריות ראש. לשתיים ארקוסוליה חצובה והשלישית היא קבר ארגז פשוט. בדופן המערבית של קבר זה צויר צלב מלטזי בצבע אדום, שנמחק בשריטות שתי וערב ככל הנראה על ידי מוסלמים. מדרום לו נחצב קבר נוסף שאליו יורד גרם מדרגות (2.5 מ' עומק). בחזיתו עיגול שקוע מעט שהיה בו כנראה צלב שהוסר בחציבה מאוחרת (איור 5). בחדר הקבורה (לוקוס 3000; 2.5 × 3.5 מ') שלושה קברים. הקבר הראשון נחצב בדופן הדרומית של המערה ולאחר מכן נחצבו שני קברים נוספים ברצפתה. לקברים כריות ראש ועצמות הקבורים נמצאו באתרן במצב השתמרות גרוע. הכניסה לקבר הצפוני היתה דרך פיר מלבני הנפתח לחדר קבורה (לוקוס 3005; 3.5 × 3.5 מ') שבו ארבע שקתות קבורה חצובות ומטויחות וקבורה חמישית מופרעת. בכל השקתות כריות ראש, אך לא נמצאו עצמות באף אחת מהן. בפינה הצפונית-מערבית של הקבר היה פתח חצוב שנפתח לחלל קבורה נוסף (לוקוסים 3002, 3004; 3.0 × 6.5 מ'). בקצה הדרומי שלו נמצאו עצמות בעלי חיים ואדם ללא סדר ובשוקת הצפונית (לוקוס 3006) נמצא שלד ילד ומעט חרסים מאוחרים (מהתקופה הממלוכית?). לא נמצאו שרידי הקבורה הראשונית ולא חרסים מהתקופה הביזנטית ולפיכך ניתן לייחס קבורה זו לשימוש משני בקבר בתקופות מאוחרות. תקרת החלל קרסה ולכן לא ניתן לקבוע אם היתה כניסה נוספת לחדר. מעברים חצובים בין החללים מעידים על פעילות שודדים בתקופות קדומות.

 

במזרח החצר נבנה גרם מדרגות ארוך המוביל אל מחוץ למתחם המנזר לחדר תת-קרקעי (לוקוס 1108; 2 × 4 מ') המקורה בקמרון חביתי (לפחות 3.5 מ' גובה; איור 6). לחדר שתי כניסות: הצפונית מלאה במילוי אדמה ואבנים, והדרומית חסומה בלוח אבן וממנה שתי מדרגות היורדות לחדר קבורה (4 × 5 מ'), שבו שמונה שקתות (ארבע בכל צד). הקבר שמור היטב, וככל הנראה לא נשדד בעבר. בדיקה ראשונית העלתה שהנקברים הונחו זה על גבי זה עם בגדיהם. בגלל מגבלות זמן לא נחפר הקבר ועם סיום התיעוד הוא כוסה.