בחודש פברואר 1998 נערכה חפירת הצלה בשתי מערות קבורה הסמוכות לחורבת זכור (הרשאה מס' 2815-A*; נ"צ — רי"ח 1980-90/6720-30; רי"י 1480-90/1720-30), לאחר ששרידים עתיקים נחשפו ונפגעו בעת ביצוע עבודות פיתוח להרחבת היישוב נירית. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ד' ויינברגר וי' פז. סייעו א' האג'יאן (מדידות ושרטוטים), מ' שויסקיה-ארנוב (ציור כלי חרס), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית), צ' שגיב (צילום), א' צרפתי (רפאות), וכן ר' בדחי, כ' סארי, מ' עג'מי, א' גליק וט' לחוד.
המערות נמצאות כ-500 מ' צפונית-מערבית לחורבת זכור שנסקרה בסקר החירום של שנת תשכ"ח ונמצאו בה שרידים שזמנם מתקופת הברזל ועד לתקופה העות'מאנית. שתי המערות חצובות בסלע הנארי ופתחיהן פונים למערב. חפירתן לא הושלמה בשל סכנת התמוטטות.
מערה 1 (איור 1). פתח קשות (1.55 מ' רוחב, 1.65 מ' גובה) מוביל לחלל כניסה (2 מ' גובה, 1 מ' אורך), שממנו נפתחת כניסה (0.6 מ' גובה, 0.52 מ' אורך) אל תוך חלל המערה שמתארו סגלגל (כ-2 מ' קוטר מרבי). במערה נמצאו שרידים מתקופת הברונזה הקדומה 1ב ומן התקופה הביזנטית.
המפלס מתקופת הברונזה הקדומה 1ב – הצטברות בעובי של כ-0.2 מ' – נמצא על רצפת המערה, בעיקר בחלקה הצפוני-מערבי. נחשפו שברי עצמות אדם, שכללו גפיים ושיניים של שני פרטים בוגרים שמינם אינו ברור. גילו של אחד מהם 30-20 שנה. הממצא הקרמי כלל שבר של קערה חצי כדורית, קנקניות מחופות אדום בעלות ידית נקב וצוואר קנקנית מאותו טיפוס (איור 3: 4-1).
שרידי המפלס מן התקופה הביזנטית (כ-0.5 מ' עובי), נמצאו מעל המפלס הקדום ופזורים בכל השטח שנחפר. הממצא הקרמי כלל בעיקר שברי קנקנים (איור 3: 10-8).
מערה 2 (איור 2). פתח המערה קשות (1.00-0.75 מ' רוחב, 1.25 מ' גובה), ומובילה אליו מדרגה חצובה בסלע (0.5 מ' עומק). למערה חלל סגלגל (כ-2.5 מ' קוטר מרבי) שממנו מובילה הסתעפות דרומה, אל חלל נוסף שנסתם במפולת. הממצא במערה הופרע אולי על ידי שוד, וכלל שברי עצמות ושיני אדם. זוהו שני פרטים שמינם אינו ברור. גילו של אחד הפרטים 40-30 שנה. הממצא הקרמי כלל נרות מהתקופה ההרודיאנית (איור 3: 7-5) ושברי קנקנים מהתקופה הביזנטית (איור 3: 16-11).