בחודש פברואר 2006 נערכה חפירת הצלה מדרום לתל יעף (הרשאה מס' 4721-A; נ"צ 25220/76393), בעקבות פגיעה בשולי התל בעת פריצת דרך ללא תיאום עם רשות העתיקות. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי מ' הרטל (צילום שטח), בסיוע י' יעקובי (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), ח' טחן-רוזן (ציור כלי חרס), ט' קורנפלד (שרטוט) ופועלים מחצור הגלילית.
נחפרו שני שטחים (B ,A; איור 1). שטח A, בחלקו המזרחי של האתר, במקום שבו האתר נפגע ושטח B שבו זוהה ריכוז כלי חרס מתקופת הברזל בבדיקות שקדמו לחפירה. האתר 'תל יעף דרום-מזרח' נמצא על גבעה נמוכה מדרום לתל יעף. האתר התגלה בסקר על ידי י' סטפנסקי (מפת ראש פינה [18], אתר 216) ואותרו בו קירות מבנים וחרסים מהתקופות הכלקוליתית והברזל 2 (המאה הח' לפסה"נ). בעקבות ממצאי הסקר הוצא שטח האתר מתוכנית פיתוח אזור התעשייה צח"ר.
שטח A (מידות 5×7 מ'). על פני השטח נחשף קיר (W103; איורים 2, 3), קטע קטן ממבנה חד-תקופתי, בנוי מאבני גוויל גדולות מבזלת, שהשתמר לגובה שניים עד שלושה נדבכים. אל הקיר ניגשה ממזרח רצפת עפר (L102; איור 2) ועליה שברי כלי חרס רבים מתקופת הברזל 2, המאה הח' לפסה"נ, בהם קערות (איור 1:4–4), סירי בישול (איור 5:4–8), קנקנים (איור 9:4–12), צפחת (איור 13:4) ופכים (איור 14:4–16). באחד הפכים נמצאו עצמות בעלי חיים אחדות. כן נמצאו משקולת פלך מחרס (איור 17:4) וראש חץ מברונזה (איור 18:4). מתחת לרצפה ועד סלע האם נמצאה אדמה (L105) עם חרסים דומים לאלה שעל הרצפה (איור 18:4–22), אך בכמות קטנה יותר. ממערב לקיר לא נמצאה רצפה, אך באדמה שהצטברה על הסלע ובייחוד סמוך לקיר (L104), נמצאו חרסים רבים דומים לאלה שנמצאו ממזרח לקיר (איור 1:5–10). נראה כי קטע זה היה מחוץ למבנה.
שטח B (מידות 4×5 מ', L200; איור 6). סלע האם נחשף בעומק של כ-0.5 מ' מתחת לפני השטח ומעליו הצטברות אדמה כבדה ובה חרסים רבים (L201). בניגוד לממצא בשטח A חרסים אלו לא היו של כלים שנשברו במקום. לא נמצאו קירות ורצפות ונראה כי החרסים נסחפו מהאתר הסמוך.
בחפירה נחשף יישוב חד-תקופתי מהמאה הח' לפסה"נ. היישוב שכן למרגלות תל יעף והיה כנראה קשור אליו. השטח שנחפר לא מאפשר הבנה של המבנים, אך הכמות הגדולה של הכלים שנשברו באתרם מעידה על נטישה חפוזה של האתר, אולי במסע מלחמה של תגלת פלאסר הג'.