בחודש אפריל 2006 נערכה חפירה בבית הכנסת הקדום מעון-נירים (הרשאה מס' 4777-A; נ"צ 14371-6/58215-20), לקראת שימור. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון קק"ל, נוהלה על ידי ו' ניקולסקי-כרמל בסיוע ו' פירסקי (מדידות ושרטוט) ופועלי קק"ל.
העבודות נערכו במסגרת פרויקט השימור של בית הכנסת במטרה לבדוק את תוכניתו (ארץ ישראל ו': 77–82; י"ט: 208–215).
נבחרו שלוש נקודות בדיקה. שרידים קדומים התגלו הישר מתחת לפני השטח (כ-0.2 מ' עומק). בשתי נקודות (L102 ,L101; איור 1) נחשפו קטעי קירות (כ-0.6 מ' רוחב) בנויים לבני בוץ, כנראה קטעים מקיר מתחם בית הכנסת. בנקודה שלישית (L103) נחשף קטע (כ-4.5 מ' אורך) מתעלה שכיוונה צפון-מזרח–דרום-מערב המוליכה לבור מים שנמצא מדרום-מזרח לבניין בית הכנסת. התעלה (כ-0.2 מ' רוחב) נבנתה אבני גיר וכוסתה באריחי גיר ששרידיהם התגלו בחלקה המזרחי. בקצה התעלה בצפון-מזרח התגלה בור שיקוע (כ-0.25 מ' קוטר) שבו הונח חלק תחתון של קנקן מטיפוס עזה. נראה כי התעלה נועדה לאסוף מי גשם מגג מבנה שהיה סמוך לבית הכנסת.