בחודש אוגוסט 2010 נערכה חפירת הצלה לאורך קו ביוב מתוכנן ברמת בית שמש (הרשאה מס' 5990-A; נ"צ 198506-19/623964-9), לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הבינוי והשיכון, נוהלה על ידי ד' סטורצ'ן, בסיוע י' אוחיון (מנהלה) וי' ביליג (פיקוח ארכיאולוגי).
בפיקוח ארכיאולוגי שקדם לחפירה נצפו שרידי מערה פגועה במדרון הצפוני של גבעה לא גבוהה, מדרום לח' אל-עליה. בחפירות קודמות בסביבת המערה נחשפו כבשן סיד מהתקופה העות'מאנית (חדשות ארכיאולוגיות 123) ושרידי מערה גדולה מאוד (חדשות ארכיאולוגיות 124).
החפירה התרכזה בתוך המערה הפגועה ובסביבתה. הסתבר שהמערה נחצתה לשניים ונראה היה ששרדה רק בחתך, אך בבדיקות בכלי מכני מחוץ למערה נחשף חלק מחדר המערה שלא הופרע ולכן נחפר. לאחר הסרת רובד האדמה העליון ופסולת של כלי מכני נחשפה שכבת אדמה אלוביאלית בצבע חום בהיר ובה נתזי צור וחרסים בגודל בינוני מהתקופה הכלקוליתית, שהשתמרו היטב ודומה שנמצאו באתרם כיוון שלא ניכרו בהם סימני שימוש ושחיקה.
החפירה הופסקה בפתאומיות ולא ניתן היה להגיע למסקנות נוספות ביחס למכלול, להקשר ולאופי המערה. סביר להניח שהממצא מהמערה מייצג פעילות חיים ושימוש במערה בתקופה הכלקוליתית.