בחודש דצמבר 2011 נערכה חפירת בדיקה בחורבת כלנית (הרשאה מס' 6361-A; נ"צ 24444/75360), לאחר שנחשפו שרידים עתיקים בסקר שנערך לקראת הרחבת כביש 65 (רישיון מס' 95/2009-S). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון מע"צ, נוהלה על ידי א' ברגר, בסיוע י' יעקובי (מנהלה), ר' מישייב ומ' קאהן (מדידות ושרטוט), א' שפירו (GPS) וח' טחן-רוזן (ציור כלי חרס).
החורבה משתרעת בראש גבעת טרשים, ובה ניכרים שרידי קירות ומתקנים חצובים (איור 1). החפירה נערכה במורדות המזרחיים של הגבעה, צמוד למצוק מלאכותי, שנוצר בעבודות פיתוח שנערכו בעבר ופגעו באתר. בחפירה נחשפו קיר של מדרגת עיבוד וממצא קרמי רב מתקופת הברונזה התיכונה 2 ומהתקופה הרומית.
נחשף קיר תמך של מדרגת עיבוד (W2; איור 2), שנבנה על הסלע באבני גוויל בגדלים שונים. הקיר תוחם מדרגת עיבוד (כ-10 מ' רוחב), ובה שכבת אדמה עבה (1 מ' עובי מרבי). הקיר והמדרגה הם חלק ממערכת של מדרגות עיבוד שנבנו בגבעה. צמוד לקיר נחפרה רצועת שטח (L4; כ-1 מ' רוחב), ובה נחשף מילוי אדמה שמעורבים בו חרסים רבים. הממצא הקרמי במילוי הוא ממצא מעורב ברובו, המתוארך לתקופת הברונזה התיכונה 2 ולתקופות הרומית התיכונה והמאוחרת, אם כי בחלקו התחתון של המילוי ממצא זה כולל בעיקר שברים גדולים של סירי בישול (איור 3: 1, 2) וקנקנים (איור 3: 3–6) מתקופת הברונזה התיכונה 2. הממצא מהתקופה הרומית כולל קערה (איור 3: 7), קדרת בישול (איור 3: 8) וסיר בישול (איור 3: 9). אפשר שקיר המדרגה נבנה אל תוך שכבת יישוב מתקופת הברונזה התיכונה שטרם נחשפה. הממצא הקרמי מהתקופה הרומית מלמד כי קיר המדרגה אינו קדום לתקופה הרומית המאוחרת.
במהלך החפירה תועדו בקרבת שטח החפירה קבר, שנבנה באבני שדה, ספלול חצוב ומשטח דריכה של גת, שנפגעה בעבודות הרחבת הכביש.