מערת הקבורה (איור 1) נחצבה בסלע גיר רך ומתפורר בציר מזרח–מערב. פתחה הותקן במדרגת סלע שיושרה, והוא נתון במסגרת רבועה שנועדה לקליטת אבן גולל (איור 2). מן הפתח מובילה מדרגה לחדר קבורה שמתארו טרפזי (כ-3 מ' אורך, 2.8–3.0 מ' רוחב). במרכז חדר הקבורה נחצב בור עמידה מלבני (2.0 × 2.2 מ') מוקף במדף סלע, שנמצא מלא בחלקו באדמת סחף. שישה כוכי קבורה (1.9 מ' אורך ממוצע) הותקנו בדופנות המערה במפלס מדף הסלע — שניים בדופן הדרומית, שניים בדופן הצפונית ושניים בדופן המזרחית (איור 3). בשפכי האדמה שהוציאו שודדי העתיקות מן המערה נתגלו שברי כלי חרס: סיר בישול מהמאה הא' לסה"נ (איור 1:4), מכסה לסיר בישול מהתקופה הרומית המאוחרת (איור 2:4) ומכלול נרות חרס מעוטרים בתבליט (איור 3:4–9; Rosenthal and Sivan 1978:99–103) מטיפוסים שהיו בשימוש במהלך המאות הג'–הד' לסה"נ. כן נמצא צוואר בקבוק זכוכית (לא צויר) מהתקופה הרומית הקדומה, ושברים של שתי צנצנות זכוכית האופייניות לתקופה הרומית המאוחרת (לא צוירו).

 
על סמך התכנית והממצא הקרמי אפשר לשחזר שני שלבי שימוש במערת הקבורה. המערה נחצבה בשלהי ימי הבית השני, כנראה במהלך המאה הא' לסה"נ. מאפייניה האדריכליים של המערה, פתח מוקף במסגרת חצובה, חדר קבורה שבמרכזו בור עמידה וכוכי קבורה, אופייניים לקברי יהודים מתקופה זו שנמצאו ברחבי ארץ יהודה ובסביבת ירושלים (קלונר וזיסו תשס"ג:15–36). במהלך התקופה הרומית המאוחרת שימשה המערה לקבורה בשנית, כפי שמשתקף ממכלול הנרות המעוטרים, אך אי אפשר לדעת מה הייתה זהות הנקברים בתקופה זו. שימוש במערות קבורה מימי הבית השני לצורך קבורה במהלך התקופה הרומית המאוחרת נפוץ מאוד בארץ יהודה (קליין תשע"ב:102–103). תופעה זו תועדה במערות קבורה נוספות בסביבות משמר דוד, למשל בחורבת גדר (פטרסון-סולימני, סולימני ווייס תשס"ב) ובמערות קבורה רבות שתועדו בסביבות תל גזר (Macalister 1912:307–385).