הספינה מעגן מיכאל B נתגלתה בשנת 2005 על ידי שני חברי קיבוץ מעגן מיכאל, אשר במהלך צלילה ספורטיבית הבחינו בצלעות עץ, כלי חרס ואבנים. במאי 2015 דיווח זה אומת בסקר חישה מרחוק שנערך בשיתוף פעולה עם חוקרים מאוניברסיטת קופנהגן, ובמהלכו זוהה כלי שיט מכוסה בחול במרחק כ-70 מ' ממערב לקו החוף ובעומק של כ-3 מ' מתחת לפני הים (איור 1). אתר זה מוכר כבר משנת 1985 בזכות גילוי הספינה מעגן מיכאל מהמאה הה' לפסה"נ (Linder 2003; Kahanov 2011). באוגוסט 2015 נערך סקר דיקורים באתר (רישיון מס' 81/2015-G) ונאספו דגימות עץ משני מינים, חתיכת חבל (0.18 מ' אורך) ואצטרובל. הממצא תוארך באמצעות פחמן 14 למאות הז'–הט' לסה"נ, התקופה הביזנטית המאוחרת או האסלאמית הקדומה באזורנו (Cvikel, Grøn and Boldreel 2017). תקופה זו היא תקופת מעבר, שבה התרחש שינוי מהותי בשיטת בניית כלי שיט, והיא נושא מרכזי בחקר מבנה כלי שיט עתיקים (Pomey, Kahanov and Rieth 2012).
במהלך השנים 2016 ו-2017 התנהלו שלוש עונות חפירה באתר (6 × 23 מ') והחל מחקר הספינה (Cohen and Cvikel 2019). הספינה נמצאה כשחרטומה פונה לכיוון מזרח. חלקי הספינה (איור 2) השתמרו היטב, ובהם שדרית, מוטות קצה (קנה ועצה), חיזוקים פנימיים למוטות הקצה, חלקי מעבר, צלעות, לוחות גוף, חיזוק אורכי מרכזי, אורכנים, מחיצות רוחב ותמיכתן ומערך בסיס התורן. כמו כן תועדו באתרם והוצאו מהים ממצאי עץ, שרידי מזון, חבלים, סלים, עצמות בעלי חיים, שברי כלי זכוכית, אבנים, מטבעות, שברי כלי חרס ואמפורות תמימות.
 
השדרית (18.1 ס"מ רוחב ממוצע, 22.4 ס"מ עובי) הייתה נגישה לתיעוד באופן חלקי. היא הורכבה משני חלקים: האחד מתחיל בחרטום הספינה שבמזרח ועשוי מעץ אשוח (Abies sp.), והשני נמשך לכיוון הירכתיים שבמערב ועשוי מעץ אדר דולבני (Acer pseudoplatanus).
שני מוטות הקצה של הספינה נבנו מרכיב עליון ורכיב תחתון. בתחתיתם חוברו חלקי מעבר, הממשיכים את השדרית ומתחברים למוטות הקצה (Steffy 1994:272). צמוד לכל אחד ממוטות הקצה נחשף מוט קצה פנימי שמעניק חוזק נוסף לגוף כלי השיט (Steffy 1994:267). העצה (מוט הקצה שבמערב), החלק התחתון של הקנה (מוט הקצה שבמזרח), החיזוקים הפנימיים למוטות הקצה וחלקי המעבר נבנו מעץ אגוז מלך (Juglans regia), ואילו החלק העליון של הקנה נבנה מעץ אורן קפריסאי/ירושלים (Pinus brutia/halepensis).
נחשפו 56 צלעות בדופן ימין (בדרום) של הספינה ו-68 צלעות בדופן שמאל (בצפון), שהן לפחות 30 עמדות צלע (איור 3). הצלעות (13.4 ס"מ רוחב ממוצע, 13.5 ס"מ עובי ממוצע) שנדגמו עשויות מעץ אגוז (Juglans regia), מלבד שתיים (96F, 121F) העשויות מעץ אלון הגלעין (Quercus ilex) ומעץ אשוח (Abies sp.). חלק מהצלעות עשויות מענפים עבים מעובדים, שהקנו להן חתך רוחב של חצי עיגול; לאחרות חתך רוחב מלבני. המרחק בין צלע לצלע בחלקן המרכזי העליון הוא 44.4 ס"מ בממוצע. נראה שתבנית הצלעות בספינה מורכבת מצלע תחתונה ומשני חצאי צלעות חופפות המונחות זו לצד זו על השדרית אך אינן מחוברות.
בדופן ימין של הספינה נחשפו 18 לוחות גוף ואילו בדופן שמאל נחשפו 11 לוחות, כולם עשויים מעץ אשוח (Abies sp.). אורך הלוח הארוך ביותר שנמדד 1.9 מ', אך קיימים לוחות ארוכים יותר מכוסים בחול. רוחב הלוחות 8.1–27.0 ס"מ (15.6 ס"מ בממוצע), ועוביים 2.0–4.5 ס"מ (3.1 ס"מ בממוצע). לוחות הגוף חוברו לכדי משטח ארוך באמצעות מחבר פשוט על הצלע. סמוך לשני מוטות הקצה, בפאה הפנימית של הלוחות, נראים סימני חריכה, שמעידים אולי על כיפוף בחריכה בשיטת 'Char-bending' (Greenhill 1957:115; איור 4).
חיזוקים אורכיים מרכזיים (כ-5 מ' אורך, 0.18 מ' רוחב, כ-0.25 מ' עובי ממוצע) נחשפו בשני קצוות הספינה. החיזוק בחרטום הספינה עשוי מעץ אשוח (Abies sp.) ואילו החיזוק בירכתיה עשוי מעץ אורן קפריסאי/ירושלים (Pinus brutia/halepensis). בפאה התחתונה של החיזוקים תועדו מגרעות במקומות שבהם הם הונחו על הצלעות.
אורכנים שחתך הרוחב שלהם חצי עגול נמצאו לכל אורך הספינה. תשעה אורכנים (5 מ' אורך, 18.5 ס"מ רוחב ממוצע, 16 ס"מ עובי) נדגמו והם עשויים מעץ אשוח (Abies sp.). סימני חריכה נראו בצד החיצוני של האורכנים. חריתות של אותיות וסמלים יווניים וחריכה של המילה 'אללה' בערבית נמצאו על גבי אחד האורכנים; מטרתם טרם פוענחה.
בכל אחד מהצדדים המזרחי והמערבי של הספינה התגלתה מחיצת רוחב, שהורכבה מלוחות אנכיים (0.6 מ' אורך השתמרות, 0.15 מ' רוחב ממוצע, 3.4 ס"מ עובי ממוצע); הן בלטו מהחול. המחיצות תחמו תאי אחסון למטען וציוד נוסף (Steffy 1994:128). המחיצה המזרחית מרוחקת 13.8 מ' ממוט הקצה שבירכתיים, ואילו המחיצה המערבית מרוחקת ממנו 5.5 מ'. הלוחות שהרכיבו את המחיצות עשויות מעץ ברוש מצוי (Cupressus sempervirens). סמוך לבסיס מחיצות הרוחב חוברו לוחות תמיכה אופקיים (3 מ' אורך, 0.19 מ' רוחב, 8 ס"מ עובי) שחתך הרוחב שלהם חצי עגול.
מערך בסיס התורן כולל את בסיס התורן עצמו (3.5 מ' אורך, 0.25 מ' רוחב ממוצע, 0.19 מ' עובי ממוצע), חיזוקים משני צִדיו ותמיכה רוחבית. בסיס התורן והחיזוקים עשויים מעץ אגוז (Juglans regia) והתמיכה הרוחבית עשויה מעץ אשוח (Abies sp.). קצהו המזרחי נמצא כשהוא עטוף בשרידי מחצלת, כמו גם החיזוקים האורכיים שעליהם הורכב. בחלקו העליון של בסיס התורן יש שתי מגרעות, המרוחקות 65 ס"מ זו מזו: האחת לכיוון החרטום (0.27 מ' אורך, 8 ס"מ רוחב, 0.12 מ' עומק) והאחרת לכיוון הירכתיים (0.37 מ' אורך, 10 ס"מ רוחב, 0.06 מ' עומק), והיא גדולה יותר ומשופעת לכיוון מערב ונועדה כנראה לעקב התורן. חתך הרוחב של בסיס התורן דמוי פטריה, חלקו העליון מעוגל ואילו חלקו התחתון דמוי רגל קטנה שהותאמה למרווח שנוצר בין שני החיזוקים האורכיים, שעליהם הורכב.
חלקי הספינה חוברו זה לזה באמצעות מסמרים ומסמרים גדולים (bolts) עשויים ברזל שחתך הרוחב שלהם מרובע ועגול. לעתים הובחנה טבעת ראש המסמר על לוחות הגוף בספינה (איור 5). שכבה עבה של חומר איטום אורגני וסימני נגר, המעידים על שימוש בכלי חרושת העץ, תועדו על מרבית רכיבי העץ.
בספינה התגלו כ-130 אמפורות חרס תמימות וקנקנים, ומאות שברים של כלי בישול (איור 1:6), כלי שולחן ופכים. כלי החרס מתוארכים למחצית השנייה של המאה הז'–תחילת המאה הח' לסה"נ. נראה שהאמפורות סודרו בספינה בשתי שכבות וחלקן נמצאו עם תוכנן המקורי: זיתים, אגוזי מלך, ענבים ותאנים. תועדו אמפורות מטיפוסים LR1, LR2, LR4, LR5 (הגרסה הקטנה והגדולה) ו-LR13 (Riley 1979; 1981); על חלק מהאמפורות והקנקנים תועדו חריתות בשפה הערבית וסימנים נוצריים (איור 2:6).
במהלך החפירות נמצאו בספינה ממצאים אורגניים ממגוון סוגים, ובהם חבלים, סלים, מחצלות ושרידי מזון. כן תועדו באתר ממצאי מתכת, ממצאי עץ ולבני חומר. חלקי מערך, ובהם ראש תורן, גלגלות ושרידי מפרש, נתגלו בין חרטום הספינה לבין בסיס התורן במרכזה (איור 7).
 
תוצאות בדיקות פחמן 14 וכלי החרס מתארכים את הספינה מעגן מיכאל B לתקופה הביזנטית המאוחרת או האסלאמית הקדומה. אפשר לשער כי האורך המקורי של הספינה היה כ-25 מ' ורוחבה כ-7 מ'. מיני העצים ששימשו בבניית הספינה מלמדים כי המספנה שכנה במזרח הים התיכון. עם זאת, ייתכן שהעצים יובאו אל המספנה בה נבנתה הספינה, מנהג שכיח בעת העתיקה (Meiggs 1982:335–336; Ward 2009). מטען האמפורות של הספינה מרמז כי הייתה זו ספינת סוחר שהפליגה במזרח הים התיכון. לא נראו עדויות לחיבור לוחות הגוף על ידי כפיסים במגרעות, ועל כן נראה כי הספינה נבנתה בשיטת 'שלד-קודם' שבה הבנייה הושתתה על צלעות הספינה.