האתר מדרגות הירדן התגלה במהלך סקר ארכיאולוגי שקדם לעבודות הניקוז בערוץ הירדן העליון ביציאתו מעמק החולה בשנת 1999 (Sharon et al. 2002; Sharon, Marder and Boaretto 2002). האתר משתרע על גדתו המזרחית של נהר הירדן מדרום לעמק החולה, כקילומטר וחצי מצפון לגשר בנות יעקב, באזור שבו מתחבר נחל הדוריג'ת לירדן. באתר נערכה חפירת בדיקה בשנת 2002 (Marder et al. 2015) ובשנת 2014 נערכה חפירת בדיקה ראשונית במטרה לקבוע את גבולות האתר ולהעריך את הפוטנציאל למחקר עתידי. בעקבות תוצאות חפירת הבדיקה נערכו חמש עונות חפירה מלאות (ארבעה שבועות) באתר בשנים 2015–2019 (איור 1; לתיאור נרחב של תוצאות החפירות, ר' Sharon et al. 2020). בחפירות נחשף רצף של שכבות ששקעו לחופו של אגם החולה הקדמון, שהתפשט אז כשני ק"מ דרומה יותר מאגם החולה ההיסטורי. סדרה של תאריכי פחמן 14 הראתה כי הרצף הסטרטיגרפי באתר מתעד כ-10,000 שנים של פעילות אנושית לחופו של אגם החולה הקדום: 20,000–10,000 שנים לפני זמננו. סביבת ההרבדה היא חוף של אגם שעומקו משתנה. כאשר גובה המים עולה והאתר מכוסה במי האגם שוקעות שכבות של בוץ דק גרגר (סילט). כאשר יורדים המים והסביבה הופכת לחופית שוקעים באתר, נוסף על הבוץ, גם חול וכמויות גדולות של קונכיות של צדפי מים מתוקים. פעילות האדם מתועדת בשכבות בהן המים רדודים והסביבה היא חוף או מי אפסיים הקרובים לחוף.
באתר זוהו חמישה אופקים ארכיאולוגיים שביניהם שכבות של בוץ אגמי: שלושת האופקים העליונים (שכבות a3–c3) הניבו ממצאים המתוארכים לתרבות הנטופית מהתקופה האפיפליאוליתית המאוחרת; שכבה 4 מתוארכת לתרבות הכבארית הגיאומטרית, התקופה האפיפליאוליתית התיכונה; ושכבה 5 תוארכה בעזרת פחמן 14 לכ-20,000 שנה לפני זמננו והיא שייכת לתקופה האפיפליאוליתית הקדומה.
 
ממצאים. באתר נמצאו כלי צור (איור 2), בזלת וגיר וכן עצמות רבות של בעלי חיים, מיונקים גדולים כגון פרות ואיילים ועד ציפורים, דו-חיים וזוחלים. בדומה לכל האתרים השוכנים לגדות הירדן מדרום לעמק החולה, גם שכבות האתר הזה היו רוויות במים מאז הרבדתן (Goren-Inbar et al. 2002; Goren-Inbar, Werker, and Feibel 2002), והתנאים האנאירוביים שנוצרו אפשרו שימור יוצא דופן של שרידים בוטניים, החל באבקת פרחים (פולן; Langgut, Cheddadi and Sharon 2021), בפירות ובזרעים וכלה בעצים (איור 3) ובפחם בכמויות גדולות. הממצאים הבולטים באתר מלמדים כי הפעילות המרכזית של שוכניו הייתה ניצול משאבי מים ובעיקר דייג. משקולות בזלת וגיר בגדלים שונים (איור 4), עצמות דגים רבות ובעיקר קרסי דייג העשויים עצם (איור 5), מעידים כולם על דייג במגוון של טכניקות ברמה גבוהה של ידע טכנולוגי ועל היכרות מעמיקה עם המשאבים המימיים ואפשרויות ניצולם (Pedergnana et al. 2021).
השכבות באתר מתעדות את עיקר התקופה האפיפליאוליתית בלבנט. במהלכן של עשרת אלפי השנים המתועדות בשכבות האתר התרחשו שני תהליכים ששינו את עולמנו: באקלים העולמי זו תקופה של שינויים דרמטיים שתחילתה בשיאה של תקופת הקרח האחרונה וסופה בתחילתה של תקופת ההולוקן, התקופה הבין-קרחונית הנוכחית. השפעתן של המסת הקרחונים וההתחממות העולמית בעקבותיה כאן במזרח התיכון היא נושא הנתון במחלוקת בין חוקרי האקלים הקדום. האתר מדרגות הירדן, השוכן במרכזו של אגן ההיקוות של בקע ים המלח, והשימור יוצא הדופן של סמנים אקלימיים באתר (שרידים של צומח, בעלי חיים וקונכיות ומידע משיכוב האתר) הופכים אותו למקום אידיאלי לחקר הסביבה והאקלים הקדומים. בהיסטוריה האנושית מתרחש במהלך שנים אלו תהליך משמעותי לא פחות, והוא המעבר מקבוצות קטנות של ציידים-לקטים (ודייגים) נוודים בראשיתה של התקופה האפיפליאוליתית לקהילות מורכבות וגדולות היושבות ביישובי קבע חקלאיים בתקופה הניאוליתית. השכבות הארכיאולוגיות באתר מדרגות הירדן מתעדות את השינוי הדרמטי הזה לכל אורכו מנקודת מבט נדירה באתרים ארכיאולוגיים אחרים. הממצאים באתר מעידים על פעילותם של דייגים קדמונים לחופו של אגם החולה הקדום במהלך אלפי שנים, ומאפשרים לתעד את ההתפתחות בטכנולוגיית הדייג שלהם ואת השינוי באורחות חייהם. שכבות האתר מאפשרות גם להעריך את חשיבותם של משאבים מן המים (דגים, קונכיות, סרטנים, זוחלים, ציפורים נודדות, חזירי בר ובקר, וכן צמחי מים וגדה) בחייהם ובכלכלתם של בני התקופה האפיפליאוליתית ואת תרומתם של משאבים אלו לתהליך המעבר לישיבת קבע וחקלאות.