בחודש ינואר 2008 נערכה חפירת בדיקה במודיעין (הרשאה מס' 5352-A; נ"צ — רי"ח
201060-71/642960-68; רי"י 151060-71/142960-68) לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הבינוי והשיכון, נוהלה על ידי אק"מ ון דן ברינק בסיוע א' בכר (מנהלה), צ' שגיב (צילום), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית) וב' עג'מי (בטיחות וביטחון).
במהלך פעילות של ציוד מכני בהכנת השטח לבנייה נפרצה מערה קרסטית לא ידועה (איור 1). בטרם נחתמה המערה הוצאו ממנה שלושה כלי חרס המתוארכים לתקופת הב"ת 2ב.
המערה (6 מ' אורך, 5 מ' עומק, כ-2 מ' גובה) נוקתה מאדמה ומפולות שחתמו את הפרצה בדופן הדרומית. במזרח המערה הייתה מפולת אבן שנוצרה בחלקה מהפתח הטבעי בגג ובמרכזה מפולת אבן של התקרה בציר מזרח–מערב (איור 2). רצפת הסלע הטבעי הרך של המערה נחשפה בחפירת שכבת אדמה גירנית חומה (0.3 מ' עובי). בקצה האחורי של המערה נמצאו שבעה כלי חרס. שלושת הכלים שהוצאו טרם החפירה: קערה עם ידיות (איור 3) פך (איור 4) ופכית דלייה (איור 5) וארבעה כלים נוספים: קערה מזווה עם חריתה נמשכת סביב השפה (איור 6), קנקן בינוני כמעט שלם, פכית מחופה אדום עם ידית כפולה שמצאה הפוכה ונר שמן.
פיר הכניסה המקורי (0.5–0.8 מ' רוחב, 1.15 מ' עומק) היה טבעי והוליך לתוך החלק הצפוני-מזרחי של המערה, סמוך לפרצה בדופן המזרחי של המערה (איור 7), המקום היחיד שבו האדמה הגירנית החומה הצטברה עד לתקרה.
לאחר ניקוי מפולות האבן, הובחן שקע במרכז רצפת הסלע של המערה שהכיל שרידי עצמות באתרן: שתי גולגלות אדם, של בוגר ושל ילד, שנמצאו הפוכות עם כמה עצמות ארוכות, לא בארטיקולציה. בשל הפרעות של קבוצות חרדים החפירה בשקע לא הושלמה והיה קשה להגדיר אם הקבורה ראשונית או הופרעה בפעילות מאוחרת.
שרידי עצמות האדם וכלי החרס מצביעים על כך שהמערה שימשה מערת קבורה קטנה (משפחתית?) בסוף תקופת הב"ת 2ב. חשיבות המערה שלא נחפרה עד תומה היא בתיארוכה; בסקר ובחפירות באזור מודיעין בשנים האחרונות (
חדשות ארכיאולוגיות 117;
חדשות ארכיאולוגיות 119) לא נחשפו שרידים מתקופת הב"ת 2ב, למעט מערת קבורה בפסגת חורבת תיתורה הסמוכה (
חדשות ארכיאולוגיות קח:99).