בחודש מאי 2005 נערכה חפירת בדיקה בנחל נועם ומערות סמך (הרשאה מס' 4450-A*; נ"צ —רי"ח 18118/60693; רי"י 13118/10693) לקראת סלילת כביש 6. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת כביש חוצה ישראל, נוהלה על ידי פ' נחשוני בסיוע א' פרץ ול' שילוב (ניהול שטחים), ח' לביא (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), ד' ורגה (צילום), א' ברין (שרטוט תוכניות) וכ' הרש (ציור ממצא).
האתר, כ-500 מ' מדרום ליובל נחל נועם וכקילומטר אחד ממערב לבאר סמך, נסקר בעבר (מפת לכיש [98]: 99, אתר 189; איור 1) ונמצאו בו בית חווה, בורות מים ושרידי מבנים מן התקופה העות'מאנית וכן בור מים שעל פתחו ניכרים חריצי חבלי הדלייה.
בחפירה נפתחו שני שטחים (B ,A): בשטח A, על מורדותיה הדרומיים של גבעה מתונה (כ-180 מ' מעל לפני הים), נחפרו עשרה ריבועים עד לסלע האם. בצפון השטח נחשף כבשן סיד וסביבו שברי כלי חרס עות'מאניים ומנדטוריים (כלים 'עזתיים'). בשטח B, ממערב למבנה החווה שננטש ב-1948 נחפרו שישה ריבועים עד לסלע הטבעי ונחשפה מטמורה. על פני השטח נמצאו שברי כלי חרס מעטים מהתקופות הרומית והביזנטית ושברים רבים מהתקופה העות'מאנית ומתקופת המנדט הבריטי. כ-100 מ' מצפון-מזרח למטמורה נחפר בור המים שנזכר לעיל בסקר מפת לכיש.
שטח A
כבשן הסיד חצוב בצורת חרוט הפוך (לוקוס 104, 3.5 מ' קוטר עליון, 2.5 מ' קוטר תחתון, 2.5 מ' עומק; איור 2). בדופן המערבית נחצב כוך (1.7 מ' רוחב, 0.5 מ' עומק, 1.25 מ' גובה), ייתכן שזהו ניסיון חציבה של תעלת הסקה שהוסטה בהמשך לדרום-מערב. בתחתית הכבשן ניתן להבחין בחציבה רבועה, אולי תוצאה של חציבת אבני בנייה משכבת הסלע התחתונה, שיצרה מעין ספסלים בדפנות המזרחית והדרומית של הכבשן (איור 3). הספסל המזרחי ארוך ורחב (1.45 מ' אורך, 0.7 מ' רוחב, 0.56 מ' גובה) והדרומי קצר ונמוך יותר (1.1 מ' אורך, 0.6 מ' רוחב, 0.5 מ' גובה) ולמרגלותיו מעין מדרגה (1.1 מ' אורך, 0.15 מ' רוחב, 0.06 מ' גובה).
בתחתית הכבשן, בתוך שקע בסלע, נמצאו גושים קטנים של עץ מפוחם.
מדרום-מערב לכבשן נחצבה תעלה (לוקוס 110; 2.5 מ' אורך, 2.5-1.5 מ' רוחב, 1.3 מ' גובה מרבי) להכנסת חומרי בערה. מצפון לכבשן הייתה כנראה תעלה להזרמת אוויר שנעשה בה שילוב של שקע טבעי בסלע (לוקוס 113) עם בנייה באבנים (W115; אורך 1 מ', רוחב 0.2 מ', גובה 0.15 מ'). על שפת הכבשן שרדו כמה קטעים בני נדבך אחד מבסיס כיפת האבנים (W116; אורך כולל 5.6 מ', רוחב 0.4 מ', גובה 0.27 מ').
סמוך לכבשן נמצאו אבני גיר שרופות למחצה, אפר ושברי כלי חרס רבים מטיפוס 'כלי עזה', מן התקופה העות'מאנית או מימי המנדט הבריטי, בהם קערות (איור 4:4, 5) ופך (איור 8:4). באזור תעלת ההסקה נמצאה ידית קנקן שק מן התקופה הביזנטית. מדרום לכבשן, מתחת לערמת סיקול נמצא שבר של סיר בישול עם דופן עדינה, המתוארך לתקופה הרומית (איור 2:4).
שטח B
המטמורה, מערה מאורכת (לוקוס 226; 5.5 מ' אורך, 3.7 מ' רוחב מרבי, 2.2 מ' גובה; איור 5) שלה שלושה פתחים: פתח עליון טבעי שסביבו נבנה מעגל אבנים בן שניים–שלושה נדבכים (לוקוס 220; 0.5×0.3 מ', 1 מ' קוטר; איור 6), פתח מלבני בצפון שממנו כנראה החלה החציבה (1.2×0.7 מ') ופתח נוסף שנוצר מקריסת חלק מן התקרה בצפון-מזרח. בקירות המערה ניכרים סימני חציבה גסים. בחלקם התחתון סימני פיח, המעידים על 'ייבוש' המערה לפני השימוש בה. על הרצפה נמצאה שכבת חומר אורגני אפור כהה ששימש לכיסוי. נראה שמילוי המטמורה נעשה מן הפתח העליון הצר ואילו הפתח הצפוני שימש להוצאת תבואה.
בתוך המערה נמצאו שברי כלי חרס שחורים 'עזתיים' ושבר צמיד מזכוכית 'חברון' (איור 9:4). סמוך למטמורה נמצאו שברי כלי חרס: קערה (איור 1:4) וסיר בישול מהתקופה הרומית (איור 3:4) ופך עות'מאני-מנדטורי (איור 6:4).
החלק הצפוני של המערה התמלא בשכבות מפולת וסחף ונראה שהשימוש בו פסק טרם נטישת החווה. בחצר החווה שממזרח לחפירה נמצאו בעבר שלושה בורות חצובים שהוגדרו בורות מים (מפת לכיש [98]: 99) אך בהעדר סימני דלייה בפתחם נראה שהם נועדו כנראה לאחסון תבואה במקום המטמורה שיצאה משימוש.
בור מים (לוקוס 225; 4.5 מ' קוטר, כ-5 מ' עומק; איורים 7, 8). בשפת הבור (0.9 מ' קוטר) ניתן להבחין בסימני חבל עתיקים. כניסת מי הנגר הייתה כנראה ממזרח, תעלת הכניסה נחסמה עקב קריסת הסלע. קריסת קליפת הסלע בחלק המערבי של הבור, הביאה להפסקת השימוש בו ולהפיכתו לבור אשפה. בתוך הבור נמצאו כלי חרס 'עזתיים' שחורים מן התקופה העות'מאנית או מימי המנדט הבריטי: פך (איור 7:4).
רוב השרידים באתר מודרניים, משלהי התקופה העות'מאנית וימי המנדט הבריטי, אז נבנה מבנה החווה והותקנו מתקני האיסום. באר סמך שממערב לאתר, שימשה מקור המים ליושבי המקום.
בור המים שנבדק שייך כנראה למערכת איסוף מים מהתקופה הביזנטית, אם כי בשטח שנחפר לא נמצאו שרידי בנייה אחרים מתקופה זו.
כבשן הסיד והמטמורה הותקנו ופעלו בשלהי התקופה העות'מאנית ובעיקר בתקופת המנדט הבריטי.