שכבה IV (התקופה הכלקוליתית). בריבוע 1 נחשף קיר (W18; אורך 2.3 מ', רוחב 0.5 מ'; איורים 2, 3), שנבנה על שכבת אדמה חומה בציר צפון-מערב–דרום-מזרח מאבני גוויל מגיר. ממערב לקיר נתגלו שרידי רצפה, שנבנתה מלוחות אבן גיר. מעל הרצפה התגלתה שכבת אדמת סחף, ובה שברי כלי חרס, המתוארכים כנראה לתקופה הכלקוליתית המאוחרת, ובהם קערה (איור 1:4), פערור (איור 2:4) ובסיס קנקן (איור 3:4).

 
שכבה III (התקופה הרומית). בריבוע 2 נחשף קיר (W16; אורך חשיפה 4 מ', רוחב 1 מ'; איורים 5, 6), שנבנה על אדמה חומה בציר צפון-מזרח–דרום-מערב מאבני גוויל מגיר. נראה כי הקיר שימש להטיית מים לחלקות חקלאיות סמוכות. משני צדי הקיר התגלו מעט שברי כלי חרס מהתקופה הרומית, ובהם סיר בישול (איור 13:4).
בריבוע 3 נחשף קיר (W20; אורך חשיפה 5 מ', רוחב 0.7 מ'; איורים 7, 8), שנבנה בציר צפון-מערב–דרום-מזרח באבני גוויל גדולות מגיר; הוא שימש כסכר או כקיר הטייה. מצפון לקיר נחשפו אדמת סחף ואבנים במגוון מידות וכן מעט שברי כלי חרס המתוארכים לתקופה הרומית, ובהם שתי קערות (איור 4:4, 5).
בריבוע 4 נחשף חלק ממאגר מים (איורים 9, 10), שבו הובחנו שני שלבי בנייה. בשלב הקדום נבנה מאגר שקירותיו רחבים (W53 ,W27 ,W17). על סמך הקירות הרחבים סביר להניח שהמאגר היה מקורה בקמרון חבית. באמצע המאגר נבנה קיר (W54), שחילק את המרחב. בקיר 27 הותקן פתח (1 מ' רוחב, 1.5 מ' גובה). בשלב הקדום התגלו שברי כלי חרס המתוארכים לתקופה הרומית, ובהם קערה (איור 8:4) וקדרה (איור 12:4). בשלב המאוחר נבנה בשטח המאגר קיר (W46; איור 11), המרוחק 0.5 מ' מדרום-מזרח לקיר 17, במקביל אליו. קיר 46 הושתת על קיר 54 ועל מפולת אבנים. בחלקו הצפוני של קיר 46 נעשה שימוש במשקוף אבן בשימוש משני. בשלב זה נסתם הפתח שבקיר 27 (איור 12). בשלב המאוחר התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הרומית, ובהם שתי קערות (איור 6:4, 7). החפירה במבנה לא הושלמה בגלל עליית מי תהום במקום.
בריבוע 5 נחשפה שכבה של אדמת סחף, ובה ריכוז אבנים במגוון מידות (L151; איורים 13, 14). באדמת הסחף בין האבנים התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הרומית, ובהם שני סירי בישול (איור 14:4, 15), פך (איור 19:4) וקנקן (איור 18:4), וכן מטבע המתוארך כנראה למאה הד' לסה"נ (ר"ע 143087). על פני השטח (L28) נתגלה מטבע, כנראה אוטונומי, ממטבעת צור מהשנים 125–98 לפסה"נ (ר"ע 143077).
בריבוע 6 נחשף קיר (W34; איורים 15, 16), שנבנה בציר צפון–דרום מאבני גוויל גדולות מגיר והשתמר לגובה נדבך אחד. ממערב לקיר, בפינת הריבוע, נתגלה ריכוז של אבני גיר. משני צדי הקיר התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הרומית, ובהם שלוש קערות (איור 9:4–11), סיר בישול (איור 17:4), שני פכים (איור 20:4, 21) ובקבוק (איור 22:4). על פני השטח (L29) התגלו שני מטבעות מהתקופה הביזנטית, האחד מהשנים 335–341 לסה"נ (ר"ע 143078) והאחר מהשנים 364–375 לסה"נ (ר"ע 143079). ממזרח לקיר 34 (L42) התגלה מטבע סלווקי ממטבעת צור מהשנים 222–126 לפסה"נ (ר"ע 143084).
בריבוע 7 נחשף קיר (W37; אורך השתמרות 1.5 מ', רוחב 0.4 מ'; איורים 17, 18), שנבנה על אדמת סחף בציר כללי מזרח–מערב מאבני גיר שחלקן מסותתות. בריבוע התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הרומית, ובהם סיר בישול (איור 16:4).
 
שכבה II (התקופה הביזנטית). בריבוע 9 נחשף קיר רחב (W40; אורך חשיפה 4 מ', רוחב 1.3 מ'; איורים 19, 20), שנבנה בציר מזרח–מערב מפן צפוני של אבנים גדולות ופן דרומי של אבנים בינוניות, ובתווך מילוי של אבני גוויל וחומר מלכד. צמוד לפן הדרומי של הקיר נבנו שתי אומנות. בחפירה התגלו שברי כלי חרס מהתקופה הביזנטית, ובהם שתי קערות (איור 23:4, 24). מצפון לקיר (L45) התגלה מטבע מנע'יר ממטבעת מצר אל-מחרוסה מהשנים 1574–1603 לסה"נ (ר"ע 143085).
 
שכבה I (התקופה הממלוכית). בריבוע 8 נחשפה מפולת של אבנים במגוון מידות (איורים 21, 22). האבנים נחשפו בתוך שכבת אדמה אפורה, שמעורבים בה אבנים ושברי כלי חרס מהתקופה הממלוכית, ובהם קערה (איור 25:4)ובסיס קערה (איור 26:4). על פני השטח (L30) נתגלה מטבע של א-צלאח חאג'י הב' ממטבעת דמשק מהשנים 1388/9 לסה"נ (ר"ע 143080). ממערב למפולת האבנים נחשפה שכבת אדמה בהירה (L33), ובה התגלו שלושה מטבעות, ובהם מטבע אוטונומי ממטבעת צידון מהשנים 109/8–44/3 לפסה"נ (ר"ע 143081), מטבע של ברקוק ממטבעת דמשק מהשנים 1390–1399 (ר"ע 143083) ופלס מהתקופה הממלוכית (ר"ע 143082). מתחת למפולת האבנים (L49) נחשף פלס של לאג'ין ממטבעת דמשק מהשנים 1296–1299 לסה"נ (ר"ע 143086).
 
שרידי הבנייה מהתקופה הכלקוליתית המאוחרת שהתגלו בריבוע 1 הם חידוש חשוב, מפני שמדרום לנחל ציפורי לא התגלתה שכבה מתקופה זו. נראה כי בתקופה הכלקוליתית המאוחרת השתרע היישוב רק מצדו הצפוני של הנחל. העדר ממצאים מהתקופות הניאוליתית והכלקוליתית הקדומה בחפירה מלמד כנראה כי היישוב מתקופות אלה לא השתרע מצדו הצפוני של הנחל. שרידי הבנייה מהתקופות הרומית, הביזנטית והממלוכית קשורים כנראה לעורף החקלאי של ציפורי בתקופות אלה.