בחודש מאי 2006 נערכה חפירת הצלה במדרון הצפוני-מערבי של גבעת הכפר מיסר (הרשאה מס' 4787-A; נ"צ 20415-8/70580-2), לקראת פיתוח. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון מ' עמארנה, נוהלה על ידי ע' מסארווה, בסיוע א' בכר (מנהלה), ט' קורנפלד (מדידות ושרטוט), צ' שגיב (צילום שטח), פ' גנדלמן (זיהוי כלי חרס), מ' שויסקיה (ציור כלי חרס), ומ' פיילשטוקר (הנחיה).
בחפירות שנערכו בעבר בכפר נחשפו שרידי מבנים ומתקנים מהתקופות הרומית, הביזנטית והאסלאמית הקדומה (חדשות ארכיאולוגיות 113: 50, חדשות ארכיאולוגיות 121 וכן הרשאות 3058-A-3925 ,A).
נחפר ריבוע אחד (איור 1) ונחשף תא הבעירה של כבשן לייצור כלי חרס שתוארך לתקופה הרומית הקדומה (המאה הא' לסה"נ).
תא הבעירה כלל קיר עגול, משטח עגול ופתח. הקיר (W10; כ-3.17 מ' קוטר פנימי, 5.1 מ' קוטר חיצוני, 1.5 מ' גובה) השתמר לגובה שבעה נדבכים ונבנה באבני גזית גדולות
(0.24×0.44×0.60 מ') שדופנו משני צדיהן באבני גוויל במגוון גדלים ולוכדו באדמה. על אבני הקיר סימני שרפה. במרכז השטח התחום בקיר 10 נחשף משטח עגול (L304; כ-1.65 מ' קוטר, 1.1 מ' גובה השתמרות; איור 2), בנוי על סלע האם מאבני גזית קטנות שעליהן אפר וסימני שרפה ברורים. פתח המתקן נמצא בצדו המזרחי וצורתו קמרון
(L307; רוחב 1.8 מ', גובה 1.82 מ'), בנוי אבני גזית (0.2×0.3×0.5 מ'). הקמרון תחום בין שני קירות שכיוונם צפון–דרום (W12 ,W11), הצמודים לקיר 10 וממשיכים אל מחוץ לשטח החפירה. קירות 11 ו-12 בנויים אבני גזית והשתמרו לגובה שני נדבכים. רצפת הקמרון (L309) עשויה אדמה חומה מהודקת עם אבנים קטנות. הקמרון נסתם במפולת אבנים ואדמה (L308).
על רצפת המתקן, במילוי שבפתחו ובין אבני קיר 10 התגלו שברי כלי חרס ובהם קערה (איור 3: 1), סירי בישול (איור 3: 2–4) וקנקנים (איור 3: 5–9) המתוארכים כולם לתקופה הרומית (המאה הא' לסה"נ). כן התגלו חרסים מעוותים.