נחפרו שתי מערות קבורה חצובות (A, B; איור 1) בגדה הדרומית של נחל ציפורי, במרחק כ-500 מ' מדרום לתל חלי המערבי וכקילומטר מדרום-מערב לראס עלי (תל עליל). המערות קשורות לבית הקברות הקדום של ראס עלי אתר בולט לאורך הדרך הקדומה שעברה באפיקו של נחל ציפורי (ואדי אלמאלכ), אשר חיברה בין החורן והבשן לבין נמל עכו. תל עליל מזוהה עם העיר המקראית חלי, המוזכרת בגבול נחלת שבט אשר: "וַיֵּצֵא הַגּוֹרָל הַחֲמִישִׁי, לְמַטֵּה בְנֵי-אָשֵׁר לְמִשְׁפְּחוֹתָם; וַיְהִי, גְּבוּלָם--חֶלְקַת וַחֲלִי, וָבֶטֶן וְאַכְשָׁף" (יהושע יט, כד–כה; גל תש"ן:36). סמוך למערות נחפרה בעבר מערת קבורה שתוארכה לתקופת הברונזה הביניימית ולשלהי תקופת הברונזה התיכונה (הורביץ וליפקונסקי תשע"ד).
למערה A פיר כניסה (101L), שנפגע בעבודות הפיתוח, וממנו נחצבו שבעה חללים (100L, 102L–107L; איור 2), שביניהם מעברים צרים. במערה זוהו שני שלבי שימוש לשלב הקדום יוחסו פיר הכניסה וחלל 100 המתוארכים לתקופת הברונזה הביניימית, ולשלב המאוחר יוחסו יתר החללים המתוארכים לתקופות הברונזה התיכונה 2א'–ב'. מערה B נהרסה ונותר ממנה חלל אחד, שזוהו בו שתי שכבות (200L, 201L), שזמנן למן תקופת הברונזה התיכונה 2א' ועד תקופת הברונזה המאוחרת 1. את השכבות הקדומות במערות כיסתה שכבה של סחף (0.3–0.4 מ' עובי) ללא ממצא, שחדר כנראה מפיר הכניסה.
 
מערה A. לשלב הקדום במערה יוחסו פיר כניסה 101, שלא נחפר מטעמי בטיחות, וחלל 100 שמתארו סגלגל. בחלל 100 נחשפו שתי שכבות: בשכבה התחתונה, על קרקעית המערה, נמצאו שתי קנקניות מתקופת הברונזה הביניימית, עת נחצבה המערה ונעשה בה השימוש הראשון (איור 3); בשכבה העליונה נחשפו פזורת של עצמות אדם השייכות לנקברים שונים, כלי חרס רבים מתקופת הב"ת 2א', שני ראשי חנית, דקר, סיכת רכיסה וטבעת מעצם. חלל 100 הוביל צפונה לחלל 102, שנהרס לחלוטין מכלי מכני, ולכן זמן חציבתו לא ידוע.
בשלב המאוחר נחצב ממזרח לחלל 100 חלל 107 שמתארו רבוע, ששרדה ממנו רק הקרקעית. על קרקעית חלל 107 נחשפו פזורת של עצמות אדם וכלי חרס רבים מן התקופות הב"ת 2א'–ב'. ממערב לחלל 100 נחצב חלל 103, הגדול ביותר המערה, שעל קרקעיתו נחשפו עצמות אדם וכלי חרס מתקופת הב"ת 2א' בערבוביה (איור 4). ממערב לחלל 103 נחצב חלל 104, שעל קרקעיתו התגלתה ערבוביה של עצמות אדם וכלי חרס מתקופת הב"ת 2א' ומראשית תקופת הב"ת 2ב'. מדרום לחלל 104 נחצב חלל 105, שחציבתו לא הושלמה, ולא התגלה בו ממצא. מצפון לחלל 104 נחצב חלל 106, הפנימי ביותר במערה, ונמצאו בו מעט שברי כלי חרס.
בממצא מהחללים ומהמעברים שביניהם עצמות אדם, כלי חרס רבים, כלי נשק מברונזה, סיכות רכיסה מברונזה ותכשיטים, המתוארכים לתקופות הב"ת 2א' והב"ת 2ב'. כלי החרס כוללים מעט כלי אגירה, ובעיקר מגוון של קערות, פכים ופכיות, ובהם פך קפריסאי ממשפחת הכלים 'צבוע על לבן' וחרסים ממשפחת כלי תל אל-יהודייה. נוכחותם של כלים אלה קשורה כנראה למיקום האתר על אם הדרך הקדומה, שאפשר מגע עם סוחרים וסחורות ממקורות רחוקים ושונים.
 
מערה B. שרדה פינה של חלל, כנראה מאספת המערה, וזוהו בה שתי שכבות (200L, 201L; איור 5), ובהן ערבוביה של מאות כלי חרס, חפצי ברונזה ועצמות אדם השייכות לנקברים רבים. הממצא משתי השכבות תוארך למן תקופת הב"ת 2א' ועד לתקופת הב"מ 1, פרט לשבר אחד של כלי חרס מתקופת הברונזה הביניימית. בדומה לממצא ממערה A, גם במערה B נמצאו מעט כלי אגירה גדולים ובעיקר מגוון של קערות, פכים ופכיות, ובהם כלי ייבוא מקפריסין פך (בילביל) מטיפוס Base Ring 1, שני פכים ממשפחת 'צבוע על לבן' ושברים אחדים של כלים דו-גוניים.
 
בחפירת שתי המערות נמצאו עדויות לשימוש בתקופות הברונזה הביניימית, הב"ת 2א' והב"ת 2ב', ובמערה B השימוש נמשך עד לתקופת הב"מ 1. הממצא הקרמי כולל כלים שיוצרו בייצור מקומי וכלי ייבוא. נראה כי השימוש במערה A החל בתקופת הברונזה הביניימית, בחלל אחד, ובתקופת הב"ת 2א' הורחבה המערה ונחצבו חללים נוספים. בסביבת המערות לא מוכרים אתרי התיישבות משמעותיים מתקופת הברונזה הביניימית, ולכן ייתכן, כהנחתו של גצוב (תשנ"ה:*16–*17), כי הקבורה במקום שייכת לאוכלוסייה חקלאית מקומית. השימוש הנרחב במערות בתקופת הב"ת 2 והב"מ 1 קשור כנראה להתיישבות בתל עליל, הנמצא במרחק של כקילומטר ממזרח למערות.