בחודשים מאי ויוני 2007 נערכה חפירת הצלה בגדה המערבית של נחל רפאים, למרגלות הכפר בתיר, כ-20 מ' ממערב למסילת הברזל תל אביב–ירושלים (הרשאה 5120-A; נ"צ 2130-4/6262-70), לקראת בניית גדר ההפרדה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הביטחון, נוהלה על ידי י' דגן (מדידות וצילום שטח), בסיוע ר' אבו חלף (מנהלה), ל' ברדה ומ' בירקנפלד (GPS), א' נגורסקי (מרחב ירושלים) ופועלים ממזרח ירושלים. תושבי הכפר, במיוחד מר ע' שרשור, תרמו מידע רב שסייע בהבנת השרידים.
נחל רפאים הוא ציר מעבר חשוב היורד מהרי ירושלים לעבר נחל שורק ומישור החוף. המים הזמינים לאורך הנחל ושטחי הקרקע הפוריים שלצדיו אפשרו במהלך הדורות התיישבות שהתבססה על חקלאות אינטנסיבית (למשל קדמוניות 103–82:104–95). התל הקדום של בתיר (ח' אל-יהוד) נמצא כ-230 מ' מעל הנחל. בחפירות שנערכו בו בעבר (ארץ ישראל 260:23–275; קדמוניות 108:136–112) ושוב לאחרונה (י' מגן, מידע בע"פ) נחשפו קטעי ביצור מתקופת הברונזה התיכונה ונמצאו שברי כלי חרס למן האלף השלישי לפסה"נ עד שלהי האלף הראשון לסה"נ.
שטח החפירה (כ-280 דונם) נמצא במדרון שמתחת לתל, מצפון-מזרח לכפר בתיר, בעיקר בתחומי חלקות שבהן גדלים עצי פרי וגידולים עונתיים, וכן בשטחי בור שבהם צומחים שיחים ועצי אורן בודדים. על המדרון התלול (כ-45–60 מעלות) ניבנו תריסר מדרגות עיבוד (איורים 1 ו-2) שעליהן נשפכה קרקע שהובאה מקרקעית הוואדי או מהתל. בקירות התמך של מדרגות העיבוד שולבו אבני בנייה שמקורן ביישוב הקדום שעל התל (איורים 3 ו-4), בדומה לקירות שליד כפרים קדומים אחרים באזור (PEQ 126:2–23; IAA Reports 3:6–13, Pl. 2.1). על מדרגות העיבוד נלקטו שברי כלי חרס מתקופות הברונזה הקדומה (ספורים), הברונזה התיכונה 2 (רבים) והברזל 2 (רבים) ומהתקופות הפרסית (ספורים), הרומית והביזנטית (רבים) והממלוכית (אחדים); ייתכן שנשטפו מהתל או שהובאו עם האדמה הפורייה שנשפכה על מדרגות העיבוד.
נחפרו 24 אתרים (50–73; איור 5), שחלקם אותר בסקר קודם (הרשאה מס' 4182-A), ובהם מערות (56, 68) ששימשו למגורים (50, 52, 54 ו-72) ולקבורה (53, 57 ו-62), מתקנים חצובים (60 ו-69) ובנויים (59 ו-61), וחציבות (51, 55, 58 ו-73). כן נחפרו תעלות בדיקה על מדרגות העיבוד (63–67, 70 ו-71) ונסקר המדרון שמצפון לשטח החפירה, שבו אותרו ערמות סיקול, קירות תמך של מדרגות עיבוד, מחצבות ומתקנים לעיבוד תוצרת חקלאית.
אתר 50 (27 בסקר הקודם). בחלק הנמוך של המדרון נראה פתח גדול של מערה (1.84×3.20 מ'; איור 6) הפונה למזרח, כלפי הנחל. המערה (4.6×6.2 מ', 2.55 מ' גובה; איורים 7 ו-8), ששימשה בדורות האחרונים למגורי רועים, נחצבה בנארי ובגיר קירטוני רך בשלושה שלבים (C–A). מעבר צר (0.65 מ' רוחב) מוליך אל חלל A שנחפר עד רצפת הסלע; נמצאו שברי כלי חרס מעטים מהתקופה העות'מאנית ומטבע בן ימינו. אל חלל B (מידות 1.65×2.80 מ') שבמערב עולים בשתי מדרגות (0.42 מ' רוחב, 0.28 מ' גובה; 0.68 מ' רוחב, 0.25 מ' גובה) שייתכן כי שימשו תחילה ספסל. ממערב לחלל B נחצב חלל C (מידות 0.86×1.20 מ', 1.2 מ' גובה) שהיה ריק. מחוץ לפתח המערה נחפר ריבוע (3×3 מ', 0.25 מ' עומק; איור 9) עד לסלע ונלקטו שברי כלי חרס ספורים מהתקופות הרומית והעות'מאנית. מחוץ למערה, בדרום, נחשפה מדרגה חצובה, אולי ספסל.
אתר 51. על המדרון, בשולי טרסה חקלאית, נראים שקע על פני השטח וחציבה מלבנית על מצוק הסלע שממערב לו (איור 10). בחפירה התברר שכנראה היה במקום חלל קרסטי או חצוב (0.85×1.20 מ') שתקרתו התמוטטה. ממערב לשקע נראית חציבה מלבנית על מחשוף סלע (0.62×1.25 מ'), אולי סימון לחציבה שלא יצאה לפועל.
אתר 52. בחלק העליון של המדרון נראה פתח מערה הפונה לדרום-מזרח שלפניו שפכים רבים של אדמה אדומה, כנראה עדות לחפירת שוד (איור 11). בשפכים נמצאו שברי כלי חרס ספורים שכללו שברי סיר בישול וקנקן מהתקופה הרומית ושברים גדולים של קנקנים וידית פכית מהתקופה הביזנטית. מסדרון (1.2 מ' אורך, 1 מ' רוחב) מוליך אל פנים המערה (3.5×5.4 מ', 2.38 מ' גובה) שהייתה ריקה משפכים. בדופן הצפונית-מערבית, 0.75 מ' מעל הרצפה, חצובים שני כוכים (0.37×0.47 מ', 0.27 מ' עומק) במרחק 0.33 מ' זה מזה. לא נראה שהמערה שימשה לקבורה.
אתר 53. מצפון-מזרח לאתר 52 נראה פתח מערה (איור 12) שלפניו שפכי חפירת שוד שהכילו שברי קנקן מהתקופה הביזנטית. בשל התמוטטות אי אפשר להיכנס לחלק הפנימי של המערה, שלא נחפר. לצד המערה נמצא כוך קטן (1.2×1.4 מ', 0.85 מ' גובה) שבו שרידי מחצלת וקנקן 'עזה' שחור.
אתר 54 (23 בסקר הקודם). מדרום לאתר 50 נמצאה מערה שפתחה פונה למזרח. המערה (כ-1.6×2.0 מ') סתומה בשפכים ונשדדה בעבר. בפתח המערה, מתחת לשכבת עפר שהוציאו השודדים, נמצאו שברי כלי חרס ספורים מתקופת הברזל 2, ובהם שבר קערה ממורק, שבר סיר בישול ושברי גוף, ומהתקופה הרומית המאוחרת; נראה שנשטפו מהתל.
אתר 55. בצפון, בין האורנים, נמצא כוך מלבני חצוב (0.26×0.40 מ', 0.5 מ' גובה; איור 13).
אתר 56. בחלק הגבוה של המדרון, מעל אתר 54, תועדו שני פתחי מערות חסומות בעפר הפונים מזרחה. סביב הפתח הצפוני נבנה קיר מעגלי באבני גוויל שחלקן מסותתות ברישול (איורים 14 ו-15). בפתח השני, 12 מ' דרומה, ניכרת הרחבה בחציבה ונמצא כוך חצוב (0.4 מ' מעל הרצפה).
אתר 57 (24 בסקר הקודם). בחלק העליון של המדרון נראה פתח מערה חצובה (1.5×2.0 מ') שלפניו ערמת שפך בצבע אפור-שחור (כ-4 מ' קוטר; איור 16). דופנות המערה שחורים מפיח ועל רצפתה אבני גיר שרופות. בדופן המערבית נחצב בשנים האחרונות פתח לכניסת אוויר. לדברי תושבי הכפר, המערה שימשה מפחמה.
אתר 58. על מחשוף סלע בחלק הצפוני של המדרון נראית מחצבה (1.17×2.55 מ'; איור 17) שבה דפוסי אבן שנחצבו בשתי מדרגות, עליונה (0.3 מ' רוחב, 0.36 מ' גובה) ותחתונה (0.87 מ' רוחב, 0.2 מ' גובה).
אתר 59. בחלק העליון של המדרון, מעל אתר 58, תועדו שרידי שומרה (3×3 מ', כ-1 מ' גובה השתמרות; איור 18). בין אבני הבנייה נראות אבנים מסותתות ושלוש אבנים עם סיתות שוליים (0.30×0.44×0.72 מ').
אתר 60 (25 בסקר הקודם). במעלה המדרון הפונה צפונה נמצאו על גושי סלע מבודדים אחדים מתקנים חצובים לעיבוד תוצרת חקלאית. על הסלע הדרומי חצובים שני אגנים עגולים (0.35 מ' קוטר, 0.22 מ' עומק) ואגן סגלגל (0.30×0.47 מ', 0.47 מ' עומק), שממזרח לו חצובה תעלה (0.55 מ' אורך, 0.14 מ' עומק) שמובילה למדרגה נמוכה בסלע (איור 19); נראה שהמתקן שימש בודדה להפקת שמן. מצפון לאגנים חצובים שני ספלולים (0.28 מ' קוטר, 0.18 מ' עומק). ממערב חצובים עוד שני אגנים (0.37 מ' קוטר, 0.17 מ' עומק). ממזרח לאגנים נראים תשלילי חציבות (1.8×2.4 מ'; איור 20). סביב המתקנים נלקטו שברי כלי חרס מתקופת הברזל 2 ומהתקופה הביזנטית.
אתר 61 (20 בסקר הקודם). בחלק הגבוה של המדרון נחשף קטע מתעלת ניקוז (2.8 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, 0.62 מ' עומק; איורים 21 ו-22) בנויה אבני גוויל ואבנים מסותתות במגוון גדלים, שנועדה לנתב מי עודפים מהמדרון ומשמשת גם גבול בין חלקות עיבוד. על מדרגת עיבוד נחשף קטע מהתעלה הבנוי אבני גוויל גדולות שביניהן הונחו אבני שדה קטנות. במערב נראה קטע תעלה נוסף (3.74 מ' אורך). נראה שהתעלה כוסתה בלוחות אבן גדולים ששבריהם נמצאו במפולת.
אתר 62 (22 בסקר הקודם). למרגלות מחשוף סלע במדרון נראה פתח רבוע (0.7×0.8 מ'; איור 23) של מערת קבורה חצובה בהידור (2.26×2.94 מ', 0.92 מ' גובה). על הדופן הצפונית נראים שרידי חציבות מרושלות מאוחרות. רצפת המערה מכוסה בשפכים (0.44 מ' עובי). לפני פתח המערה נמצאו שברי כלי חרס מעטים מהתקופה הרומית המאוחרת וקיר (1 מ' גובה) שבו שולבו אבנים מסותתות. פנים המערה לא נחפר ונראה כי נשדדה לפני שנים רבות.
אתר 63. על מדרון תלול בשטח כרם זיתים נחפר חתך לרוחב שתי מדרגות עיבוד עד הסלע (10.52 מ' אורך, 1 מ' רוחב; איור 24). בשתי המדרגות הובחנו שכבות של אדמת גן (0.6–0.7 מ' עומק) שכנראה הובאה מתחתית הוואדי. במדרגה המזרחית נמצאו שברי כלי חרס ספורים מהתקופה הביזנטית.
אתרים 64–67, 70 ו-71. על הטרסות החקלאיות נפתחו חתכי בדיקה ונמצאו שברי כלי חרס מתקופת הברזל 2 ומהתקופות הרומית הקדומה והמאוחרת, הביזנטית והממלוכית, וכן נתזי צור.
אתר 68. במחשוף סלע נראו פתחי שתי מערות שנוקו והתברר כי הן טבעיות.
אתר 69. על מחשוף סלע (0.88×1.44 מ') חצובים אגן (0.46 מ' קוטר, 0.22 מ' עומק; איור 25), שני ספלולים (0.2 מ' קוטר, 0.16 מ' עומק) ואגן סגלגל (0.26×0.60 מ', 0.32 מ' עומק).
אתר 72 (19 בסקר הקודם). סמוך לאתר 61 התגלה פתח מערה הפונה מזרחה. גג המערה התמוטט בחלקו והיא לא נחפרה מחשש למפולת. המערה סתומה ברובה ולדברי אחד מתושבי הכפר ההתמוטטות אירעה לפני 50 שנים. נראה שזו מערה טבעית ששימשה למגורי רועים.
אתר 73. על מחשוף סלע נראים רבדים של בולבוסי צור (איור 26) שייתכן כי היו מקור לחומר גלם בתקופות קדומות (Grosman L. and Goren-Inbar N. 2007. “Taming” Rocks and Changing Landscapes. A New Interpretation of Neolithic Cupmarks. Current Anthropology 48/5:732–740). נאספו פריטי צור ספורים שאינם ניתנים לתיארוך.
בחפירה נחשף חלק מהמערכת החקלאית שבשולי היישוב הקדום המעידה כי מדרגות העיבוד הן פרי עמלם של דורות רבים, עד ימינו. את מערות הקבורה שתועדו אפשר לתארך לתקופות המיוצגות בתל, ונראה שהן חלק מבית קברות גדול שהמשכו בחלק העליון של המדרון.