בבדיקת מערכת המערות וחפירה חלקית בה נמצאו בשתיים מהמערות (B ו-C) ממצאים שטרם נשדדו.

לשלוש המערות (CA) שתועדו הייתה חצר משותפת (איור 2) בציר כללי צפון–דרום (חצר D, כ-2.5 מ' אורך; 1.8–2.1 מ' רוחב; 1.6–1.9 מ' עומק החצר מפני הסלע). בשלוש מדופנותיה של החצר נקבעו פתחים לשלוש מערות הקבורה.
שודדי העתיקות חפרו בחלק המזרחי של החצר ופרצו את פתח מערת הקבורה A. ממערה זו הצליחו השודדים לעבור למערות B ו-C דרך חיבורים קדומים בין כוכי הקבורה של המערות.
 
מערה A. החזית עוטרה במסגרת חצובה שלה מתאר קשתי ובמרכזה מסגרת מלבנית נוספת, שהותקנה סביב פתח המערה ונועדה לאבן גולל דמוית פקק (איור 3). מפתח המערה הובילה מדרגה (0.3 מ' רוחב, 0.5 מ' גובה מסף פתח המערה וכ-0.6 מ' מעל למפלס רצפת חדר הקבורה) אל חדר קבורה מרכזי (2.3 × 2.3 מ', 1.7 מ' גובה) שהותקנו בו חמישה כוכי קבורה (1.8 מ' אורך ממוצע, כ-0.7 מ' רוחב). מסגרת מלבנית נחצבה סביב פתחי הכוכים להתאמת לוחות סגירה מאבן, שנמצאו מוטלים בחדר הקבורה (איור 4). בדופן הדרומית נחצב כוך רחב (A4; כ-1 מ' רוחב), שבחלקו הפנימי נחצב פתח שהוליך לעבר כוך/חדרון נוסף (A5) ונחסם בלוח סגירה שנמצא סמוך (איור 5). מידותיהם יוצאות הדופן של כוכים A4 ו-A5 מעלות את ההשערה כי הם שימשו מחסנים לגלוסקמות. עם זאת, בעקבות שוד העתיקות, לא נמצאו ממצאים כלשהם במערה. בתקרת כוך A6, שנחצב גם הוא בדופן הדרומית של המערה, נחצב פתח סגלגל (כ-0.4 מ' קוטר) שדרכו התאפשר מעבר למערה B הסמוכה, דרך כוך קבורה B1, שנמצא במפלס גבוה יותר (איור 6).
 
מערה B. מהחצר המשותפת הוביל אל המערה מבוא צר חצוב בסלע (0.7 מ' רוחב). פתח המערה לא נחשף בחפירה אולם אפשר היה להבחין כי הוא נסגר באמצעות אבן רבועה דמוית פקק. חדר הקבורה המרכזי רבוע (1.9 × 2.0 מ') ובמרכזו נחצב בור עמידה (1.1 מ' אורך, 1.1 מ' רוחב, 0.7 מ' עומק). בדופן הדרומית-מזרחית נחצבו כוך קבורה (B1; כ-1.7 מ' אורך, 0.4 מ' רוחב, 0.5 מ' גובה) ולידו כוך קצר יותר (B2; כ-0.7 מ' אורך, 0.45 מ' רוחב). בדופן הדרומית-מערבית של כוך זה נחצב כוך קטן סגלגל, שנמצאו בו עצמות אדם מלוקטות; הכוך נחסם בבניית דבש וטיח. על סמך מידותיו דומה כי גם כוך B1 שימש לליקוט עצמות או להנחת גלוסקמה. בדופן הדרומית-מערבית של חדר הקבורה נחצבו שלושה כוכי קבורה (B5–B3) שנמצאו בהם שברי גלוסקמות ללא עיטורים. לפני כוך B3 נחצב מדף ונמצאו גלוסקמה תמימה ושני מכסי גלוסקמה, שהונחו שם על יד השודדים (איורים 7, 8). סמוך לתקרה בין כוכים B4 ו-B5 נחצב כוך מלבני רדוד לליקוט עצמות. בדופן הצפונית-מערבית של חדר הקבורה נחצב כוך קבורה נוסף (B6). בדופנות בור העמידה נחצבו שני כוכים קצרים (B8 ,B7, כ-0.7 מ' אורך) ששימשו כנראה להצבת גלוסקמות או לליקוט עצמות. כוך B8 הותקן בדופן הצפונית-מערבית של בור העמידה, והוא מחובר במחילה לכוך קבורה (C1; איור 9) במערה C. באדמת הסחף שמילאה את מערה B נמצאו חרסים של פכים אגסיים (לא צוירו) המאפשרים לתארך את הקבורה במערה למאה הא' לסה"נ. כן נתגלו במערה עגיל וטבעת מברונזה.
 
מערה C. פתח המערה הוקף במסגרת חצובה רבועה, ואבן גולל דמוית פקק שנמצאה באתרה, חתמה את המערה (איור 10). מפתח המערה הובילה מדרגה (0.3 מ' שלח, 0.4 מ' רום, 0.6 מ' אורך) אל חדר קבורה מרכזי רבוע (1.75 × 1.75 מ') שבדופנו הדרומית-מערבית נחצבו שני כוכי קבורה (C1 ו-C2) ובדופן הצפונית-מערבית נחצב כוך נוסף (C3). בדופן הצפונית-מזרחית נפרץ פתח (בעבר, אולי על ידי שודדים), שהוליך לעבר חלל חצוב מלבני (C4; כ-2.6 מ' רוחב) שחלקו הצפוני נחסם באדמת סחף ובבניית אבני גזית. על גבי רצפת חדר הקבורה נמצאו מוטלים לוחות אבן שנועדו לסגירת כוכי הקבורה וכן שתי גלוסקמות מעוטרות בדגם ורדות עשויות במחוגה (איורים 11, 12). סמוך לפינה הדרומית של חדר הקבורה נחצב ברצפה פיר מלבני (איור 13; 0.55 מ' רוחב, 0.8 מ' אורך, כ-1 מ' גובה) שהובילה אליו מדרגת עזר. בדופן הדרומית-מזרחית הצרה של הפיר נחצב פתח (0.35 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה) שהוביל במדרגת עזר לחדר מלבני (C5; כ-1.6 מ' רוחב, 1.9 מ' אורך, 1.6 מ' גובה), המשתרע במרבית שטחו מתחת למפלס רצפת החצר המשותפת D. על רצפת החדר נמצאה גלוסקמה תמימה לא מעוטרת (איור 14; המכסה נמצא קרוב, שבור). נראה כי החדר שימש מחסן לגלוסקמות, וייתכן כי שתי הגלוסקמות שנמצאו בחדר הקבורה המרכזי הוצאו מכאן על ידי שודדים. 
 
למערכת מערות הקבורה מאפיינים אדריכליים נפוצים, דוגמת חצר משותפת, פתח מוקף במסגרת, חדר קבורה מרכזי, כוכי קבורה וכוכי ליקוט, אבני גולל דמויות פקק ולוחות סגירה, האופייניים למערות הקבורה ששימשו יהודים בשלהי ימי הבית השני. הגלוסקמות –המעידות על קבורה ראשונית בכוכים וקבורה משנית בגלוסקמות (קלונר וזיסו תשס"ג) – לצד הפכים האגסיים, מתארכים את השימוש במערות למאה הא' לסה"נ, שלהי ימי הבית השני. 
מערכת מערות קבורה זו היא חלק מהנקרופוליס של ירושלים בשלהי ימי הבית השני.