בעבודת פיקוח טרם החפירה הוסרו מילויי אדמה עד למציאת שרידים אדריכליים קדומים, ובעקבות זאת נפתח ריבוע חפירה (1.5 × 3.0 מ') בפינה הצפונית-מזרחית של החדר (איור 3).

סדר הצגת השכבות מהקדום למאוחר:
שכבה IV התקופה הפאטימית (המאה הי"א לסה"נ). נחשף קיר (W2; כ-3.5 מ' אורך, 0.7 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה השתמרות) בציר צפון–דרום, בנוי מאבנים מהוקצעות שביניהן חומר מליטה אפור. בקיר 2 קשת אטומה ומטויחת שלה מפתח נמוך (איור 3, חתך 1–1). ייתכן כי קיר קדום (1.2 מ' עומק חשיפה; איור 4), שנבנה מאבני שדה מאוגדות בחומר מליטה אפור-בהיר וקשה, ובולט מקו הקיר ב-0.4 מ', שימש יסוד, אך היקפה המצומצם של החפירה לא אִפשר לברר זאת. אל יסוד זה ניגש מילוי אדמה אפורה-חומה (L14), בתוכו ממצא קרמי רב שתוארך לתקופות העבאסית (המאות הט'–הי' לסה"נ) והפאטימית (המאה הי"א לסה"נ). עוד נמצא בשכבה זו מטבע סלווקי (המאה הב' לפסה"נ; ר"ע 158797). נראה כי קיר 2 נמשך דרומה וצפונה מעבר לגבולות החדר והחפירה.
 
שכבה IIIb התקופה הממלוכית (המאות הי"ג–הט"ו לסה"נ). ראש קיר 2 נהרס ועל גביו נבנה חדר הח'אן (W19 ,W18 ,W12 ,W11; איור 3). בין יסוד קיר 2 ויסודות קירות 11 ו-12 נמצא מפלס עפר מהודק (L16, L6), ומעליו מילויי אדמה שכיסו את שרידי ראש קיר 2 (L17 ,L9 ,L8 ,L4). בשכבה זו נמצא מטבע מן המאות הד'–הה' לסה"נ (ר"ע 158796).
חדר הח'אן קורה בקמרון שחציו הדרומי חביתי, וחציו הצפוני קמרון צולב. הקמרונות נבנו באבני שדה שביניהן חומר מליטה אפור עם גריסים שחורים ולבנים. קירות החדר נבנו באבנים בגודל בינוני, מהוקצעות בגסות לכדי מרובע ומאוגדות בחומר מליטה אפור עם גריסים שחורים ולבנים. בראש קיר 12 נבנה נדבך של אבני גזית שממנו התרומם הקמרון הצולב.
במרכז קיר 18 הותקן פתח החדר הפונה לחצר הח'אן; מדרגה בצדו הפנימי של הפתח גישרה בין מפלס החצר לרצפת החדר (איור 5). מעל הפתח נפער אשנב לעבר החצר שאִפשר זרימת אוויר וחדירת אור לחדר. אי אפשר לקבוע אם זמנו של האשנב מהקמת החדר בתקופה הממלוכית, או מאוחר יותר. אבן הסף המקורית ורצפת החדר לא השתמרו. אפשר להבחין בתפר בין מפגש קירות 12 ו-2, במקום שבו קיר 2 השתמר לגובה של תשעה נדבכים (איור 6).
 
שכבה IIIa התקופה הממלוכית. בפינה הצפונית-מזרחית של החדר נבנה מתקן תחום בשתי אבנים מסותתות בשימוש משני (W10) ובו מילוי של אבני שדה קטנות (L13). מתקן נוסף נבנה צמוד לקיר 12, משורת אבני שדה מאוגדות בחומר מליטה אפור עם גריסים שחורים ולבנים (L3).
 
שכבה II התקופה העות'מאנית (המאות הט"ו–הכ' לסה"נ). רצפת החדר הוגבהה במילויי אדמה עד לגובה סף הכניסה כיום (המפלס הוסר במהלך עבודת הפיקוח).
 
שכבה I התקופה המודרנית (המאה הכ"א). נבנה סף כניסה חדש מבטון.
 
חצר הח'אן
בחצר הח'אן תועדו שתי תעלות בדיקה.
תעלה I. זוהו שלבים אחדים: על גבי מילוי של אדמה חומה-אפורה ואבנים (L20) הושתתה רצפת חצר הח'אן מלוחות אבן בגודל בינוני וביניהן חלוקי נחל קטנים (L21; איור 7). מתחת לרצפה זו לוקטו חרסים המתוארכים לתקופה הממלוכית.
ייתכן כי בעת ריצוף החצר או בשלב מאוחר הותקנה תעלת ניקוז (L22) שחתכה את תשתית החצר (L20). התעלה, בציר צפון–דרום, מקורה בלוחות אבן, דופנותיה נבנו מאבנים מלבניות מסותתות (0.4 מ' רוחב פנימי, 0.8 מ' רוחב חיצוני, 0.25 מ' עומק, 1 מ' אורך חשיפה; איור 8) והיא כוסתה במילוי אדמה חומה-אפורה (L23). בשלב כלשהו יצאה התעלה מכלל שימוש והתמלאה בהצטברות של אדמה אפורה ותחוחה. על גבי הרצפה הקדומה הושתתה במהלך המאה הכ' רצפה חדשה מלוחות אבן גיר (L24).
תעלה II.נחשפו שרידים של הרצפה הקדומה של חצר הח'אן (L21), ומתחתיה ראש תעלה נוספת המקבילה לתעלה 22 (L25; איור 2).
 
ממצא החרסים מהחפירה מתוארך לתקופות האסלאמית הקדומה, הצלבנית–איובית, הממלוכית והעות'מאנית: קערות מהמאות הט'–הי' לסה"נ (איור 1:9–3), קערה Kellia Coptic Painted Ware (איור 4:9), מכסה (איור 5:9), קדרה (איור 6:9), גם הם מהמאות הט'–הי' לסה"נ, קערת סרצ'ה לימני מהמאה הי"א לסה"נ (איור 7:9), קערות מאמצע המאה הי"ב–אמצע המאה הי"ג לסה"נ (איור 8:9–10), קערה Aegean Ware מהמאה הי"ג לסה"נ (איור 11:9), מחבת מהמאות הי"ג–הי"ד לסה"נ (איור 12:9) וחלק עליון של סמובר עות'מאני (איור 13:9).
 
על אף ההיקף המצומצם של החפירה אפשר לקבוע כי בתקופה הפאטימית, המאה הי"א לסה"נ, היה במתחם מבנה שאופיו אינו ידוע. אולי היה קשר בין המבנה לבין המעבר המקורה והשוק הסמוכים לו מדרום (בורגין הציע כי הוא קדום לתקופה הצלבנית). לאחר מכן, בתקופתו של הסולטאן ברקוק, הוקם מבנה הח'אן על גבי שרידי המבנה הקדום. אי אפשר לתארך את התעלות שנחשפו בחצר הח'אן לתקופה הממלוכית בוודאות, ייתכן שהן מאוחרות.