שכבה VIII
ההשתמרות הדלה של הבנייה מן התקופה ההלניסטית היא כנראה תוצאה של פירוק המבנים לצורך שימוש משני באבניהם בתקופות מאוחרות. ממדי השטח המיושב בתקופה זו אינם ברורים.
בחצר האחורית נחשפו יסודות של קירות צנועים אחדים שנבנו מאבני כורכר בסיתות גס. לא ניתן היה לשחזר תוכנית ברורה ולא נמצאו רצפות. חלק מהקירות שולבו במבנים מהתקופה הצלבנית (איור 5). הממצא מן השכבה כלל כלי חרס, בהם כמה ידיות עם טביעות חותם ושבר צלמית, וכן שני מטבעות, אחד של תלמי הב' (246-285 לפסה"נ; ר"ע 119144) ומטבע הלניסטי מאוחר שאינו ניתן לתיארוך. בחצר הקדמית של המתחם נחשף פדיסטל בנוי אבן (1.2 מ' קוטר) המתוארך לתקופה ההלניסטית ולידו מוקד. קברים מאוחרים רבים ועצים המפוזרים בשטח לא אפשרו חשיפה נוספת של השרידים ובחינתם בהקשר רחב יותר.
 
שכבה IV
מרבית השרידים מהתקופה הצלבנית נמצאו בחצר האחורית של המתחם, אחרי הסרת מילוי מהתקופה העות'מאנית. השרידים כללו קירות אחדים, רצפות אבן ואדמה כבושה ושני בורות מים. במקורות היסטוריים מימי הביניים יש תיעוד לקרבות אחדים בין הצלבנים והמוסלמים ליד החומה המזרחית ביפו. לא אותרו סימני ביצור מתקופה זו והסברה היא שחומת העיר הצלבנית הייתה מערבה משם, צמוד לתל העתיק.
מהשרידים שנחשפו קשה לשרטט תוכנית מסודרת, אם כי הקירות מתאימים למתאר בתים פרטיים מהתקופה הצלבנית כפי שנחשפו בחפירות אחרות ביפו (חדשות ארכיאולוגיות 117; חדשות ארכיאולוגיות 120). בבנייה נעשה שימוש באבני כורכר מהוקצעות ולעתים הוסיפו טיט לחיזוק. מרבית הרצפות היו מאדמה כבושה ותשתיתן לוכדה בדרך כלל בכמויות גדולות של צדפים. רצפה אחת בצד הדרומי של החצר האחורית הייתה מרוצפת בלוחות גדולים ומסותתים היטב של אבן חוף וכורכר. במרכז הרצפה התגלה פתח מעוגל ומוקף אבנים של בור מים תת-קרקעי. מתחת לריצוף הייתה מערכת ניקוז מצופה אבן (איור 6). בור מים מקומר נוסף נמצא בצד המערבי של החצר האחורית. בחצר הקדמית נחשפו קיר צלבני ושני מתקנים מטויחים.
הממצאים מימי הביניים כללו מכלול קרמי גדול ומגוון, מטבעות אחדים מקומיים וזרים וכמה ראשי חץ. בין כלי החרס משכבה זו גרסאות מקומיות לצד כלים מיובאים ממרכזי ייצור אירופיים, מזרח תיכוניים וצפון אפריקנים (איור 7). רוב המטבעות נטבעו על ידי שליטים צלבניים ואירופיים, אך נמצאו גם מטבעות איוביות וממלוכיות. ההשתמרות הדלה יחסית של השרידים הצלבניים נובעת מן ההרס השיטתי של העיר לאחר הכיבוש הממלוכי, הנזכר במקורות היסטוריים מהתקופה, וכן בשל בניית הביצור המסיבי בתקופה העות'מאנית המאוחרת.
 
שכבה II
הממלוכים הרסו את יפו עד היסוד, כפי שעשו גם בערים ובמבצרים אחרים שכבשו מהצלבנים. העיר נותרה בהריסותיה עד למאה הי"ז לסה"נ וזכתה שוב במעמד של מרכז מסחרי רק במחצית השנייה של המאה הי"ח לסה"נ, אז חודשו ביצוריה. נחשפו שני שלבי ביצור: השלב הקדום תוארך למאה הי"ח וכלל מגדל מעוגל שבלט מקו החומה (איור 8). המגדל מופיע כנראה במפת ג'קוטין, שהוכנה על ידי מהנדס צבאי בצבא נפוליאון שכבש את יפו בראשית חודש מרס של שנת 1799. השלב המאוחר של הביצור העות'מאני היה חלק ממבצר מתומן מראשית המאה הי"ט שהוקם בפינה הצפונית-מזרחית של חומת העיר (איור 9). הביצורים המחודשים נבנו על ידי השלטונות העות'מאניים בסיוע בריטי לאחר נסיגת נפוליאון ונועדו להחליף את קו החומות שנהרס על ידי הצבא הצרפתי. המבצר הופיע בציורים ובמפות מהשנים 1860-1840. הביצורים ננטשו והוזנחו במהלך המחצית השנייה של המאה הי"ט ועד להקמת מתחם המשטרה שימש השטח לקבורה. לקראת בניית מתחם המשטרה הושקע מאמץ ניכר בפילוס השטח והוא ניכר בכל שטחי החפירה במילוי מכוון בעומק של עד 4 מ'. המילוי היה עשיר בממצאים מסוף המאה הי"ט לסה"נ: כלי עזה עות'מאניים, שברים של פורצלן אירופי שעל חלקו היו טביעות של בתי יוצר מתוארכים (איור 10), בקבוקי אבן וזכוכית, פסולת ברזל ומטבעות של סולטנים עות'מאניים וכן מטבעות מהמאה הי"ט שנטבעו באירופה ובצפון אפריקה. שלושת הבניינים במתחם הקישלה הוקמו כאשר מפלס פני השטח הגיע לגובה הרצוי. הקירות נבנו על מסד של קשתות בנוי, המוכר היטב מהבנייה העות'מאנית המאוחרת ביפו. 
שכבה I (המאה הכ' לסה"נ)
במהלך שלושים שנות השלטון הבריטי (1947-1917) נעשו שינויים תפקודיים ואדריכליים בבניינים. מגדלי בטון, מרפסות וגרמי מדרגות נוספו במקומות הדרושים בהתחשבות מועטה או ללא התחשבות כלל בעיטורים העות'מאניים. ממצאי שכבה זו כללו כפתורי מדים צבאיים, מטבעות, כלים ממגוון חמרים, שברי זכוכית וחלקים מכניים ממתכת וכן ריכוז של כ-80 רובים שנמצאו קבורים בחצר האחורית (איורים 11, 12). הרובים כללו פרטים מתוצרת בריטית, גרמנית ואמריקנית וכן רובי צייד דו-קניים רבים. כלי נשק כאלה היו בשימוש צבאי ואזרחי שגרתי בסוף המאה הי"ט ובראשית המאה הכ' לסה"נ. הרובים שוברו בכוונה וחלקם הועלה באש. אפשר שמקורם בהחרמת נשק לא חוקי בשנות ה-20 של המאה הכ', תקופת אי-שקט גובר בקרב ערביי יפו, בכלל זה התקפות חמושות נגד הכוחות הבריטיים ותושבים יהודים.