הבריכה ובור המים (איורים 3, 4). הבריכה (L303; אורך 3.1 מ', רוחב השתמרות 0.65–2.00 מ', גובה השתמרות 2.1 מ'; איור 5) חצובה ומטויחת; מתארה מלבני, דופנה הצפונית לא השתמרה. הטיח (2.5–4.0 ס"מ עובי), בצבע קרם, הכיל גיר וחצצים קטנטנים. מתקן מעל לבריכה (L302; איור 4: 1–1, 2–2), שנחפר בעונה הקודמת, הוא חלק מהמכלול, על סמך מיקומו והטיח הזהה לזה שבבריכה. בבריכה לא התגלו ממצאים מתארכים.
בור המים (L300; כ-8.15 מ' אורך, 5.35 מ' רוחב, 4 מ' עומק; איור 6) נחפר כ-1.5 מ' ממערב לבריכה 303. הוא חצוב בסלע, מתארו מרובע ומוליך אליו פיר מרובע (L300A; כ-1.15 מ' רוחב, 1.25 מ' עומק) שהיה סתום בלוחות אבן גדולים וחצובים, ודופנו הצפונית לא השתמרה. חציבת הבור לא הושלמה, בשל גושי סלע שהיו במרכז רצפתו. לא התגלה טיח בדפנות וברצפה. בבור נמצאו עצמות בעלי חיים, בהן תן, חזיר, צאן, סוס/חמור וחולדה, וכן חרסים המתוארכים למן תקופת הברזל 2 ועד התקופה הרומית הקדומה. מתקופת הברזל 2 נמצאו קערות (איור 1:7, 2), סירי בישול (איור 3:7, 4) וקנקנים (איור 5:7–7); מהתקופה הפרסית נמצאו קערות (איור 1:8–7), קדרות (איור 8:8–11), בהן שתיים שלהן ידית סל (איור 10:8, 11), קנקנים (איור 12:8–15) ופכים (איור 16:8–18); מהתקופה ההלניסטית נמצאו קנקנים (איור 1:9, 2) ומהתקופה הרומית הקדומה נמצאו קערה (איור 3:9), סירי בישול (איור 4:9–9) וקנקנים (איור 10:9–14). על סמך הממצא הקרמי נראה כי חציבת הבור, שלא הסתיימה, מתוארכת לסוף המאה הא' לפסה"נ.


חמישה קברי שוחה חצובים (L404–L400; אורך 1.45–2.60 מ', רוחב 0.55–0.85 מ', עומק 0.60–1.25 מ'; איורים 10–17) נחשפו כ-20 מ' מדרום-מערב לבור המים. מתארם מלבני וכיוונם אינו אחיד: ארבעה בציר כללי צפון–דרום ואחד בציר כללי מזרח–מערב. הקברים נמצאו מכוסים בלוחות אבן גדולים ושטוחים, מהוקצעים ומסותתים. הובחנו שני טיפוסי קברים:
טיפוס 1. קבר (L403) מכוסה בלוחות אבן אופקיים אשר הונחו על שוליים שנחצבו בחלקו העליון של הקבר. תא הקבורה נמצא בתחתית השוחה.
טיפוס 2 מייצג את רוב הקברים (L402–L400) ומאופיין בקבר מלבני אשר תא הקבורה הורחב כלפי אחד הצדדים. בדופן הנגדית להרחבה נחצב מדף שעליו נשענו באלכסון לוחות הכיסוי; בקבר 402 המדף חצוב ובנוי. אין אחידות בכיוון תא הקבורה הצדי, אולם המדף תמיד בצד הנגדי לתא.
בכל הקברים, למעט קבר 400, נחשפו עצמות אדם. בשלושה קברים (401–403) התגלה נקבר אחד בכל קבר, ואילו בקבר 404 התגלו שני נקברים. ממצאים התגלו בשני קברים בלבד (402, 403; ר' טבלה 1).
טבלה 1. הקברים
מס' לוקוס
נקברים
ממצאים
 
400
אין
אין
401
בוגר 
אין
402
ילד בגיל 7–8
גרעין זית ו-16 חרוזים מאבנים חצי יקרות (איור 18)
403
בוגר זכר בגיל 20 ומעלה
שני מסמרי ברזל ועליהם שרידי עץ
404
שני בוגרים זכרים בגילאים 30–40 ו-20–30
אין
 
שתי מערות של קבורה בכוכים (B ,A; כ-2.75 מ' רוחב כל מערה), מרוחקות 1.1 מ' זו מזו, נמצאו כ-95 מ' מדרום-מערב לבור המים. הן נפגעו קשות בהכשרת שטח לחניה פרטית ונותר מהן רק חלקן הדרומי שנסתם בימינו במילוי מכוון. במערה A זוהו חמישה כוכים (שלושה בדופן הדרומית ושניים בדופן המזרחית), ובמערה B זוהו ארבעה כוכים (שלושה בדופן הדרומית ואחד בדופן המערבית). על סמך תכניתן, אפשר לתארך את חציבת המערות לימי הבית השני.
 
הממצא העיקרי והחשוב מהחפירה הם חמשת קברי השוחה החצובים — חלק משדה קבורה גדול שנחפר בעבר. שדה הקבורה משתרע על פני שטח של כ-4.5 דונם לפחות ובו 88 קברים. בית הקברות תוארך לראשונה על ידי זיסו ומויאל לימי הבית השני, בעיקר על סמך שבר גלוסקמה שהתגלה באחד מקברי השוחה החצובים. את זהותם של הנקברים הוא שייך לכת האיסיים בגלל הדמיון בין הקברים של בית צפפה לקברים בחורבת קומראן ושני אתרים נוספים במדבר יהודה (זיסו תשנ"ז). תיארוך ודאי של בית הקברות התאפשר בשנת 2014 (נגר תשע"ו; הרשאה מס' 7187-A) בעקבות חשיפת קברי שוחה חצובים נוספים, מטיפוסים זהים לאלו שנתגלו לראשונה על ידי זיסו ומויאל. בקברים, שהתגלו חתומים התגלה שפע של ממצא המתוארך לתקופה הרומית המאוחרת, המאות הג'–הד' לסה"נ – נרות חרס, כלי זכוכית ומטבע משנת 312 לסה"נ המתוארך לימיו של מקסימינוס דאיה. סביר להניח כי הגלוסקמה, אשר שימשה עוגן לתיארוך הקברים לימי הבית השני על ידי החופרים, אינה באתרה, מאחר שגלוסקמות הן מאפיין מובהק של התרבות החומרית של ימי הבית השני ואופייניות למערות קבורה מסוג כוכים. ניתן אפוא להניח כי מקורה של הגלוסקמה באחת משתי מערות הכוכים שתועדו בחפירה, מדרום וקרוב לקברי השוחה. אין לדעת מה הסיבה שנעשה שימוש חוזר בגלוסקמה בקבר השוחה שבו התגלתה.