החפירה התמקדה במערה גדולה מתחת לשרידי כנסייה, שבה שלושה חללים חצובים (CA, חלל C דמוי פעמון; איור 2). הכניסה למכלול הייתה דרך מסדרון חצוב (איור 3) ממערב המוביל לחלל מרכזי (A) במרכז המערה שממנו התאפשר מעבר לחללים האחרים. במרכז חלל A במה מוגבהת, כנראה מודרנית (איור 4). 

      
חלל A. החלל (L100; איור 5), הוא הגדול במכלול כולו. נחפר חלקו הדרומי-מערבי (3 × 5 מ') המאופיין בפעילות מודרנית, בעיקר מגורי רועים. הובחנו קירות תאים שנבנו אבני גוויל בינוניות (איור 6). בדופנות המערה הובחנו גומחות אופקיות במגוון גדלים (איור 7). במערה נתגלו שתי מקטרות מן התקופה העות'מאנית (B1001; איור 8).
 
חלל B. חלל קטן יחסית (L101; איור 9) בחלק הצפוני-מערבי של המערה, ללא ממצא אדריכלי. נמצאה מקטרת מן התקופה העות'מאנית.
 
חלל C. החלל (L102) נחצב כפעמון ובתקרתו פתח הסתום היום בסלע שהונח כנראה בעת המודרנית. בקיר הדרומי של החלל, שם התמקדה החפירה, חצובה מגרעת (כ-0.1 מ' עומק, כ-0.15 מ' רוחב; איור 10) שנראה כי שימשה תעלת ניתוק לאבני קירטון שנחצבו במערה. על גבי קירות החלל נראים סימני חציבה וסימני ניתוק. עוד נתגלו בחפירה שכבת שרפה ובה שתי מקטרות שתוארכו לתקופה העות'מאנית.
 
המערה נמצאה מלאה אדמת סחף וחרסים מהתקופות הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הממלוכית והעות'מאנית, בהם נמצאו מקטרות. עוד נמצאו צמידים ומטבעות מהתקופה העות'מאנית. מהממצא הקרמי מסתמן כי המערה שימשה תקופות אחדות, אך אין אפשרות לציין במדויק לְמה שימשה. קרוב לוודאי שחציבת המערה נעשתה במהלך התקופה הביזנטית, עת התנוססה מעל המערה כנסייה (ואולי גם מנזר בקרבת מקום). השימוש במערות לצורכי מגורים לצד מנזרים היה נפוץ יחסית בתקופה זו. נראה כי במערה נחצבו במרוצת השנים אבני בנייה לצורכי היישוב חורבת בורגין שבמעלה הגבעה.