המערה (18 מ' אורך; 15 מ' רוחב; 3 מ' גובה) נמצאת כ-50 מ' ממזרח–צפון-מזרח לגת עתיקה שנחפרה בשנים 1995-1994 בשטח שסומן אז 3A (איור 1; ר' חדשות ארכיאולוגיות ק"ד: 75). החלק המרכזי של תקרת המערה (כ-5 × 11 מ') התמוטט כבר בעת העתיקה. חלק זה נמצא מלא ומכוסה בשפכים של חומרי בנייה מודרניים, שהוסרו באמצעות כלי מכני עד לשכבת האדמה  המקורית והבלתי מופרעת בתוך המערה. בד בבד נוקה סלע האם שמעל לחלק שהשתמר מתקרת המערה וסביבתו הקרובה. שני חתכים (ריבועים 1A ו-A2; בהתאמה4 × 7 מ' ו-0.4 × 6.5 מ') במרכז המערה שתקרתה התמוטטה וכן חתך שלישי (2.5 × 3.0 מ'; ריבוע B1-2) בחלקה הדרומי נחפרו עד לסלע הטבעי.
הסטרטיגרפיה במערה היתה אחידה בכל שלושת החתכים; ארבע שכבות הובחנו והן מתוארות מלמעלה למטה.

 

שכבות 3-4
שתי השכבות העליונות (עובי יותר מ-1.5 מ') בשלושת החתכים מורכבות משכבות מילוי של אדמה טבעית ובה אבנים בכמה גדלים, המעידות על התמוטטות חלקית של תקרת המערה. שכבות אלו הכילו תערובת של שברי כלי חרס המתוארכים לתקופות האסלאמית הקדומה והביזנטית, ולתקופות הברזל, הברונזה התיכונה 2א' והברונזה התיכונה 1. למעט אולי השברים מתקופת הברזל, כל החרסים הם משניים ונסחפו ככל הנראה למערה ממעלה הגבעה.

 

שכבה 2
זמנה של שכבה זו  (עובי 1.0-0.3 מ') נקבע לתקופת הברונזה הקדומה 1 (ב"ק 1ב) והיא נחשפה בכל שלושת החתכים. היא כוללת אדמה אדמדמה-חומה שבה השתמשו לפילוס הרצפה המאוד לא אחידה של הסלע. שכבת חיים שהיתה על גבי אדמה זו היתה מורכבת משטח של חלוקים קטנים המכוסה בשברים של כלי חרס רבים, מהם שנמצאו באתרם. נאספו דגימות של אדמה ופחם וכן צור ועצמות בעלי חיים.

 

שכבה 1
שכבה זו (עובי 0.2-0.4 מ')  נמצאת היישר על רצפת הסלע הטבעי שבמרכז המערה והכילה שרידים מן התקופה הכלקוליתית המאוחרת, בהם קבורה משנית בגלוסקמאות חרס ומנחות קבורה. השתמרות השרידים גרועה בשל ניקוי שרידי ההתיישבות הקדומה על ידי תושבי המערה בתקופת הב"ק 1.
 

שטח הכניסה למערה שהתמוטט היה בקצה המזרחי שלה; השטח נחשף במלואו עד לסלע הטבעי (איור 2). הפינות הצפונית, הדרומית והמערבית של המערה לא היו נגישות בשל סכנת ההתמוטטות של הגג ובשל הכמות הרבה של מילוי אדמה טבעית שהגיע עד לתקרה וחתם את המצבורים הארכיאולוגיים ליד מפלס הסלע ומעליו. ייתכן אם כן שקבורות כלקוליתיות משניות בגלוסקמאות חרס עדיין מונחות בצד האחורי של המערה ולאורך שוליהּ.