בחודשים מאי–יוני 2007 נערכה חפירת בדיקה באתר מלילות (הרשאה מס' 5135-A; נ"צ — רי"ח 1615/5878, רי"י 1115/0878) בעקבות גילוי שרידים ארכיאולוגיים בחתכי בדיקה שנערכו בתוואי המתוכנן של מסילת הרכבת באר שבע–נתיבות. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון רכבת ישראל, נוהלה על ידי פ' נחשוני בעזרת י' לנדר (מנהלה), מ' קונין (מדידות), חברת Sky View (צילום אוויר), י' נגר (אנתרופולוגיה) ופועלים מרהט.
האתר שוכן צפונית-מערבית לנחל גרר (איור 1), כ-1.5 ק"מ מדרום-מערב לתל הרור, וכשלושה קילומטר מדרום-מערב לאתר גרר. קרקע הלס המקומית נוחה לחפירת בורות וחללים תת-קרקעיים, והקרבה למקור מים בנחל גרר כמו גם כמות משקעים שנתית של כ-300 מ"מ בשנה מאפשרים חקלאות המבוססת על גידול דגנים ובעלי חיים.
נפתחו ארבעה ריבועים, שבהם נתגלו שרידי יישוב המיוחסים לתרבות הבשורית, שזמנה התקופה הכלקוליתית הקדם-ע'סולית (איור 2). בשל שטח החפירה המצומצם אי אפשר היה לקבוע את גבולותיו של האתר, אך נראה כי השתרע דרומה ומזרחה משטח החפירה. באתר זוהו שלושהשלבי פעילות.
מן השלב הקדום נחשפו שרידיהם של לפחות שני בורות חפורים ומדופנים בלבני בוץ: בור סגלגל גדול (לוקוסים 116, 136; 4 מ' קוטר, 0.9 גובה השתמרות, 0.25–0.30 מ' עובי הדפנות) במרכז שטח החפירה; ובור שמתארו היה ככל הנראה סגלגל אף הוא (לוקוס
139; כ-0.6 מ' גובה השתמרות, לפחות 0.4 מ' עובי הדפנות) בחלקו הצפוני-מערבי של שטח החפירה. על קרקעית הבורות נמצאו כלי חרס, כלי אבן וכלי צור (איור 3); הממצא בבור 139 כלל ריכוז של כלי שחיקה מאבן. מדרום-מזרח לבורות נחשף קטע מקיר בנוי לבני בוץ (W3; כ-4 מ' אורך, כ-0.3 מ' רוחב, 0.3 מ' גובה השתמרות). לא נמצאו עדויות לאופן הקירוי של הבורות, ודומה על כן שנעשה בחומרים מתכלים, כמו ענפי שיחים או עצים.
את הבורות המדופנים חתם מפלס חיים עשיר (לוקוסים 106–108, 122), שעליו נמצאו ריכוזי אבנים, אולי שרידי מתקנים, וכן שברים של כלי חרס, כלי אבן וכלי צור. מפלס החיים משקף פעילות ממושכת ורציפה בשטח פתוח. אל תוך מפלס זה (לוקוס 106) הוטמנה קבורה משנית של ילד בן חמש עד עשר שנים (לוקוס 135; איור 4), המיוחסת לשלב המאוחר באתר.