שכבה I. השכבה מתאפיינת באדמה שחורה (L108; כ-0.3 מ' עובי). בכמה מקומות השכבה עבה ונראה שהאדמה מכסה בהם מגרעות בשכבה II. נתגלו שברי כלי חרס מהתקופות הרומית והביזנטית. יש להניח שהשטח לא היה בנוי בתקופות אלה.

 
שכבה II. השכבה מתאפיינת באדמה בהירה (L109; כ-0.5 מ' עובי). נתגלו חרסים מהתקופות הברונזה המאוחרת והברזל. בחתך בריבוע A נתגלו שתי לבנים שרופות (L110) וסימני שרפה. ייתכן ששכבה זו היא תוצאה של ניקוי ופילוס התל לקראת בנייה בתקופה הרומית. ממצא כלי החרס כולל קערה (איור 1:4) וסירי בישול (איור 5:4, 7, 8) המתוארכים לתקופת הברזל, שבר גוף של קנקן שפת צווארון מראשית תקופת הברזל (תקופת ההתנחלות) וקערה מתקופת הברונזה הקדומה (איור 4:4). אף שהקערה מתקופת הברונזה הקדומה לא נמצאה באתרה היא מעידה על יישוב מתקופה זו בתל.
 
שכבה III. בשלושת הריבועים נחשפה אדמה בהירה, הדומה לזו שנחשפה בשכבה II. נתגלו רצפות (L113–L111; איור 5), שנבנו מאבנים לא מסותתות או מסותתות גס, חלקן שטוחות ודקות. בריבוע C נחשף נדבך אחד של קיר, שנבנה מלבנים אפורות (L114; כ-0.25 × 0.25 מ' מידות הלבנים); השתמרות הלבנים גרועה. נראה כי הקיר נבנה בכיוון מזרח–מערב. ממצא כלי החרס כולל קערות (איור 2:4, 3), קדרה (איור 6:4), סירי בישול (איור 9:4–11), קנקנים (איור 12:4–16) ופיטס (איור 17:4), המתוארכים לתקופת הברונזה התיכונה 2, חלקם מתוארכים בוודאות לסוף תקופת הברונזה התיכונה 2א'. סוג הלבנים, צורת הרצפות ומכלול כלי החרס מתארכים את השכבה לשלבים המאוחרים של תקופת הברונזה התיכונה 2א' ואולי אף לראשית תקופת הברונזה התיכונה 2ב', בדומה לתיארוך שכבה E בחפירות פורת ופלאי (ע' מרכוס, מידע בעל פה). מהחתך בריבוע A עולה כי היישוב מתקופת הברונזה התיכונה 2א' ישב על סלע האם.
 
זוהי החפירה הראשונה במדרון הדרומי של תל חפר, והוכח בה שהיישוב בתל היה בשיא התפשטותו בתקופת הברונזה התיכונה 2א', כאשר השתרע גם במדרון הדרומי. בתקופות מאוחרות הצטמצם היישוב בתל והמדרון הדרומי לא יושב.