בחודשים אוגוסט וספטמבר 2008 נערכה חפירת הצלה בח' בורנאט (הרשאה מס' 5508-A; נ"צ 195859-6263/657637-817), לאחר שא' סגל איתרה במקום שרידים עתיקים במהלך עבודות חישוף לקראת פיתוח. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון החברה לפיתוח חבל מודיעין, נוהלה על ידי א' בושנינו, בסיוע ו' אשד, י' אלישע ור' עסיס (ניהול שטח), מ' קונין וט' קורנפלד (מדידות ושרטוט), ח' בן ארי (GPS) וצ' שגיב (צילום שטח).
האתר משתרע על גבעת גיר רחבה, שמדרונותיה הצפוני, הדרומי והמערבי תלולים, בשטחו של אזור התעשייה חבל מודיעין. באזור נערכו בעבר סקרים וחפירות רבים (ר' חדשות ארכיאולוגיות 120). בשנים 2003–2004 נערכו באתר שלוש חפירות והתגלו בין היתר שרידים מרשימים של יישוב מבוצר ומתוכנן היטב מתקופת הברונזה הקדומה שהשתמר היטב. נחשפו שתי מערכות ביצורים, האחת הגנה על האקרופוליס והשנייה הגנה על העיר התחתית (ר' חדשות ארכיאולוגיות 120; קדמוניות 134: 82–88; קדמוניות 136: 96–107).
החפירה (21 דונם) משתרעת על המדרונות הצפוני והצפוני-מערבי של הגבעה. נפתחו שלושה שטחי חפירה (C–A) ונחשפו כבשן סיד, אבן מיל, ספלולים, קברים וחציבות (איור 1).
שטח A. נחשף כבשן סיד חצוב בסלע גיר (L10; קוטר עליון 4 מ', קוטר תחתון 2.9 מ', עומק 4 מ'; איורים 2, 3). בתחתית הכבשן התגלו אבני גיר אחדות סדורות במעגל. תא הבערה שהיה בחלקו העליון של הכבשן נהרס. על סמך השוואה לכבשני סיד דומים בסביבה נראה שזמנו של הכבשן התקופה העות'מאנית וימי המנדט הבריטי. ממערב לכבשן הובחן בור חצוב (L11; קוטר כ-1 מ', עומק כ-0.9 מ'). מדרום לכבשן, גבוה ממנו במדרון, נחשפה אבן מיל (L12; קוטר 0.6 מ', אורך 2.3 מ'; איור 4), שרועה על משטח סלע, שסיתותה לא הושלם. נראה שבסיס האבן היה רבוע. מידות האבן דומות לאלה של אבני מיל שהתגלו באזור ותוארכו לתקופות הרומית והביזנטית (ר' רול וא' איילון. תשמ"ד. כבישים רומיים בהדום ההר של השומרון וצפון יהודה. ישראל – עם וארץ, א' [19]:131–145).
שטח B. התגלו ארבעה קברים חצובים בסלע גיר (23–L20). קברים 21 ו-22 הם קברי מקמר כפול (L21 — מידות 0.6×1.5 מ'; L22 — מידות 0.6× 1.6 מ'; איורים 5–7). נראה שהם נפרצו ונשדדו בעבר. אבן הכיסוי של קבר 21 (0.55× 1.10 מ') התגלתה סמוך לקבר, אך במהלך החפירה הונחה על הקבר. צמוד לקבר 21 מדרום וממזרח נחצבו בסלע תעלות, כנראה לניקוז מי גשמים. בפינה הדרומית-מערבית של קבר 22 נחצבה תעלה קצרה
(0.15 מ' אורך, 6 ס"מ רוחב) לניקוז מי גשמים. מכסה הקבר התגלה באתרו (1.1× 1.8 מ', 0.45 מ' עובי). על סמך צורתם של קברים 21, 22 נראה שיש לתארכם לתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית. קברים 20 ו-23 (L20 — מידות 0.55× 1.70 מ'; L23 — מידות 0.6× 1.5 מ'; איורים 8–10) הם קברי ארגז. קבר 20 מרוחק כ-60 מ' ממזרח לקבר 23. סמוך לקבר 20 מדרום וממערב נחצבה תעלה, כנראה לניקוז מי גשמים. בקרבת קבר 20, על אותו משטח סלע, נחצבו חמישה ספלולים (20/5–L20/1; קוטר 0.16–0.40 מ', עומק 0.1–0.5 מ'). חציבתו של ספלול 20/5 לא הסתיימה.
שטח C. התגלו שתי חציבות, סמוכות זו לזו (L31 ,L30; איור 11). בחציבה 30 (איור 12) ניכרים סימני חציבה של אבן כיסוי, הדומה במידותיה לזו של קבר 22. בחציבה 31 (איור 13) ניכרים סימני חציבה של אבן כיסוי של קבר(?) ושל שני משטחים רבועים (0.7× 0.9 מ', 0.9× 0.9 מ'). מצפון לחציבה 31 הובחן ספלול חצוב (0.2 מ' קוטר, 0.15 מ' עומק).
נראה שהקברים וכן המחצבות, שבהן נחצבו אולי אבני כיסוי לקברים, היו קשורים לח' אל-בירה הסמוכה לאתר מצפון, שם התגלה בית אחוזה מהתקופה הביזנטית (ז' ספראי וש' דר. 1997. חורבת בירה – בית אחוזה בשפלת לוד. בתוך: ז' ספראי ואחרים [עורכים], חקרי ארץ. עמ' 57–107). בח' בורנאט עצמה התגלה אך ממצא דל מן התקופה הביזנטית (קדמוניות 136: 104).