התקופה ההלניסטית (המאה הג'–מחצית המאה הב' לפסה"נ). הממצא מתקופה זו כולל מגוון חרסים, ללא שרידי בנייה. שכבת החרסים הופיעה בעיקר בשני הריבועים שבקצה הדרומי של האולם המרכזי במבנה הקיים (L35 ,L33 ,L31; איור 2). בין הכלים קערה מחופה (איור 1:3), קדרה (איור 2:3), צפחת (איור 3:3), קנקן (איור 4:3) וידית אמפורה (לא צוירה). ב-L35 הופיעו החרסים ההלניסטיים על פני הסלע הטבעי ללא ממצא מאוחר ואילו ב-L31 ו-L33 הממצא ההלניסטי היה מעורב בחרסים מתקופות מאוחרות.

 
התקופה האסלאמית הקדומה (המאות הח'–הי"א לסה"נ). מרבית החרסים מתקופה זו כללו שברי גוף של כלי אגירה (לא צוירו), כנראה קנקני שק שתיארוכם אינו מדויק. נמצאו גם שברים אחדים של סירי בישול מזוגגים חום (איור 5:3), שהופיעו לראשונה בתקופה הפאטימית (המאה הי"א לסה"נ), ונר שהיה בשימוש לכל אורך התקופה האסלאמית הקדומה (איור 6:3). החרסים משלב זה הופיעו בעיקר בשני הריבועים שבדרום האולם המרכזי של המבנה הקיים (L33 ,L31 ,L18).
 
התקופה העות'מאנית המאוחרת (סוף המאה הי"ט–ראשית המאה הכ' לסה"נ). התקרות המקומרות של אולמות האורך במבנה הקיים, הבנויות מאבני כורכר מחוזקות בחמרה דחוסה, מאפיינות מבנים יפואיים גדולים מהמאה הי"ט לסה"נ. ייתכן שחזית המבנה הפונה אל רחוב עולי ציון היא תוספת מאוחרת, שכן לתקרה בחלק זה סגנון אחר: קימורים קצרים בנויים מלבנים, הנשענים על פסי ברזל מקבילים. שיטת קירוי זו מופיעה בבית החולים הצרפתי משלהי המאה הי"ט ובשוק היווני מתחילת המאה הכ' לסה"נ. המבנה שימש כנראה למסחר או לאחסון, ורבים כמוהו פעילים באזור זה של יפו גם בימינו. בממצא הארכיטקטוני בסיסי קשתות ומתקנים. רצועות בנויות מאבני כורכר מהודקות (W36 ,W14 ,W12; איורים 4, 5) נועדו לייצוב קשתות התמך. קיר 36, התומך בקשת שמעל המעבר בין האולם המרכזי והצפוני-מערבי, בלט מעל גובה הריצוף המקורי וסימן את החלוקה הפנימית של המבנה.
בחצר שמדרום-מערב למבנה הקיים נחשפו תאים שכנראה שימשו לתעשייה כלשהי או לאחסון (איור 6). בסך הכול נחפרו שלושה תאים דומים בגודלם, שניים מהם (L29 ,L28) נסמכים אל קיר המבנה הקיים והשלישי (W22 ,W21 ,L30), שלא נחשף במלואו, מדרום להם. רצפת תא 28 ודופנותיו הפנימיים צופו בטיח ונמצאו מכוסים בשכבה דקה אך דחוסה של פיח (איור 7). בתאים לא נמצאו פריטים המתייחסים לשלב הפעילות. מכלול הבנייה נמשך כלפי דרום-מזרח לאחר פער (L32) בקיר המסגרת (W23), המקביל לקיר החיצוני של הבניין הקיים. את הפער אפשר להסביר בקשת שנמתחה בין שני קירות (W27 ,W26; איור 7). הממצא מתוך המתקנים ומהצטברויות העפר הנסמכות אליהם, המתוארך לתקופה העות'מאנית המאוחרת, כולל קערה ממשפחת כלי עזה (איור 1:8), קערה אירופאית מקרמיקה דמוית פורצלן (איור 2:8), קדרה (איור 3:8), סיר בישול ממשפחת כלי עזה (איור 4:8) וקנקן (איור 5:8). כן נמצאו כלי שלו צוואר מאורך ששימש אולי לייצור סוכר (איור 1:9), רעפי מארסיי ממפעלי האחים מרטין (Martin; איור 2:9) והאחים רו (Roux; איור 3:9) שתוצרתם מוכרת מאתרים אחרים ביפו, וחלקי נרגילות (איור 4:9, 5). ממצאים נוספים הם צמיד זכוכית (איור 1:10), אולי מתעשיית חברון שמוצריה נפוצו ברחבי ארץ ישראל בתקופה זו, מסרק מעצם (איור 2:10), בקבוקון זכוכית ששימש כנראה לתרופות (איור 3:10) ושבר של סכין או פגיון מברזל (איור 4:10). בתקופת המנדט הבריטי הוחדרו למכלול התאים תשתיות ביוב וניקוז — צינורות מבטון ומחרס וכן תעלות ניקוז מבטון ואריחי רצפה. התשתיות פגעו במכלול כך שברור שתאיו כבר לא היו אז בשימוש.
בתוך המבנה הקיים, בפינתו הדרומית-מערבית, נחשפו שני קירות (W17 ,W16) ניצבים זה לזה, הזהים בסגנונם לקיר 23. השתמרות מקוטעת של שרידי הבנייה אינה מאפשרת לקבוע את שימושם. הקרמיקה המיוחסת לקירות מתוארכת לתקופה העות'מאנית המאוחרת.
 
קבר שוחה (L35; איורים 11, 12) נמצא חפור לתוך השכבה ההלניסטית. בקבר נמצאו שברי עצמות גף תחתון — כף רגל ושוק — ושבר של לסת תחתונה. בדיקת העצמות העלתה שהנפטר היה זכר שגילו מעל 15 שנים. סוג הקבורה וכיוונה — ראש במערב ורגליים במזרח — מאפיינים קבורה מוסלמית. הזיהוי איננו מוחלט, מכיוון שאי אפשר לשחזר את הכיוון שאליו הופנו פני הנקבר. תיארוך הקבר אינו ברור. קברי שוחה דומים נחשפו בכמה נקודות בשוק הפשפשים וברחבי יפו ומתוארכים לתקופות הממלוכית–העות'מאנית המאוחרת.
 
ממצא הלניסטי נפוץ ביפו בשכבות הקרובות לסלע האם ומגוון טיפוסיו מצביע על פעילות אזרחית יומיומית בעיר שהתרחבה בתקופה זו אל השטחים שממזרח לתל. מכלול החרסים ההלניסטיים מחפירה זו קטן אך מתאים לתמונה הכללית שתוארה לעיל. קברי שוחה מוסלמיים מופיעים בחלק זה של יפו למן התקופה הממלוכית ועד התקופה העות'מאנית המאוחרת. המתקנים מהתקופה העות'מאנית המאוחרת מייצגים כנראה את שלב השימוש המקורי בבניין. בתקופת המנדט הבריטי לכל המאוחר השתנה ייעוד הבניין ובשלב זה כבר יצאו התאים משימוש. אף שממדי החפירה מצומצמים והממצא מוגבל, די בהם כדי להוסיף אתר זה לידוע על קורות יפו בתקופות המיוצגות בו.