קשה לשחזר את תכנית המערה (איור 4) במלואה עקב הפגיעה שנעשתה בחלקה הצפוני, שבמהלכה הוסרו חלק מחדר הקבורה המרכזי, פתח המערה וחזיתה וייתכן אף מבוא או חצר.

בדופן המזרחית של חדר הקבורה המרכזי (I; כ-2.5 מ' רוחב, 1.8 מ' גובה, 1.3 מ' אורך השתמרות) נראים פתחיהם של שני כוכי קבורה (איור 5). כוך מס' 1 (1.95 מ' אורך, 0.65 מ' גובה) שרד רק בחלקו. כוך מס' 2 (1.9 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, 0.7 מ' גובה) התגלה חתום בלוח סגירה ובתוכו נתגלה שלד אדם בארטיקולציה, ללא ממצאים נוספים.
בדופן המערבית של חדר הקבורה נחצב מקמר (0.5 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה; איורים 5:4; 6) שהשתמר בחלקו הדרומי בגובה של כ-1 מ' מהרצפה. ברצפת חדר הקבורה, סמוך למקמר, נחצב שקע מלבני (0.75 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, 0.5 מ' עומק; איור 4:4) שבדופנו המערבית הותקן פתח (0.3 מ' רוחב, 0.45 מ' גובה), חתום בלוח סגירה, שהוביל לעבר כוך ליקוט סגלגל (0.7 מ' אורך, 0.35 מ' רוחב; איורים 6:4; 7). בתוך הכוך נתגלו עצמות אדם ללא ממצאים נוספים.
בחלקה המזרחי של הדופן הדרומית הותקן כוך קבורה נוסף (1.95 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, 0.7 מ' גובה; איורים 3:4; 5) חתום בלוח סגירה ובתוכו נתגלה שלד אדם בארטיקולציה ללא ממצאים נוספים. תקרת שלושת הכוכים קמורה.
בחלקה המערבי של הדופן הדרומית נחצב פתח (0.45 מ' רוחב, 0.65 מ' גובה), המוליך לעבר חדר מלבני (II; כ-1.7 מ' אורך, 1.1 מ' רוחב, 1.5 מ' גובה). רצפת החדר נמוכה מפתח הכניסה ב-0.65 מ', ללא מדרגת עזר. בדופנות המזרחית והמערבית של החדר הותקנו מקמרים זהים בגודלם (1.7 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה מרבי; איורים 7:4, 8; 8) בגובה 0.65 מ' מרצפת החדר, במפלס זהה לזה של רצפת חדר I.
במרכז הדופן הדרומית של חדר II נחצב פתח (0.4 מ' אורך, 0.1 מ' רוחב, 0.5 מ' גובה; איור 9) המוביל לעבר חלל (III; כ-1.1 מ' אורך, 0.8 מ' רוחב, 1 מ' גובה), שבתוכו נמצא שבר מלוח הסגירה של הפתח. החלל שימש כנראה לליקוט עצמות או להנחת גלוסקמות. בחדר II ובחלל III לא נמצאו ממצאים נוספים.
 
למערת הקבורה מאפיינים אדריכליים נפוצים — כוכים, לוחות סגירה וכוכי ליקוט — האופייניים למערות הקבורה ששימשו יהודים בשלהי ימי הבית השני. חדר II, שבדופנותיו נחצבו מקמרים, נמצא בחלק הפנימי של מערכת הקבורה. מקובל במחקר כי זוהי חציבה נוספת לצורך אחסון גלוסקמות שאפשר לתארכה למאה הא' לסה"נ. השילוב בחדר I של מקמר וכוכי קבורה בחדר אחד מאפשר לתארך את מערכת הקבורה כולה למאה זו, ומצביע על כך שהמשתמשים במערה נהגו לקבור קבורה ראשונית בכוכים וקבורה משנית בגלוסקמות (קלונר וזיסו תשס"ג:36–40).
מערת הקבורה היא חלק מהנקרופוליס של ירושלים בשלהי ימי הבית השני.