החפירה נערכה במורדות הצפוניים-מזרחיים של הגבעה שעליה שוכנת חורבת בית נטיף ומדרום לח' אום א-ד'יאב (איור 1). באזור נערכו בעבר חפירות ארכיאולוגיות וסקרים (נגורסקי 2010; עדוי 2015; Dagan 2010; 2011; הרשאות מס' 7268-A, 7535-A). טרם החפירה נחשף במקום פיר אנכי חצוב (הרשאה מס' 8011-A), שחפירתו לא הושלמה. בחפירה הנוכחית התברר כי הפיר מוביל למערת קולומבריום, ששימשה כנראה בשימוש משני למגורים. תקרת המערה הוסרה טרם החפירה בכלי מכני בשל סיכונים בטיחותיים.
 

נחשף במלואו הפיר האנכי (2L; כ-1 מ' קוטר, כ-2 מ' עומק; איורים 2–4), שנחצב בסלע נארי והוביל למערת הקולומבריום (כ-6 × 7 מ', 6 מ' עומק), שנחצבה בסלע קירטון רך. חפירת המערה לא הושלמה בשל אילוצי בטיחות. בדופנות המערה נחצבו 14 כוכים, שהשתמרותם גרועה בשל בליה טבעית של הסלע. ארבעה מהכוכים נחצבו בדופן הצפונית-מזרחית של המערה, מתארם מלבני או עגול (כ-0.3 מ' קוטר ממוצע, כ-0.2 מ' עומק ממוצע; איור 5), ומעליהם נחצבה מגרעת אופקית (3.4 מ' אורך, 0.2 מ' גובה). במרכז המערה נחפר חתך בדיקה (6L; 1.5 × 2.5 מ', כ-0.5 מ' עומק; איור 6) ונחשפה קרקעית הסלע של המערה ומעליה שכבה של אדמה בהירה (4L; כ-0.5 מ' עובי) ושכבה עליונה של אדמת סחף חומה (3L; כ-1 מ' עובי), שמעורבים בה עצמות רבות של בעלי חיים, מעט חרסים ומפולות אבנים. בתקרת המערה נתגלו סימני פיח, אולי עדות לשימוש מאוחר בה.

מערות קולומבריה שהשתמרו היטב מוכרות בשפלת יהודה (זיסו תשנ״ז). המערה שנחשפה בחפירה הייתה חלק מהעורף החקלאי של חורבת בית נטיף, כנראה בתקופות ההלניסטית והרומית הקדומה.