בחודש מאי 2005 נערכה חפירת הצלה באתר נחל ספלול צפון (הרשאה מס' 4428-A; נ"צ — רי"ח 20813/71886; רי"י 15813/21886). החפירה, מטעם רשות העתיקות וביוזמת חברת הוט, נוהלה על ידי נ' גצוב (מדידות ושרטוט) בסיוע א' בן ציוני (ניהול שטח), י' לבן (מנהלה) וא' שפירו (מדידות GPS).
אתר נחל ספלול צפון נמצא בגבעות מנשה, על גבי שלוחה המשתפלת ממערב לגבעה שבראשה ח' אל-עראיס. את האתר גילה מ' מאיר במסגרת סקר מפורט של האתרים הארכאולוגיים בסביבת קיבוץ גלעד (אתרים כלקוליתיים בסביבות קיבוץ גלעד, סקירה ראשונה, מתקופת האבן 14: 82-69). לפי מאיר, שטח האתר 30 דונם, ויש בו שרידים מן התקופות הניאוליתית והכלקוליתית. האתר נסקר גם בסקר מפת רגבים שניהלו י' טפר וי' גדות (מידע בעל פה).
נפתחו שני שטחים (A, B; 2.5 × 5.0 מ' כל אחד) ובשניהם הגיעה החפירה לסלע האם. נחשפה הצטברות שרידים (1.3-0.2 מ' עובי) שכללה אבנים רבות, שברי כלי חרס, כלי צור, עצמות בעלי חיים, כלי אבן וכלי עצם. בבסיס ההצטברות נמצאה מערכת בורות עגולים שנחצבו בידי אדם. אלה שימשו מיתקנים ברצפות בתי היישוב הקדום.
רוב שברי כלי החרס הם מן השלב המאוחר של התקופה הכלקוליתית הקדומה - מאוחרים לתרבות ואדי רבה וקודמים לתרבות ע'סול. כמו כן נמצאו כלי חרס מעטים מן התקופה הנאוליתית הקרמית, וככל הנראה הם בני זמנן של תרבות יריחו IX והתרבות הלודית.