בחודש מאי 2006 נערכה חפירה בח' ג'נבה (הרשאה מס' 4793-A*; נ"צ — רי"ח 21379-82/58520-23, רי"י 16379-82/08520-23), לקראת הקמת גדר הבטחון ממצדות יהודה למצפה שלם. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הביטחון, נוהלה על ידי א' פרץ, בסיועם של ח' לביא (מנהלה), א' האג'יאן, ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות ושרטוט), מ' היימן (צילום), א' ברין (הכנת תוכניות), כ' הרש (ציור חרסים), א' אלג'ם וח' חלאילה (כלי צור) וי' גורין-רוזן ונ' כצנלסון (זכוכית). כן סייעו נ"ש פארן, פ' סונטג וי' באומגרטן.
האתר שוכן במרחק של 3.5 ק"מ מדרום-מזרח למצדות יהודה ולסמוע שבדרום הר חברון. בחורבה מתגוררים כיום תושבים מהיישוב יטה. י' עורי ביקר באתר בשנת 1928 ודיווח על חורבות, אבנים מהוקצעות בשימוש חוזר, בורות מים ומערות (ארכיון רשות העתיקות/מנדט, תיק 76). בקרבת החפירה מדרום וממזרח נחפר בחלקו בעבר אתר מהתקופה הנטופית (הרשאה מס' 4795-A). בחפירה נפתחו שני שטחים (B ,A; איור 1). שטח A משתרע במישור עד הגדה המזרחית של נחל טוב, ונחפרו בו שבע נקודות (F1-7), ושטח B משתרע על גבעה סלעית וגם בו נחפרו שבע נקודות (F8-14; חלקן אינו נכלל בתוכנית האתר). בחפירה התגלו בורות מים, קירות אבן, חציבות וספלולים. כן נחפרו כמה ריבועי בדיקה שלא העלו דבר.
שטח A
F7 ,F1 (איורים 2, 3) — בור מים (F1) חצוב בסלע גיר ומטויח בטיח אפור, ולו שני פתחים. הבור מלא בסחף. הפתח הדרומי של הבור מעוגל (0.6 מ' קוטר) ושימש לשאיבת מים; הוא נסתם באבן גדולה. הפתח הצפוני אינו רגולארי (1.1 מ' רוחב מרבי) ושימש לאיסוף מי גשמים. בדופנות הצפונית והמערבית של הבור יש תוספות בנייה. על פי הבור נבנה קיר מתעגל (W4; אורך 1.1 מ', רוחב מרבי 0.6 מ', גובה 0.37 מ') מפן אחד או שניים של אבני גיר בגודל בינוני (0.35×0.37×0.40 מ'), חלקן מהוקצע באופן גס; הפן המזרחי של האבנים לוכד במלט אפור. קיר 4 ניגש אל קיר אחר ממערב לו (W3; אורך 1.5 מ', רוחב 0.7-0.5 מ', גובה 0.71 מ'). קיר 3 נבנה ברובו באבני שדה בינוניות (0.13×0.28×0.40 מ') בבנייה יבשה, פרט לקטע שבו הוא ניגש אל קיר 4. צמוד לקיר 3 מדרום נחשף מילוי של אדמה ואבנים (לוקוס 102), שמעורבים בו שברי גוף של קנקנים ופכים מהתקופה הרומית הקדומה. ממערב לבור ולקירות 3 ו-4 התגלה קיר (W1; אורך השתמרות 20 מ', רוחב 0.35 מ', גובה 0.31 מ'), שנבנה מפן אחד של אבני שדה בגדלים שונים ללא חומרי מליטה. ממערב לקיר 1 התגלתה ערמה גדולה של אבנים (לוקוסים 103, 110), אולי פסולת חציבה מהבור או פסולת מניקוי הבור. בהמשכו של קיר 1 לדרום-מזרח נערך חתך (F7), והתברר כי הקיר מושתת על אדמה חומה–אפורה, כמו זו שכיסתה את קירות 3 ו-4, ולכן ייתכן שהוא מאוחר לבור. הממצא בחפירה כולל פריטי צור מהתקופה הנטופית שנסחפו מהאתר הפרהיסטורי הסמוך, שפת קנקן ושפת פך מהתקופה הרומית הקדומה (איור 4: 1, 2) ושבר של קערת זכוכית יצוקה, מעוטרת בחריתות אופקיות בפנים, המתוארכת לתקופות ההלניסטית–הרומית הקדומה (המאה הא' לפנה"ס; איור4: 3).
F2 (איורים 5, 6) — מערה חצובה בסלע גיר, שהוסבה לשמש כבור מים (7×7 מ', 3 מ' עומק). בבור הותקנו שני פתחים, הדרומי, סגלגל (0.7 מ' רוחב), שימש לשאיבת מים, והצפוני (0.9×2.0 מ') שימש לאיסוף מי גשמים. הבור מטויח בטיח אפור, שמעורבים בו שברי קנקנים מצולעים מהתקופות הרומית והביזנטית. על קרקעית הסלע של הבור התגלו שברי טיח וחרסים (לוקוס 114). כשהשימוש בבור נפסק הוא הוסב לשמש כמחסה לרועים. ממערב לבור נחשף קיר (W2; אורך השתמרות 4.7 מ', רוחב 0.70-0.45 מ', גובה 0.32-0.16 מ'), שנבנה מפן אחד של אבני שדה בגדלים שונים.
F3 — שני קירות, התוחמים ממזרח וממערב דרך המוליכה לכפר ערבי סמוך. ממערב לקירות נחשף קיר נוסף (גדרה? גל אבנים?), הניגש אל הקיר המערבי של הדרך. שני קירות הדרך שנחשפו באתר דומים לקירות בני זמננו התוחמים את המשכה של הדרך ליד הכפר, לכן אפשר שזמנם דומה. אפשר שזהו גם זמנו של הקיר הנוסף, הניגש אל אחד מקירות הדרך.
F4 — ערמת אדמה מוקפת באבנים; נראה שהשרידים אינם עתיקים. בחפירה התגלו כמה פריטי צור, שנסחפו מהאתר הסמוך.
F5 (איור 7) — מתקן חצוב בסלע, הכולל בור מלבני (לוקוס 120; 0.27×1.35 מ') וצמוד אליו מדרום תעלה רדודה (4.5 מ' אורך, 0.2 מ' רוחב, 6 ס"מ עומק). המתקן נמצא ממזרח לבור F2 ובמפלס גבוה ממנו, ולכן אפשר אולי להניח כי התעלה והבור, ששימש אולי כבור שיקוע, נועדו להזרים מי גשמים אל בור F2.
F6 — במפלס פני השטח התגלו חלוקים ופריטי צור מהתקופה הנטופית המאוחרת, שנסחפו לכאן מהאתר הפרהיסטורי הסמוך.
שטח B
F8 — שני מקבצי ספלולים, ובכל אחד חמישה ספלולים קטנים (10-5 ס"מ קוטר), ובקרבתם —ספלולים יחידים.
F9 (איור 8) — ספלול גדול (לוקוס 136; 0.77 מ' קוטר עליון, 0.45 מ' קוטר תחתון, 0.58 מ' עומק), וממערב לו פיר חצוב (פתח של מחילת מסתור? לוקוס 141; 0.9 מ' קוטר, 0.51 מ' עומק חפירה). בקרבת מקום הובחנו ספלולים זעירים (5 ס"מ קוטר מרבי). הממצא בחפירה כולל פריטי צור מהתקופה הנטופית המאוחרת ושברי גוף שחוקים של כלי חרס.
F10 (איור 9) — מתקן עגול חצוב (לוקוס 137; 0.92 מ' קוטר, 0.51 מ' עומק), שבמרכז קרקעיתו בור שיקוע (0.1 מ' קוטר). ממערב למתקן נחשפו שני שקעים בסלע, כנראה טבעיים (לוקוס 138 — 0.51 מ' עומק; לוקוס 142 — 0.77 מ' עומק). הממצא בחפירה כולל פריטי צור, רובם לא אינדיקטיביים, ושבר גוף של קנקן או פערור מן התקופה הכלקוליתית או מתקופת הברונזה הקדומה 1.
F11— שרידי מבנה (שומרה?) בן זמננו בראש גבעה; נראה שהוא משמש את תושבי הכפר הסמוך.
F12— שני פתחים של מערה חצובה או מחילת מסתור, במרחק של 10 מ' ממערב ל-F9.
F13— גדרה במדרון המערבי של הגבעה.
F14 (איור 10) — שלושה ספלולים בינוניים חצובים (לוקוס 144 — 0.7 מ' קוטר, 0.52 מ' עומק; לוקוס 145 — 0.5 מ' קוטר, 0.42 מ' עומק; לוקוס 146 — 0.32 מ' קוטר, 0.3 מ' עומק). בין ספלול 145 לספלול 146 מחברת תעלה רדודה. בסביבת הספלולים נחצבו ספלולים קטנים רבים. הממצא מפני השטח כולל מעט פריטי צור ומעט שברי כלי חרס, רובם שחוקים פרט לשבר של קערת טרה סיגילטה מהתקופות ההלניסטית המאוחרת והרומית הקדומה.
אפשר שהספלולים שהתגלו בחפירה או חלק מהם קשורים לאתר הסמוך מהתקופה הנטופית. במרחק של כ-50 מ' מצפון לחפירה אותר בור חצוב (הוא לא נחפר), ובו חרסים רבים מהתקופה הכלקוליתית או מתקופת הברונזה הקדומה 1. נראה כי בורות המים שהתגלו באתר שימשו החל מהתקופות ההלניסטית המאוחרת-הרומית הקדומה (המאה הא' לפסה"נ עד המחצית הראשונה של המאה הב' לסה"נ) ועד לדורות האחרונים. בחלקם נערכו שינויים במשך הזמן. אפשר שבאתר היו מחילות מסתור מאחת המרידות של היהודים ברומאים.