בחודש מרס 2006 נערכה חפירת הצלה ברחוב רבי פנחס ביפו (הרשאה מס' 4751-A*; נ"צ — רי"ח 177006-22/662222-41; רי"י 127006-22/162222-41) לקראת הרחבות בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון בתי גן להשכרה–חברה לקרקעות והלוואות, נוהלה על ידי א' גורזלזני בסיוע א' בכר (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), מ' כהן ומ' ברנספיז (בדיקות מקדימות), מ' פיילשטוקר, י' ארבל, ד' ברקן ומ' עג'מי.
בגבולות אתר החפירה (מתחם גנור) נערכו בעבר שש חפירות, הראשונה בשנת 1995 (ר' חדשות ארכיאולוגיות קח: 70-69). חפירות נוספות נערכו סמוך למתחם בעת עבודות לשיקום שוק הפשפשים (ר' חדשות ארכיאולוגיות 111; 113; עתיקות 207-193:47). בעקבות החפירות הרבות התגבשה מערכת סטרטיגרפית, שמסקנות חפירה זו מתייחסות אליה.
נחפרו שניים וחצי ריבועים במזרח המתחם, בגבול המזרחי של שטח H מהחפירות הקודמות (הרשאה מס' 3908-A). בחפירה הנוכחית נחשפו שרידים מן התקופות המודרנית, העות'מאנית (שכבה II), הצלבנית (שכבה IV), והאסלאמית הקדומה (שכבה V).
על פני כל השטח השתרעה שכבה עבה (0.6 מ' עובי) שהכילה פסולת מודרנית של חומרי בניין וגרוטאות ברזל.
שכבה II. שרידי באר עות'מאנית, שלפי מקורות מקומיים הייתה פעילה עד לשלהי המאה הכ' לסה"נ. הבאר כנראה מטיפוס 'האנטיליה הכבדה' האופיינית לסביבת יפו (ר' ש' אביצור, חיי יום יום בארץ ישראל במאה הי"ט, 1972 עמ' 220). הבאר בנויה בתוך חדר בנוי אבנים מסותתות עם קמרונות מחודדים. בשלב כלשהו נסתמו הקמרונות הפונים מערבה בבניית קיר. הבאר נמצאה מחוץ לתחום המיועד לפיתוח ולכן לא נחפרה אך חזיתה המערבית תועדה. נחשפה תעלה פגועה המתחברת לבאר (לוקוס 6704; 4.1 מ' אורך, 0.6 מ' רוחב פנימי, 1.25 מ' רוחב חיצוני; איורים 1, 2). בתוך התעלה ובסביבתה נמצאו מעט שברי כלי חרס המתוארכים לתקופה העות'מאנית.
שכבה IV. שכבה דלה שבה קיר במצב השתמרות גרוע (W6710; אורך 0.55 מ', רוחב 0.7 מ'; איור 3). אל הקיר ניגשת רצפה (לוקוס 6713) עשויה אבנים קטנות מלוכדות בחומר מליטה אפור. לא נמצאו חרסים והשכבה זוהתה צלבנית על סמך הקבלות ארכיטקטוניות וסגנוניות של קירות מחפירות קודמות.
שכבה V. נחשפו כמה קירות מסיביים שגובהם נמוך בהרבה מהשכבה הקודמת. בריבוע הצפוני-מערבי נחשף בדל קיר מקוטע מאוד שכיוונו מזרח–מערב (W6709; אורך ורוחב0.4 מ' ) בנוי אבני כורכר, קצהו המערבי חסר וקצהו המזרחי נבלע בחתך המזרחי של הריבוע.
בחצי הריבוע הצמוד לתעלה נחשף קיר קטוע נוסף שכיוונו מזרח–מערב (W6715; אורך 0.82 מ', רוחב 0.53 מ'; איור 4). בריבוע הדרומי-מזרחי נחשפו קטעי קירות אחדים של פינת בניין. בחתך המזרחי של הריבוע נחשף קיר שדוד ברובו (W6714; רוחב0.7 מ'; איור 5) בגובה נדבך אחד, בנוי אבנים גדולות מסותתות סיתות גס, בכיוון מזרח–מערב. קיר נוסף שכיוונו צפון–דרום (W6716; רוחב0.7 מ' ) יצר ככל הנראה פינה עם קיר
6714. מקיר זה שרד נדבך אחד, בנוי שורה של אבנים גדולות מסודרות לרוחב הקיר. נראה כי קירות המבנה נשדדו עוד בימי קדם. בחתכי הריבוע ניתן להבחין בתעלת שוד מלאה בחול ים, הבולטת על רקע האדמה החומה האופיינית לאזור. התעלה (0.7 מ' רוחב תחתון, 1.2 מ' רוחב בקרבת פני השטח) מאפשרת לשחזר את תוואי הקיר ופינת המבנה.
בזיקה לשכבה IV, במילוי הניגש לקירות נמצאו חרסים מעטים שחוקים המתוארכים לתקופה הצלבנית: במיוחד קדרות וקערות עם זיגוג ירוק וחום, חלקם עם עיטור הסגרפיטו (sgraffito). עוד נמצאו פכים וסירי בישול, חלקם מזוגגים בזיגוג חום ועם ידית סרט.
שברי הכלים שנמצאו בשכבה V כוללים שברי כלים מצולעים בצבע צלהב, מתוארכים למאות הט'–הי' לסה"נ. בולט מאוד העדר כלים מזוגגים בשכבה זו.