בחודש יוני 2005 תועדו שתי מערות קבורה סמוכות זו לזו במדרונות המזרחיים של חורבת כלח, כ-2 ק"מ מערבית למודיעין (הרשאה מס' 4555-A*; נ"צ — מערה 1, רי"ח 197140/647689; רי"י 147140/147689; מערה 2, רי"ח 197143/647670; רי"י 147143/147670) לאחר שחוליית שודדי עתיקות נתפסה במהלך חפירה במערת קבורה. התיעוד, מטעם רשות העתיקות, נעשה על ידי ע' ראם, בהשתתפות ט' קורנפלד, ד' סנדהאוס ור' בר-נתן (זיהוי כלי חרס).
בשלל השוד, שהוחרם על ידי היחידה למניעת שוד של רשות העתיקות, היו מכלול כלי חרס וגלוסקמה תמימה.
חורבת כלח היא המזרחית משתי חורבות סמוכות זו לזו, המשתרעות על שלוחה מתונה שכיוונה מערב–מזרח; המערבית היא חורבת זכריה. הן נסקרו לראשונה במחצית השנייה של המאה הי"ט, נסקרו שוב לקראת הקמת מודיעין ושוב לקראת הקמת אזור תעשייה במקום (ר' חדשות ארכיאולוגיות 71-70:111). בפסגת שתי החורבות הובחנו שרידי בנייה ובחורבת זכריה אף שרידי כנסייה ביזנטית, מבנה ובפטיסטריום, וכן פיזור נרחב של חרסים מן התקופות ההלניסטית, הרומית והביזנטית. למרגלות החורבות זוהו מערות, מתקנים חקלאיים ובורות. במורדות הצפוניים של חורבת זכריה נסקרה מערת קבורה מפוארת מן התקופה הרומית ומכלול מערות אשר שימשו למגורי נזירים וסמוך להם בריכת מים גדולה (ביר אל-שמי). יש הרואים במערות אלו את 'מערתא דלוד' שאליה נקשרו אגדות המיוחסות ליהודים שישבו באזור בימי השלטון הרומי.
מערה 1
המערה נמצאה מלאה סחף ושפכים ועל כן לא ניתן היה לתעדה. מחפירת השוד עולה כי זוהי מערת כוכים טיפוסית לשלהי ימי הבית השני. פתחה בצפון וסביבו סימני חציבה. במילויים בתוככי המערה הובחנו גלוסקמות באתרן ושברי חרסים רבים, לצד עצמות אדם של כמה פרטים.
מכלול כלי החרס שהוצא מן המערה במהלך השוד מתארך את זמן השימוש בה לסוף המאה הא' לפסה"נ–תחילת המאה הא' לסה"נ, על פי הנרות העשויים בדפוס (איור1:1, 2; איור2:2, 3) ושבר פכית כישור (איור 1:2). שני נרות נוספים מתוארכים למחצית הראשונה של המאה הא' לסה"נ עד לשנת 68 לסה"נ (איור 3:1, 4). עדות לשימוש במערה בשנים 135-70 לסה"נ הם שני נרות עשויים בדפוס מטיפוס נר דרום, אחד מעוטר בדגם מסננת ומחתה בחרטום והשני נושא עיטור זר סביב עין הנר (איורים 5:1, 7; 3). עוד נמצאה פכית דמויית טיפה (איור 6:1) המתוארכת אף היא לתקופה שבין המרידות. עדות לכך שהקבר חזר לשמש במאות הג'-הד' לסה"נ מתקבלת מנר עם גוף אליפטי ועין נר גדולה, ידית נקב ועיטור גיאומטרי המכסה את כל פני הנר (איור 8:1). נרות אלו אופייניים למאות הג'-הד' לסה"נ ונפוצים במרכז הארץ ובדרומה. מכלול כלי החרס מצביע אם כן על תקופת שימוש ממושכת שראשיתה במאה הא' לסה"נ והיא נמשכת עד למרד בר כוכבא
(135 לסה"נ). לאחר פרק זמן מתחדש השימוש במערה במהלך המאות הג'-הד' לסה"נ.
במערה ובשפכי השוד נמצא שברי גלוסקמות אבן רבים וגלוסקמה תמימה ללא מכסה שהוצאה מן המערה במהלך השוד. הגלוסקמה עשויה אבן גיר מקומית
(0.23×0.50×0.28 מ'; איור 4), ניצבת על ארבע רגלים קצרות ועל דופנה חרוטות ברישול שתי רוזטות תחומות במסגרת מעגלים וקשקשים.
מערה 2
המערהנמצאה ללא ממצא וייתכן שנשדדה (איור 5). למערה פתח בחזיתה הצפונית
(0.8×0.9 מ') שמסגרתו המדורגת נועדה לשלב אבן גולל רבועה שלא נמצאה (איור 6). חדר הקבורה רבוע (2.8×2.9 מ'; איור 7) וחציבתו נאה. רצפת חדר הקבורה מלאה סחף עד ראשי הכוכים ועל כן אין לדעת אם במרכזו בור עמידה. בדופנות החדר הותקנו כוכים שמסגרת משוקעת סביב פתחם נועדה לשלב אבן סגירה. בדופן המערבית נחצבו ארבעה כוכים (איור 8), בדופן המזרחית הובחנו שניים אך נראה שהסחף מכסה כוך אחד או שניים נוספים. בחזית אחד הכוכים נמצא ריכוז אבני גוויל קטנות שסתמו את הפתח. הדופן הדרומית של חדר הקבורה נמצאה מכוסה בסחף אך נראה שגם בה הותקנו כוכים. בחלקה העליון של דופן זו פתח רחב שחלקו חצוב וחלקו טבעי. הפתח חסום כיום בשפכים ומהותו אינה ברורה, ייתכן שהוביל לחדר קבורה נוסף.
על סמך ממצא כלי החרס, שיטת הקבורה בכוכים והגלוסקמות נראה כי יש לשייך את שתי מערות הקבורה ליישוב יהודי שהתקיים במקום בשלהי ימי הבית השני. בקבר 1 נעשה שימוש חוזר בתקופה הרומית המאוחרת ובתחילת התקופה הביזנטית. מערות אלה מצטרפות למערות קבורה נוספות ולקברי מקמרים בשיפוליה המזרחיים של חורבת כלח והם חלק מהנקרופוליס של היישוב משלהי ימי הבית השני ועד לתקופה הביזנטית.