בעקבות החפירות המחודשות של מערכת פיר וורן בירושלים בידי ר' רייך וא' שוקרון (חדשות ארכיאולוגיות 108: 136–137), הבנתה המחודשת ותיארוכה לתקופת הברונזה התיכונה 2, הועלתה סברה שמפעל המים בגזר, שייך גם הוא לתקופה זו ונחצב במתכונת דומה. במערכת המים בירושלים התברר מוצא תחתון מן הסלע אל פני השטח והועלתה סברה שגם למפעל המים בגזר מוצא תחתון דומה.

 
לצורך זה נערך באוקטובר 2003 סקר גיאופיזי לאיתור אנומליות אפשריות בתת-הקרקע בדרך לא פולשנית. הסקר נעשה על ידי מ' יזרסקי וא' בק מטעם המכון הגיאופיזי לישראל/לוד. השיטה שננקטה היא בדיקת הבדלי מוליכות חשמלית (Continuous Vertical Electrical Sounding)  לאורך ארבעה קווי בדיקה ארוכים במורד הדרומי של התל. בסקר אותרה אנומליה אחת ברורה במקום המשוער להימצאותו של פתח חצוב שהיוותה נקודת אחיזה לעריכת החפירה (דוח מס' 03/347/278 של המכון הגיאופיזי).
 
נחפר בור צר וארוך (כ-18×3 מ', 1.85–4.20 מ' עומק ממעלה המדרון למורדו) בניצב למדרון. החפירה הגיעה בכל שטח הבור עד לסלע הטבעי שנוקה בדקדקנות בעבודה ידנית. בכל שטח החפירה ובעיקר בקצה הדרומי שבמורד המדרון שבו סומנה האנומליה בסקר הגיאופיזי, לא נתגלו כל עקבות של חציבה או פעילות אנושית אחרת. תוצאות החפירה הזימו אפוא את ההשערה על מוצא אפשרי ממפעל המים באזור זה. מסתבר שגם תוצאות הסקר הגיאופיזי לא התאימו כלל למבנה הסלע כפי שנתגלה בחפירה. פני הסלע עצמו נמצאו טרשיים למדי, עם חלל טבעי קטן בראש המדרון דווקא. 
 
לכל אורך הבור לא נתגלו גם כל עקבות של בנייה, ומכאן מסתבר שכל השטח הנבדק הוא מחוץ לתחומי התל. החתך לאורך הבור אחיד למדיי. על גבי הסלע מונחת שכבה של עפר חום תחוח (1.0–1.5 מ' עובי ממוצע), מעליו שכבה של חצצים (0.5 מ'), מעליה שכבת עפר חום (1 מ') ומעליה שכבה של אבנים, בהן גם אבני בנייה מרובעות, ללא סדר כלשהו (0.5–0.7 מ'). שכבה זו נראית כדרדרת אבנים במורד המדרון וייתכן שהיא תוצאה של חפירות מקליסטר בראש התל, שדרדר את האבנים מן הקירות העתיקים שפירק לפני שסתם בעפר את חפירתו בשיטתו המיוחדת. את האבנים מכסה שכבה דקה של עפר
(0.2 מ') היוצרת את פני השטח. מעט החרסים שנאספו, בעיקר בתוך דרדרת האבנים ובעפר שמתחתיה, הם ממגוון תקופות (ברונזה תיכונה 2, ברזל 2, פרסי(?), הלניסטי). דומה שגם מקורם של אלה בחפירה של מקליסטר.