מערת הקבורה (איור 1) נחצבה במדרון הצפוני של השלוחה וצירה הכללי מזרח–מערב. המערה כללה חדר מבוא שנפתח לדרום-מערב והוליך אל אולם מרכזי, שבו נחצבו כוכים. המערה נפרצה במכוון באמצעות כלי מכני כבד שגרם לה נזק כבד: נהרסו חדר המבוא, חלק מתקרת האולם וכן כוך קבורה בדרום המערה. לאחר הפריצה נערכה במערה חפירת שוד ידנית שבה נבזזה כמעט כל תכולתה, אך החפירה זוהתה בטרם הספיקו השודדים לקחת עמם סרקופג אבן עם מכסה, אבן סגירה של כוך ואת אבן הגולל של המערה. עם תום בדיקת המערה ותיעודה הועברו הסרקופג והמכסה וכן אבן הגולל לרחבת המזכירות במושב צור נתן.

 
לחדר המבוא, שתקרתו הוסרה וקירותיו נפגעו, היה מתאר מלבני (1.7×3.2 מ'), שבו אפשר להבחין רק במפלס הרצפה (איור 2). לצד דופנו המזרחית נחצבה מסילה (1.6 מ' אורך, 0.35 מ' רוחב) שבה נועדה לנוע אבן הגולל העגולה (1.3 מ' קוטר). האבן נמצאה מוטלת בחזית חדר המבוא על שפכי העפר שהוצא מן המערה על ידי השודדים. פתח המערה (0.8 מ' רוחב משוער), שנפגע אף הוא, נפתח אל חדר קבורה סגלגל (4.5 מ' אורך, 2.7 מ' רוחב). על קירות המערה, שנחצבה בסלע גירני הנוטה להתפורר, אפשר להבחין במשטחי טיח שכיסו על סדקים טבעיים בסלע. בכל אחת מן הדפנות הצפונית, הדרומית והמזרחית של האולם נחצבו תשעה כוכים (2.3 מ' אורך, 0.6 מ' רוחב), שלושה בכל דופן. כל הכוכים נשדדו ולא נותרו עדויות לממצא שהכילו (איור 3). על רצפת חדר הקבורה נמצאה מוטלת אבן סגירה של אחד הכוכים. במרכז החדר ניצב סרקופג אבן מעוטר וסמוך לו נמצא מכסה אבן תואם. אף שהסרקופג נפרץ ותכולתו נשדדה, ניכר היה שנותר מוצב באתרו. אפשר שהוצב במקום זה בשלב שימוש מאוחר יחסית במערה, ככל הנראה לאחר שכוכי הקבורה מולאו.
 
הסרקופג (0.64×1.68 מ', 0.67 מ' גובה ללא המכסה; 8 ס"מ רוחב הדפנות; איור 4) עשוי מאבן גיר מקומית. בחזית אחת הדפנות הארוכות עוצב ספין מלבני (0.4×1.1 מ', 1–2 ס"מ עובי) בתבליט, באמצעות החלקת השוליים סביבו. על קרקעית הסרקופג, לצד אחת הצלעות הקצרות, עוצבה בליטה דמוית כרית שנועדה, ככל הנראה, להשענת ראש הנפטר. מכסה אבן גיר, שהותאם לסרקופג במדויק, עוצב בצורת גמלון (0.4 מ' גובה) ובארבע פינותיו עוצבו אקרוטריות בולטות דמויות קרן. בשני צדיו הצרים של המכסה עוצבו בתבליט שתי ידיות משולשות (0.25 מ' אורך הבסיס). ארונות מסוג זה, המכונים לעתים 'ארונות שומרוניים', נתגלו בתל בלאטה, באזור ערערה ובאזור נתניה, ונהוג לתארכם לשליש האחרון של המאה הא' ולמאה הב' לסה"נ.
 
בצור נתן נחשף בעבר קבר כוכים דומה, שבו נחצבו עשרה כוכים ואשר כלל אבן גולל עגולה ושני סרקופגים שעיצובם ועיטורם זהים לזה שנתגלה במערה השדודה; מערה זו כללה כלי זכוכית שתוארכו למאות הא'–הב' לסה"נ (מערה 42-4; איילון, קדרון ושרביט תשמ"חתשמ"ט:105–106). קברי כוכים דומים עם ממצא שיוחס אף הוא למאה הא' ולראשית המאה הב' לסה"נ נתגלו גם בשכונת רמת אפרים בנתניה וכן בח' מע'רת אבו-סמאחה ובמע'אר אבו-שריף שבמערב עמק חפר (רייך ר' תשמ"ב. אתרים ארכיאולוגיים בתחומי העיר נתניה. בתוך א' שמואלי ומ' ברור, עורכים. ספר נתניה. תל אביב. עמ' 101–114). השימוש באבני גולל עגולות הנעות בתוך מסילה חצובה מוכר אף הוא מקברים רבים מסביבת האתר ומאזור השרון ויהודה, כמו למשל בשכונת רמת אפרים בנתניה (קבר 13), בקברי המלכים, בקבר בית הורדוס ובחורבת מדרס, המתוארכים ברובם למאה הא'–ראשית המאה הב' לסה"נ (קלונר ע' תש"ם. קברים וקבורה בירושלים בימי בית שני. עבודת דוקטור, האוניברסיטה העברית. ירושלים. עמ' 215). דומה לפיכך כי יש לתארך את מערת הקבורה למאות הא'–הב' לסה"נ.