בחודשים מרס–מאי 2008 נערכה חפירת הצלה ברחוב יהודה הימית ביפו (הרשאה מס' 5365-A; נ"צ 17655-725/66190-222), לקראת עבודות תשתית. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון עיריית ת"א-יפו וחברת אחוזות החוף בע"מ, נוהלה על ידי א' הדד, בסיוע ל' ראוכברגר (ניהול שטח), ל' תלמי ומ' מולוקנדוב (בדיקות מקדימות), ש' יעקב-ג'אם (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), ב' עג'מי (בטיחות), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית), א' אקרמן (גאומורפולוגיה), צ' שגיב (צילום שטח), חברת סקאי וויו (צילום אוויר), נ' זאק (שרטוט), ע' שטרן (ייעוץ קרמי) וע"ר ריאן מחברת מלרג (עזרה לוגיסטית).
החפירה הייתה חלק מפרויקט החפירות לאורך רחוב יהודה הימית (ר' חדשות ארכיאולוגיות 122). שטח החפירה (שטח B; כ-150 מ' אורך, 12 מ' רוחב; כ-50 ריבועים; איורים 1, 2) נמשך מרחוב המגדלור בצפון ועד לרחוב יהודה מרגוזה בדרום; חלקו הדרומי מתעקל למזרח.
מפות בריטיות מהתקופה העות'מאנית ומשנות העשרים וראשית שנות השלושים של המאה הכ' מראות שהשטח היה כלוא בין כיפת הכורכר שממזרח, שעליה בנויה כיום שכונת גבעת אנדרומדה, לבין רכס כורכר ממערב שכיוונו צפון–דרום והוא מגיע עד לחומות העיר. השטח הוא אגן קטן וביצתי שבו נאצרו מי גשם. מן המפות עולה שאזור גבעות הכורכר שמדרום לגבולות יפו העות'מאנית שימש לקבורה, ושטרם סלילת הרחוב ניצבו במקום מבנים עות'מאניים. הרחוב, שנקרא תחילה רחוב המלך פייצל, נסלל בשנת 1934 בעקבות פיתוח נמל יפו, כדרך ראשית המובילה אליו מדרום; שמו הנוכחי – יהודה הימית – מבוסס על מטבע נושא כתובת בשם זה שהתברר כי היה מזויף (י' משורר, תשס"ו. הצד השלישי של המטבע [עורכת ח' עמית], ירושלים; עמ' 118).
בחפירות שנערכו בעבר בקרבת מקום (חדשות ארכיאולוגיות 111, איור 68) נחשפו קברים למן התקופה הפרסית עד הביזנטית (חדשות ארכיאולוגיות קו:79; קח:71; 146:109; 52:111) ושרידי בנייה מעטים (הרשאה מס' 2626-A).
בחפירה הנוכחית זוהו ארבע שכבות שכללו שרידי בית קברות שנפגע קשות (שכבה IV; התקופות הפרסית–ההלניסטית), שרידי חפיר (שכבה III; סוף התקופה הצלבנית; המאה הי"ג לסה"נ), בארות (שכבה II; התקופה העות'מאנית) ותשתית כביש (שכבה I; ימי המנדט הבריטי).
השכבות יתוארו להלן מהקדומה למאוחרת.
שכבה IV
בשכבת חול כורכרי בגוון חום בהיר נחשפו כ-60 נקודות שבהן אותרו עצמות אדם ושלא נחפרו. התברר כי חלק מהעצמות נפגעו ופוזרו לכל עבר במהלך סלילת הכביש בימי המנדט הבריטי. מספרן הרב של העצמות מעיד כי במקום היה בית קברות עתיק שניזוק קשות. שברי כלי החרס שהתגלו סמוך מתוארכים לתקופות הפרסית וההלניסטית, כולל קנקנים ספורים שיכלו לשמש לקבורה, כנהוג בתקופה הפרסית. בשבר קנקן אחד הובחנה עצם והוא הושאר באתרו.
בריבועים E21 ו-E22 נחשף משטח לבנבן של כורכר כתוש שבתוכו ועליו עצמות אדם מרוסקות; מהותו טרם התבררה. במעלה הרחוב למזרח הסלע היה קרוב לפני השטח. לקראת קצה החפירה (ריבועים E27 ו-E29), נמצאו התגבשויות כורכר על שורשי עצים באדמת גן חומה ונקייה מממצא. מצפון לאזור זה, בתחילת העלייה לרחוב יהודה מרגוזה, נחשפו שרידי עצמות נוספות (גפיים).
שכבה III
בצפון השטח נחשף קטע חפיר שכיוונו מזרח–מערב ושדופנו הדרומית פונה לדרום-מערב. החפיר חצוב בסלע הכורכר (12 מ' רוחב), רצפתו משתפלת במתינות ממזרח למערב
(5.06–6.01 מ' גובה מעל פני הים). החפיר דופן מדרום בקיר משופע שהשתמר לגובה נדבך אחד בלבד. הקיר בנוי מאבנים בינוניות מהוקצעות שביניהן חומר מליטה עבה (איור 3). מעל לנדבך הקיר נשתמרה ליבה מאבני גוויל קטנות, חומר מליטה ואדמת חמרה. בדרום-מערב נשתמרו ארבעה נדבכים של הקיר.
לאורך הדופן הצפונית של החפיר נחשפה תעלת יסוד של קיר דיפון (2 מ' רוחב, כ-0.4–0.5 מ' עומק). מן הקיר שרד רק החלק הפנימי שנבנה מאבני גזית וגוויל מכורכר מלוכדות בטיט אפור בהיר עם גריסים לבנים; הפן החיצוני נשדד כולו.
על רצפת החפיר הובחנה שכבת מהודקת של עפר חולי דק (0.1 מ' עובי) שמעליה נמצא קטע מקיר מסיבי נפול (כ-2.0×2.5 מ'; איור 4) הבנוי אבני גזית בינוניות שלוכדו בטיט לבן עבה ביניהן. על חלק מאבני הקיר ניכרים סימני סיתות אלכסוניים האופייניים לתקופה הצלבנית. נראה כי קטע הקיר התמוטט (ואולי הופל במתכוון?) מהדופן הדרומית של החפיר. מצפון וממזרח לקטע הקיר אותרו אבני גזית רבות במפולת.
על פי כלי החרס שהתגלו בתוך מפולת אבני החפיר, השכבה מתוארכת לסוף התקופה הצלבנית (המאה הי"ג לסה"נ).
ככל הנראה הוקם החפיר כקו הגנה ראשוני המרוחק מן העיר. המפולות וקטע הקיר שהתמוטט מעידים אולי לראשונה על הרס ממלוכי של יפו במסגרת הרס ערי החוף הצלבניות על ידי הסולטן ביברס.
שכבה II
נחשפו שבע בארות (1–7) דומות זו לזו, שנפגעו ונסתמו במכוון בעבודות הסלילה של הכביש משכבה I. אין כל סדר בפריסתן בשטח. בארות 1 ו-2 נחצבו בכורכר והשאר ניכרו בדיונת החול ולכן מאוחרות להרבדתה. בשל מגבלות בטיחות, רק באר 1 שבתחום החפיר הצלבני נחפרה עד למי התהום (איור 5).
ריכוז הבארות בשטח המצומצם מעיד על חיפוש מקורות מים מתוקים בקו החוף בתקופה העות'מאנית. הבארות היו ככל הנראה חלק מהותי ממכלול המבנים העות'מאניים שהיו במקום ורק הן שרדו לאחר שהכביש 'גילח' את המבנים עד מתחת ליסודותיהם.
שכבה I
לכביש המנדטורי שמתחת לאספלט בן ימינו תשתית מסיבית של אבני גיר 'ירושלמיות' בינוניות הצמודות זו לזו (Soling; איור 6), שעל חלקן שרד ציפוי נפט נוזלי. בסלילת הכביש נהרסו מבנים עות'מאניים וחלק מבית הקברות מן התקופות הפרסית וההלניסטית.