בחודש יוני 2000 נערכה חפירת בדיקה ממזרח למושב בית נחמיה, בתחום האתר ח' בית כופה (הרשאה מס' 3245-A; נ"צ 196270-315/653100-200; איור 1), לאחר שהתגלו עתיקות בעת פיקוח לקראת סלילת כביש 6. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת כביש חוצה ישראל, נוהלה על ידי א' גליק, בסיוע י' אלישע (פיקוח), ו' אסמן (מדידות וסרטוט), ח' ציון (GPS), צ' שגיב (צילום שטח), מ' שויסקיה (ציור כלי חרס) ונ' זאק וד' פורוצקי (תכניות). כן סייעו ר' קלטר, א' ינאי וא' הדד.
נחפרו ארבעה ריבועים (D–A) במדרון מתון של גבעה המשתפל לדרום אל גיא, ונחשפו שרידי בנייה מעטים, שני קירות תמך של מדרגות עיבוד וחרסים אחדים מהתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה. במרחק של כ-20 מ' ממערב לחפירה הובחנו חציבה וקבר; הם לא נחפרו. בחפירות שנערכו בעבר בסביבה נחשפו שרידי מבנים, חציבות, מתקנים וקברים מהתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה (יקותיאלי, פארן ובן ישי תשנ"ח; אבנר תשס"א; ארבל 2005; פרנוס ואבישר 2005; סגל 2006). כן נחשפו בתחומי מושב בית נחמיה שרידים של בית מרחץ מהתקופה הביזנטית (נגורסקי 2009).
ריבוע A. נחשף קיר (W1; כ-2.5 מ' אורך השתמרות; איור 2), שנבנה בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח מאבני שדה גדולות ובינוניות (0.15–0.60 מ' אורך) והשתמר לגובה נדבך אחד. מתחת לאבני הקיר נחשפה אדמה ללא ממצא ומתחתיה — סלע האם. ליד הקיר ומצפון-מזרח לו התגלה מפלס של אבנים קטנות (כ-0.1 מ' אורך), אולי תשתית של רצפה.
ריבוע B. נחשף קיר (W2; כ-4.5 מ' אורך חשיפה; איור 3), שנבנה בכיוון צפון–דרום משתי שורות של אבני שדה ואבנים מסותתות גס (0.6 מ' אורך מרבי) ובתווך מילוי של אבני שדה קטנות; הוא השתמר לגובה של נדבך אחד ונמשך לצפון אל מחוץ לשטח החפירה. מתחת לקיר נחשפה אדמה ללא ממצא (0.15 מ' עובי) ומתחתיה — משטח סלע.
השתמרותם של קירות 1 ו-2 גרועה ועל כן אי אפשר לקבוע אם הם חלק ממבנה או קירות תמך של מדרגות עיבוד.
ריבועים C ו-D. נחפרו שני קירות תמך של מדרגות עיבוד (W4 ,W3; איור 4), שנבנו בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח. קיר 3 נבנה מאבנים גדולות ובינוניות מסותתות גס (0.9 מ' אורך מרבי) והשתמר לגובה של שני נדבכים. קיר 4 נבנה מאבנים בינוניות והשתמר לגובה מרבי של נדבך אחד. בנייתו של קיר 3 איתנה יותר מזו של קיר 4.
בחפירה נמצאו חרסים אחדים, רובם שחוקים, המתוארכים לתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה.
הממצא הקרמי מהתקופה הביזנטית כולל שפה של קערת LRC (איור 1:5), שפת קדרה (איור 2:5), קנקן שק (איור 3:5) וקנקני עזה (איור 4:5, 5). הממצא הקרמי מהתקופה האסלאמית הקדומה כולל שפת קנקן (איור 6:5), צוואר של פך (איור 7:5) וכן כלים עשויים מטין צלהב, ובהם בסיס קטן של כלי (איור 8:5). כן התגלו בחפירה כמה אבני פסיפס גסות ושבר של אבן רחיים מבזלת.
אבנר ר' תשס"א. בית נחמיה (דרום-מזרח). חדשות ארכיאולוגיות 79:112.
יקותיאלי י', פארן נ' ובן ישי י' תשנ"ח. בית נחמיה. חדשות ארכיאולוגיות 179:108.