בחודש ינואר 2017 נערכה חפירה מצומצמת בשטח בית הכנסת העתיק במרות (הרשאה מס' 7878-A; נ"צ 77079/24992; איור 1), שהייתה חלק מהמיזמים 'אימוץ אתר' ו'צבא ההגנה לטבע' של בסיס הטירונים של חטיבת גולני הסמוך לאתר. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי א' ברגר, בסיוע ג' פיטרסון (מנהלה), א' שפירו (GPS), י' אלף (צילום), ש' מגל (צילום אוויר), ג' ביכובסקי (נומיסמטיקה) וח' טחן-רוזן (ציור ממצא). החפירה נערכה על ידי צוות מדריכות טירונים של גדוד הסיור בחטיבת גולני.
מרות (ח' מארוס) נסקרה במחצית השנייה של המאה הי"ט לסה"נ על ידי ו' גרן ולאחריו על ידי אנשי הקרן הבריטית לחקירת ארץ ישראל, שתיעדו בה שרידים קדומים בינות מבני כפר ערבי נטוש והרוס (גרן תשמ"ז:252; Conder and Kitchener 1881:242). בשנות ה-80 של המאה הכ' זיהה באתר צ' אילן מבנה בית כנסת עתיק, ובחפירות שנערכו בו תוארכה פעילותו למן ראשית התקופה הרומית ועד לשלהי המאה הי"ב לסה"נ (אילן תשמ"ד; אילן ודמתי תשמ"ה; תשמ"ח).
החפירה הנוכחית נערכה לאחר שנים רבות שבהן עמד האתר חשוף לפגעי הזמן ומזג האוויר, והיא כללה עבודות שימור והצלה בשרידי בית הכנסת ובסביבתו (איור 2). עיקר העבודה כללה הסרת שכבת צמחייה והצטברויות קרקע מעל רצפת בית הכנסת ומשכבת פני השטח של האזור שנחפר בעבר. בחפירה התגלו על פני השטח מסביב לבית הכנסת מעט שברי כלי חרס מהתקופות הרומית והביזנטית, וכן שבר קטן של פיית מקטרת חרס משלהי התקופה העות'מאנית (L1, סל 105; איור 3). אפשר ששבר זה קשור לכפר בן התקופה ששכן במקום, ובו תושבים מוסלמים מאלג'יר (עבאסי 2007). עוד התגלו בחפירה שני מטבעות שחוקים, שרק אחד מהם זוהה ותוארך למאה הי"ד לסה"נ — ימי השלטון הממלוכי (ר"ע 166787).
אילן צ' תשמ"ד. מרות: יישוב מבוצר מתקופת המלחמה ברומאים בגבול הצפון. ארץ ישראל י"ז:141–146.
אילן צ' ודמתי ע' תשמ"ה. ח' מארוס (מרות) — 1985. חדשות ארכיאולוגיות פו:7–9.
אילן צ' ודמתי ע' תשמ"ח. בית-הכנסת ובית-המדרש של מרות הקדומה. קדמוניות 87:80/79–96.
גרן ו' תשמ"ז. תיאור גאוגרפי, היסטורי וארכאולוגי של ארץ-ישראל 7: הגליל (ב) (תרגום ח' בן- עמרם). ירושלים.
עבאסי מ' 2007. הקהילה האלג'יראית בגליל משלהי השלטון העות'מני עד שנת 1948. אופקים בגאוגרפיה 56:69/68–72.
Conder C.R. and Kitchener H.H. 1881. The Survey of Western Palestine I: Galilee. London.