בקיץ 2006 נערכה חפירת הצלה בעפולה (הרשאה מס' 4789-A; נ"צ 227422/723819), לקראת בניית מבנה רב קומות. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ע' דללי-עמוס (צילום) ונ' גצוב, בסיוע י' לבן (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות וסרטוט), י' נגר (אנתרופולוגיה פיזית), נ' רבן ונ' אגא (ארכיאוזואולוגיה), ל' פורת (רפאות), ח' טחן-רוזן (ציור כלי חרס) ומ' סמילנסקי (ציור כל צור).
בחפירות בעבר התגלו בעפולה שרידים קדומים בשני אזורים נפרדים, המרוחקים כ-250 מ' זה מזה, האחד בתל נמוך במזרח והאחר בתלולית נמוכה במערב שעליה הוקם מגדל מים (Sukenik 1948; Dothan 1955; ברון 2013). בתל שבצד מזרח התגלו ממצאים מתקופות הברונזה הקדומה, הביניימית והתיכונה, הברזל, הביזנטית והממלוכית. בתלולית שבמערב נחשפו שכבות יישוב מהתקופה הכלקוליתית ומתקופת הברונזה הקדומה 1 וכן קברים מתקופות רבות.
נפתחו שמונה ריבועי חפירה, במרחק של 25–30 מ' ממזרח למגדל המים, מעברו המזרחי של רחוב הכנסת, סמוך לבור D בחפירותיו של סוקניק. נחשפו שלוש שכבות יישוב מהתקופות הכלקוליתית הקדומה (שכבה IV), הברונזה הקדומה 1א' (שכבה III) והברונזה הקדומה 1ב' (שכבה II), וכן שכבה עליונה (שכבה I), ובה בעיקר קברים שזמנם למן תקופת הברונזה הקדומה 2 ועד לתקופה הרומית, וכן מתקנים והצטברויות של פני השטח.
בשכבות II–IV התגלו הצטברויות עפר שעיקרן, קרוב לוודאי, נותרו ממבני לבנים שלא השתמרו. לא התגלו יסודות אבן של מבנים. עוד התגלו בשכבות אלה שרידי רצפות, תנורי אפייה, כירות בישול ובורות. ממצא מעניין שהתגלה בשכבה III הוא שלד של פרה שראשה נותק והונח לצד הגב (איור 1). השתמרותו השלמה של השלד מלמדת שהפרה נקברה. הממצא בשכבה IV כולל חרסים מעוטרים בדיקור וידיות סרט, המתוארכים לתרבות ואדי רבה מראשית התקופה הכלקוליתית הקדומה, ומחבצות האופייניות לסוף התקופה הכלקוליתית הקדומה. הממצא בשכבה III כולל פערורים, שלהם שפה שחתכה דמוי טרפז, וקדרות אפורות ממורקות, שלהן דפנות פסוקות וידיות זיז, המתוארכים לתקופת הברונזה הקדומה 1א'. הממצא בשכבה II כולל קערות אפורות ממורקות, שדפנותיהן מזוות ומכונסות, פיטסים שלהם שפת קשת, שברי כלי חרס מעוטרים במשח פסים ועוד כלי רבים, האופייניים למכלולי תקופת הברונזה הקדומה 1ב' בעמק יזרעאל.
בשכבה I התגלו יותר מ-26 קברים, שחדרו לשכבות הקדומות. הקברים לא נחפרו פרט לקבר אחד שנחפר בשלמותו. רוב הקברים מתוארכים לתקופה הרומית על סמך סירי בישול שהונחו בשוליים של חלק מהם. נחשף קבר מתקופת הברונזה התיכונה 1 (הברונזה התיכונה 2א'),ובו התגלו כלי חרס שהונחו בהקף בור הקבורה צמוד לדופן, ובמרכז הבור התגלו שרידי שלד של נער (איור 2). קבר נוסף שנחשף מתוארך לתקופה ההלניסטית על סמך פכית דמויית כישור שהונחה סמוך לראש הנקבר.
ממצאי החפירה הם עדות נוספת ליישוב הגדול ששכן באתר העתיקות המערבי בעיר. בחפירה זו נחשפה לראשונה שכבת יישוב מהתקופה הכלקוליתית הקדומה. נראה שלאחר תקופה הברונזה הקדומה לא שכן עוד יישוב באתר, והשטח שימש בעיקר לקבורה של תושבי היישוב שממזרח לאתר.
Dothan M. 1955. Excavations at ‘Afula. ‘Atiqot 1:19–70.
Sukenik E.L. 1948. Archaeological Investigations at ‘Affula. JPOS 21:1–78.