בחודש ינואר 2012 נערכה חפירת בדיקה באתר באר חלף שברמת בית שמש (הרשאה מס' 6398-A; נ"צ 19827/62326). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הבינוי והשיכון, נוהלה על ידי ר' גרינוולד, בסיוע נ' נחמה (מנהלה), מ'קונין (מדידות), א' פרץ (צילום שטח) וס' גנדלר (בדיקות מקדימות).
שטח החפירה נמצא על שלוחה היורדת במתינות מערבה (איור 1:1). בראש השלוחה נחפרו שרידי מבנה (איור 3:1) ודרך (איור 2:1) מהתקופה הביזנטית (הרשאה מס' 6226-A) ומתקנים חקלאיים (הרשאות מס' 6309-A-6318 ,A). בשלוחה שמצפון לאתר נחפר מגדל שדה מהתקופה הביזנטית (חדשות ארכיאולוגיות 123). באזור נערך סקר שבו תועדו מתקנים חקלאים רבים ממזרח לשטח החפירה (IAA Reports 46).
נפתח ריבוע חפירה אחד ובמרכזו נמצא מבנה עגול (L105; קוטר 3.8 מ'; איורים 2, 3) שנבנה מאבנים גדולות במיוחד, חלקן מהוקצעות, והשתמר לגובה מרבי של שלושה נדבכים (1.4 מ' גובה בצפון, 1.2 מ' גובה בדרום-מערב; איור 4). האבנים הונחו הישר על הסלע המשתפל במתינות צפונה (איור 5). פנים המבנה היה מלא באבני גוויל בגודל לא אחיד שנערמו ללא סדר כלשהו. פתח המבנה לא התגלה. סביב המבנה נחשף סלע לא מעובד ונקי מממצא (L104 ,L103).
המבנים והמתקנים שבסביבת המבנה שנחפר מתוארכים לתקופות הרומית והביזנטית, ולכן אפשר שיש לתארכו לתקופות אלה. בחורבת נקר (צפון), כשמונה קילומטרים מדרום לחפירה, נחפר מבנה דומה (חדשות ארכיאולוגיות 122), צמוד לגת ולאגנים חצובים בסלע. בדומה למבנה מחורבת נקר אפשר לקבוע שגם המבנה בבאר חלף שימש את החקלאים באזור.