מערה 1 (איורים 2–7). המערה נחצבה בקפידה בסלע גיר רך על הגדה הדרומית של נחל אצל. חלקה המזרחי נהרס כליל במהלך עבודות עפר נרחבות שחצבו חתך אנכי במדרון הטבעי (איור 2). הכניסה אל המערה הייתה כנראה דרך המרחב הצפוני (L100; כ-2.3 ×4.1 מ', עד 1.5 מ' גובה השתמרות), שהיה חצר קטורה או חדר שתקרתו נהרסה. בקיר הדרומי של מרחב 100 נחצבה כניסה (0.85 × 1.01 מ', 0.95 מ' עומק) בתוך מסגרת שקועה (איור 6). בחלקה הפנימי הורחבה הכניסה ועוגלה, כנראה בחציבה מאוחרת, והיא הובילה אל תוך חדר קבורה מרובע (L101; כ-2.95 × 3.35 מ', 1.75 מ' גובה התקרה מהחלק העליון של בור העמידה). בפינתו הדרומית-מערבית של חדר הקבורה נחשפה פינה מבור עמידה. בקירות המערבי והדרומי של חדר 101 נמצאו פתחים המובילים אל חדרים קטנים שנחצבו במידות דומות, ובהם שתי אצטבות לאורך דופנותיהם הארוכות (L105–L102; כ-1.5–1.7 × 2.2–2.3 מ', 0.45–0.55 מ' גובה תקרה מעל האצטבות). לחדר 104 פתח מקושת בתוך מסגרת מעוצבת (0.40 × 0.45 מ') ונראה כי פתחי החדרים האחרים היו דומים לו, והורחבו בחציבה מאוחרת ל-0.9–1.0 מ'. בחדר 104 נחצבה גומחה קטנה, כנראה לליקוט עצמות (L106; כ-0.35 מ' רוחב). בחדר 105 נחצב בקרקעית בור העמידה בור ליקוט עצמות מעוגל (L107; קוטר 0.45 מ', עומק 0.35 מ'); ייתכן שבורות כאלה היו גם בחדרים האחרים, אך כוסו באדמת סחף. בחלק המזרחי של חדר 105 נחצב דרך האצטבה מעבר מקושת (1.2 מ' אורך, 0.52 מ' רוחב) שהוביל אל חדר נוסף (L108; כ-1.40 × 2.05 מ') שלאורך דופנותיו הצפונית והדרומית נמצאו מקמרים נמוכים חצובים בקפידה (0.65–0.75 × 1.4 מ'; עד 0.55 מ' גובה). הפינה הדרומית-מזרחית של חדר 108 חותכת כוך קטן (L109; כ-0.40 × 1.05 מ'; 0.6 מ' גובה), שנחצב באוריינטציה שונה מזו של חדרי המערה, ואולי שייך, עם כוך נוסף מדרום-מזרח לו (L110; כ-0.8 × 2.1 מ'; 0.8 מ' גובה) למערה אחרת שנהרסה. ממזרח לכוך 110 נמצאו כנראה שרידי פינת חדר הקבורה שממנו נחצב הכוך (L111; איור 7).

הגומחה (L106), הבור לליקוט עצמות (L107) והמקמרים (L108; קלונר וזיסו תשס"ג:30–31, 36–42) מעלים את הסברה שהמערה שימשה בשלהי ימי הבית השני. המערה תועדה בחלקה על ידי ברנדנבורג שפרסם בשנות ה-20 של המאה הכ' תכנית ותיאור של חדרים 100–108 ושני חדרים דומים לחדרים 102–103 לאורך הצד המזרחי של חדר 101, שנהרסו עוד לפני התיעוד הנוכחי. בתיאור המעבר בין החדרים 105 ו-108 ציין ברנדנבורג לוח אבן שכיסה את המעבר בחלקו העליון, אך בתיעוד הנוכחי הלוח לא נמצא. את פתחי חדרים 102–105 תיאר ברנדנבורג ברוחב של כ-0.5 מ', וייתכן שהם הורחבו אחרי תיעודו. ברנדנבורג לא תיאר את המקמרים בחדר 108 או את כוכים 109, 110 שככל הנראה היו מכוסים באדמת סחף כאשר ביקר במערה (Brandenburg 1926:123–125; Fig. 34).
 
מערה 2 (איורים 8, 9). המערה, על הגדה הצפונית של נחל אצל, נהרסה בחלקה הצפוני במהלך עבודות פיתוח ובפתחה נבנה קיר בטון. למערה סדקים קרסטיים רבים, שהורחבו במהלך חציבתה. פתח מרובע (1.15 מ' רוחב) הוביל אל תוך חלל מרובע (L200; כ-2.65 × 2.80 מ'; 1.2 מ' גובה מרבי של התקרה מעל אדמת הסחף). החלק הצפוני של הקיר המערבי של החדר חצוב בסלע ואילו בשאר קירות החדר לא ניכרים סימני חציבה. בקיר המזרחי נמצא כוך לא רגולרי (L201; כ-0.6 × 1.5 מ'; 0.85 מ' גובה) שעוצב לאורך סדק קרסטי. ממערב לחדר 200 נמצא חלל לא רגולרי ללא סימני חציבה (L202; כ-2.1 × 2.3 מ'; 1.1 מ' גובה מרבי של התקרה מעל אדמת הסחף).
אי אפשר לתארך את המערה על סמך תכניתה. ייתכן שגם היא מערת כוכים מימי הבית השני שנחצבה בגסות, אך אפשר שכוך 201 אינו כוך קבורה אלא הרחבת סדק קרסטי בניסיון ליצור חדר חדש או להרחיב את חדר 200 מזרחה.