בחודשים אוגוסט–ספטמבר 1999 ויוני–יולי 2000 נערכו שתי עונות חפירה בחלקה המזרחי של עכו, מחוץ לחומות העיר (רשיונות מס' 130/1999-G, 75/2000-G; נ"צ — רי"ח 2064/7580; רי"י 1564/2580) במסגרת פרויקט משותף של המסדר הגרמני (דויטשר אורדן) בישראל והחוג לארכיאולוגיה באוניברסיטת חיפה. החפירות, מטעם אוניברסיטת חיפה, נוהלו על ידי א' בועז מאוניברסיטת חיפה וג"פ מלוני מהמסדר הגרמני. בצוות השתתפו י' יובל וט' חאג'-יחיה (מנהלי שטחים 1999), ב' בועז (מנהלה 1999, 2000), ש' שטרק (מדידות 1999, 2000) ור' קול (נומיסמטיקה). החופרים היו מתנדבים מגרמניה, ישראל, ארה"ב, איטליה ואוסטריה, וכן עובדים בשכר מישראל.
האתר נחפר בעקבות גילוי של שני מבנים צלבניים גדולים. קטע מאחד המבנים התגלה בשנת 1961 בצד הצפוני-מזרחי של מאפיית הגליל המערבי הנטושה ותואר על ידי ז' גולדמן. הוא תיעד את חשיפתם של שלושה נדבכים מקיר גזית, פינתו הצפונית-מזרחית של מבנה ציבורי גדול. אבנים אחדות נשאו תווי סתתים, עדות ברורה לכך שהמבנה היה פרנקי. בשנת 1974 חפר מ' דותן חלק ממבנה שני במרחק של כ-70 מ' מצפון למבנה של הראשון. גם מבנה זה היה גדול ונראה שנהרס בשרפה, ככל הנראה זו של אל-מאליכ אל-אשראף בשנת 1291. בדיונו על מקומן של חומות עכו (עתיקות 31) הסכים ב"ז קידר עם הצעתו של גודלמן שאחד המבנים עשוי להיות המפקדה של מסדר האבירים הגרמניים.
לחפירה הוצבו שתי מטרות. אחת היתה לבדוק אם המבנים היו שרידי הרובע ובנייני מינהל של מסדר האבירים הטווטוניים. על פי מפות מן המאות הי"ג והי"ד ומקורות אחרים, נמצא הרובע הגרמני, אשר נוסד בשנת 1198, במזרחה של העיר מימי הביניים, סמוך לחומותיה. מטרה שנייה היתה לברר את מיקומם של ביצורי עכו המזרחיים, בחשיפה של חלק מהחומה המזרחית או בבירור טיבם של השרידים הארכיאולוגיים שיעידו אם השטח הנמצא כ-350 מ' ממזרח לחומה התורכית, היה בתוך העיר הצלבנית או מחוצה לה.
אתר החפירה נמצא סמוך ועל גבי הצד המזרחי של דרך הארבעה, הרחוב הראשי הנכנס לעכו מדרום, מול בית הספר לקציני ים. בעונה הראשונה נפתחו ארבעה שטחים קטנים (A–D, איור 1) ובעונה השנייה – עשרה ריבועים סמוכים בשטח B. שטח A נמצא במזרח, בקצהו של רחוב קטן ללא שם שחוצה את האתר. שטח B נמצא מדרום לאתר, סמוך למאפיית הגליל המערבי הנטושה ולקיר הצפוני של בית הקברות המוסלמי, אשר מגדירים את הגבול המערבי של החפירה. שטח C נפתח בקצה הצפוני של האתר, סמוך לבית הקברות הנוצרי, שהיה הגבול הצפוני של החפירה. שטח D היה תעלה קטנה שנחפרה בין הקיר הצפוני של המאפייה ורחוב קטן חסר שם.
רצפות ומשטחי חיים הובחנו בכל ארבעת השטחים, אף שמיקומם לא אפשר חפירה נרחבת של מפלסים מחוברים.
שטח A. נחפרו שלושה ריבועים. נחשפה רצפת טיח ובה תעלה אבן אולם לא נמצא כל קשר בינה לבין הבנייה בריבוע הסמוך, שם התגלה חלק מבנה מימי הביניים במפלס נמוך למדיי.
שטח B. נחשפו שתי רצפות צלבניות ברורות של אבנים קטנות וטיח והן תוארכו למאה הי"ג לסה"נ על סמך הממצא הקרמי.
שטח C. נמצאה רצפה קטנה של אדמה כבושה שלא השתמרה היטב המתוארכת לתקופה הצלבנית.
שטח D. נמצאו שתי רצפות של אבנים קטנות וטיח במפלסים שונים מעט, אך ככל הנראה בנות תקופה אחת, המתוארכות אף הן לתקופה הצלבנית (המאות הי"ב-הי"ג לסה"נ).
נראה כי נחשפו ארבעה מבנים. הבניין הגדול בשטח B נחשף בחלקו על ידי גולדמן בשנת 1961. שטח החפירה המוגבל מקשה על בירור הקשרים בין קטעי המבנים. עם זאת, נראה שהמבנים האחרים היו מבני מגורים.
בעונה השנייה התרכזו המאמצים בשטח B לרבות השרידים שנחשפו בשנת 1999 (הבניין שנחשף על ידי גולדמן). נחשפו שרידים של מבנה צלבני גדול למדיי שמתארו קשה להבנה משתי סיבות. האחת, חלק גדול של המבנה, ובו רוב הקירות החיצוניים, נמצא מחוץ לשטח החפירה, ונמשך לתוך שטח בית הקברות שמדרום, המאפייה הנטושה שממערב וכביש האספלט שמצפון. הסיבה השנייה היא שהשרידים שנחפרו נפגעו קשה בעבר מפעולות שנעשו לאחר נפילת עכו בשנת 1291: הרס מכוון של העיר על ידי הכובש הממלוכי אל-אשראף ח'ליל כחלק ממדיניות 'האדמה החרוכה' שמטרתה היתה למנוע מהפרנקים דריסת רגל חוזרת בארץ הקודש. קירות וקמרונות נפולים ושכבת אפר שרוף מעידים על ההרס. אירוע אחר התרחש כמה מאות שנים אחר כך. עכו נותרה בהריסותיה עד המאה הי"ח, אז נבנתה שנית על ידי דאהר אל-עומר. השטח המכוסה על ידי עכו התורכית קטן בהרבה מזה של העיר הפרנקית, כל הבניינים שמחוץ לחומות החדשות נהרסו בשיטתיות על ידי דאהר אל-עומר ואחריו על ידי אל-ג'זאר שבנה את הביצורים במאה הי"ט. ההרס הוא תוצאה של שימוש חוזר באבנים לבניית מבנים וחומות חדשות וכן נגרם מהצורך לפנות את השטח שלפני החומות מכל מכשול. כתוצאה מכך, המבנה שנבדק בחפירה היה במצב התפוררות קשה. מעל שכבת ההרס היה מילוי של חול דיונה שהכיל שברי כלי חרס תורכיים, שככל הנראה נותרו מזמן ההריסה הסופית של החומות.
בין מעט הממצאים האדריכליים היו שברים של כותרות פרנקיות ושבר אחד של צילוע מקשת גותית. ממצאי הקרמיקה והזכוכית כללו כלים המתוארכים לתקופות הפרסית, ההלניסטית, הרומית, הביזנטית, והאסלאמית הקדומה ומכלול עשיר של כלי חרס צלבניים מקומיים ומיובאים. בשכבת האפר שעל הרצפה, שלעתים נחתמה על ידי קמרונות הרוסים, נמצאו שברי כלי חרס ומטבעות מן המאה הי"ג, בהם מטבע זהב של ג'ון הג' (1222–1254; ר"ע 107900). הקרמיקה משתי העונות כללה כמות גדולה של כלי בישול מזוגגים המעידים על אופיין הביתי של הפעולות בשטח. רוב הכלים האחרים היו יבוא של המאה הי"ג מקפריסין, איטליה וצפון סוריה וכלים אחדים מקומיים וגסים: פכים, קנקנים, קערות לא מזוגגות מסוג 'קערות עכו', כלי סוכר וקנקנים. לכמות הגדולה של 'קערות עכו' חשיבות רבה: מקובל שהן שימשו עולי רגל שהיו בחסות המסדרים הצבאיים (ואולי על ידי האחים של המסדרים). הימצאותן כאן עשויה לרמוז על פעילות אחד המסדרים הצבאיים. מיקום האתר מעלה אפשרות שזהו המסדר הטווטוני.