בחודשים ספטמבר–דצמבר 2001 נערכה חפירת הצלה בעינות שוני ממערב לאתר שוני (הרשאה מס' 3496-A; נ"צ — 19493-500/71535-45; רי"י 14493-500/21535-45) בעקבות פגיעה לא מכוונת בקברים עתיקים שדווחה לרשות העתיקות. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי מ' פיילשטוקר וד"א סקלר-פרנס בעזרת ק' קובלו-פארן, ס"ר וולף, א' גולני, א' סגל, א' דגוט, ע' עד, ג' פרנוס, א' גורזלזני וה' אבו עוקסה (מנהלי שטחים), ו' אסמן, ו' פירסקי וא' האג'יאן (מדידות ושרטוט), ש' יעקב-ג'אם (מנהלה), צ' שגיב (צילום), י' נגר (אנתרופולוגיה), א' קמייסקי (רפאות) וח' ציון-צינמון (GPS). עזרה נוספת הוגשה על ידי ר' בדחי, צ' הורביץ וס' גולן וצוות ממחוז חיפה של מרחב מרכז ברשות העתיקות.
כשלושה ק"מ מצפון-מזרח לבנימינה, בקצה הדרומי של רכס הכרמל, נמצאת מחצבת שוני. מצפון למחצבה, ברמת הנדיב, נמצאו שרידים מהתקופות הרומית והביזנטית ומצפון-מזרח לה נחפר שדה טומולי המתוארך ככל הנראה לתקופת הברונזה ביניימית. בשטח הנמצא הישר ממערב לפארק הארכיאולוגי של שוני התגלו שרידים של רצפת פסיפס ו-200 מ' מערבה הובחנו שרידים של יישוב קטן המתוארך לתקופת הברונזה התיכונה 2 (איור 1, שטח 1; ר' חדשות ארכיאולוגיות 116: 27-26; Gorzalczany A, 2005, Tel Aviv 32/1: 32-49). בסקר ראשון שערכו מ' היימן וא' ינאי באתר שלא היה ידוע, תועדו כמה קברי פיר שנפגעו לאחרונה וכן כמה קברים שנפגעו בעבר. רוב הקברים שנפגעו נחפרו על ידי ד"א סקלר-פרנס. כן נסקרה סביבת המחצבה על ידי מ' פיילשטוקר שהוסיף פרטים רבים למפת האתר, רובם כוללים כתמים עגולים או מרובעים של אדמה כהה שהצביעו על פירי קברים ונראו בבהירות על פני הסלע האפורים. פעילות החציבה גרמה לאיום מתמיד על הקברים; לכן נערכה חפירת ההצלה.
לצורך החפירה חולק האתר לשלושה שטחים (2–4; איור 1), אשר הוכיחו כי כל המדרון הדרומי של האתר (בגבהים שבין 50 ל-25 מ' מעל פני הים) שימש בית קברות במהלך תקופת הברונזה הביניימית וחזר ושימש בתקופת הברונזה התיכונה 2. קבר אחד שימש בתקופת הברונזה המאוחרת, אחד בתקופת הברזל ואחד עשה שימוש חוזר במערת קבורה כלקוליתית. נחשפו יותר מ-90 קברים, וכן מאוזלאום שלא נחפר המתוארך לתקופה הרומית, וכבשן סיד המתוארך לתקופה הביזנטית.
לקברים פיר מרובע או עגול והם הותקנו בשיטה דומה: הפירים נחצבו בסלע הרך יחסית, שכבת נארי שכיסתה שכבה של סלע דולומיטי קשה. בכל מקום שהפיר הגיע לשכבה הקשה, נחצבו אחד עד שלושה חדרי קבורה. רוב הקברים נמצאו במצב השתמרות טוב, אף שבכמה קברים התמוטטה התקרה של חדרי הקבורה. בקברים נמצאו עצמות אדם ובעלי חיים, לרבות עצמות סוס. רוב הממצאים האוסטיאולוגיים לא היו בארטיקולציה.
באחד החדרים נמצא מצבור עצמות, בהם כמות גדולה של עצמות אדם וכמה כלי חרס. בשלדים שהיו בארטיקולציה הונח הראש קרוב לדופן הקבר. בקבר 70 נמצאה קבוצה של 32 כלי חרס קטנים המתוארכים לתקופת הברונזה הביניימית אשר הכילה עצמות תינוק.
קבר 92 בשטח 4 מייצג דוגמה אופיינית של בית הקברות (איור 2). לקבר פיר כניסה עגול (כ-3 מ' עומק) וחדר קבורה צר (1.2 מ' גובה מרבי) שהגישה אליו היתה דרך פתח רחב. פתח שני בדופן הדרומית של החדר הוביל לחדר נוסף, שפיר חסום שהובחן בדופנו הצפונית מעיד כי נראה היה שייך במקורו לקבר אחר. נמצאו שבעים כלי חרס שלמים ושבעה כלי מתכת בהם חמישה ראשי רמחים. רק שני כלים נמצאו בחדר הנוסף. הכלים כללו קערות, קנקנים, פכים ופכיות המתוארכים כולם לראשית תקופת הב"ת 2א.
מסיכום ראשוני של תוצאות החפירה נראה שהקברים מתקופת הברונזה הביניימית היו קבורות רבים ראשוניות המכילות פרטים רבים. ממצא העצמות מראה שלפחות חלק מהקברים שימשו לקבורת משפחה אחת. קברי הברונזה התיכונה 2 היו דלים בהשוואה לקברים באתרים אחרים.
הממצאים מתקופת הברונזה הביניימית הצטיינו באחידות גבוהה – כל הכלים היו זהים לחלוטין. המכלול היה מוגבל למדיי והכיל בעיקר כלים קטנים: קומקומים, קנקניות, קנקנים קטנים ופכים הדומים לאלה שנמצאו בקברים אחרים מתקופה זו, אף כי סירי הבישול חסרים. הכלים משקפים את התרבות הצפונית, אף שכלים 'סוריים' נדירים. חפצי המתכת כוללים כלים וכלי נשק לרבות גרזינים. המכלולים של תקופת הברונזה התיכונה 2 מציגים מגוון רחב של טיפוסי כלים. ראויים לציון כלים מעוטרים כגון משפחת הכלים הלבנטינית הצבועה (LPW) וכלים אחרים הקשורים בה. חפצים אחרים מתקופת הברונזה התיכונה 2 כללו חפצי מתכת בהם ראשי רמחים בעלי תושבת, חלקם עם שרידים של ידיות העץ, סיכות רכיסה וטבעות וכן חרפושיות, תפוחי אבן, עצמות מעובדות, שיבוצי עצם וחרוזים.
בית הקברות בשוני שייך ככל הנראה לאחד האתרים הסמוכים. כשלושה קילומטרים ממערב לשוני, במישור החוף, נמצא תל מבורך, שנחשפו בו שכבות יישוב המתוארכות לתקופות הברונזה התיכונה 2 והברזל, התקופות הפרסית, ההלניסטית והרומית. שרידים מתקופת הברונזה הביניימית ידועים מתל בורגה, ארבעה קילומטרים מדרום לשוני.