בחפירה נחשפו כ-50 מבני קבורה בנויים באבן מקומית, שמתארם עגול (2.5-1.2 מ' קוטר), סגלגל או מלבני. את המבנים מחברת רחבה מרוצפת באבני כורכר קטנות, שנחשפה ברוב חלקי האתר. המבנים מסודרים בקווים ישרים המעידים על תכנון ותחומים בדרך כלל בקיר בנוי שתי שורות של אבני כורכר שטוחות, לא מסותתות. במבנים הגדולים מגיע רוחב הקיר ל-0.6 מ'. המבנים היו מסודרים לעתים בזוגות ורוצפו לוחות אבן כורכר שבחלקם שרדו. בין שני מבנים מהטיפוס העגול נחשף תא חצוב באבן ומדופן בלוחות כורכר דקים (0.55  × 0.70 מ'). ייתכן כי שימש לקבורה או להנחת מנחות בין שני המבנים. בחלק מהמבנים נתגלו תאי קבורה בנויים ומדופנים באבן כורכר, לעתים מכוסים בלוח כורכר תואם. באחרים נחשפה קבורה בתוך קנקני חרס במגוון גדלים. המבנים היו מקורים בקמרון או בכיפה בשיטת הכיפה המדומה (Corbelling) ששרדה באתרה בכמה מהם. פתחי הקברים פונים צפונה, ככל הנראה בהתאמה לטופוגרפיה המקורית של האתר. בכל מבנה נתגלו 4-1 מצבות משולבות בקיר המזרחי של הקברים, עשויות אבן כורכר, לרוב בתוך נישה או מגרעת בקיר. חלק מן המצבות נמצאו באתרן וחלק לא באתרן, נפולות על הקברים. אין התאמה בין מספר הנקברים לגודל או למספר המצבות.  מתצפית ראשונית עולה כי המצבות של המבנים העגולים פונות למזרח המדויק, והמצבות של המבנים המלבניים נוטות לפנות לצפון-מזרח. הובחנו כמה טיפוסי מצבות, המוכרים מאתרים אחרים כגון שוהם וכיסופים.

 

בכמה מקומות נחשפו עדויות לפולחן. על אחת הרצפות הניגשת לקבר נחשפו סימני שרפה, צמוד למצבה. כמו כן התגלה כלי באתרו בנישה בקיר קבר. בתוך הכלי הובחנו סימני שרפה וייתכן ששימש למנחה שהובאה אל הקבר.

 

בחלק מהמבנים נמצאו גלוסקמאות עשויות מאבן כורכר ומחרס, כמה מהן לא באתרן. אחת נמצאה שבורה ונוטה על צדה ואחרת נמצאה ריקה. במבנים הגדולים נמצאו לעתים שתי גלוסקמאות ובקטנים יותר אחת בכל אחד.
חלק מהגלוסקמאות נמצאו מכוסות בלוח אבן כורכר תואם (7-6 ס"מ עובי), בתוכן ממצא אוסטיאולוגי דל, במצב השתמרות גרוע מאוד, ככל הנראה בשל תנאי הסביבה.
לרוב הגלוסקמאות צורת ביצה, מעין תיבה מוארכת עם פינות מעוגלות ופאות קמורות קמעה (0.4 × 0.6 מ' מידות ממוצעות, 0.3 מ' גובה). רצפתן בדרך כלל עבה מאוד (עד 0.1 מ').
שתי גלוסקמאות הן מטיפוס אחר: צורתן דמוית טיפה, הן צרות יותר באחד הקצוות. כן נמצאו שתי גלוסקמאות קטנות.
 

שיטת קבורה ייחודית נוספת שהתגלתה בפלמחים כונתה 'קבורת סולם': סדרה של תאי קבורה מלבניים המסודרים ברצף, שהצלע הארוכה היא קיר משותף לשניים עד ארבעה תאים. סידור זה מקנה למבנה צורה של סולם שוכב. תאים אלה נמצאו מכוסים בלוחות אבן, ובתוכם ממצא אוסטיאולוגי דל. יש שהקבר חפור ברצפה בין קברים נוספים ויש ששיטה זאת נחשפה בתוך מבנה קבורה מהטיפוס המלבני.
קברים מטיפוס זה מוכרים מאזורים אחרים, אך אף פעם לא תוארכו בוודאות, שכן באזור הנגב מעולם לא נחפרו ובחפירות בשכונת ברנע באשקלון התגלו ללא ממצא מתארך (א' גולני, מידע בעל פה). בחפירות בפלמחים נחשפו קברים אלה לראשונה בהקשר כלקוליתי ברור ונראה שטיפוס זה נמנה עם השלבים הראשונים של השימוש בבית הקברות.
במבנים אחדים יש שילוב מספר רב של צורות קבורה – גלוסקמאות, תאי קבורה וקבורה בקנקנים.

 

ניתן להבחין בסטרטיגרפיה פנימית וכרונולוגיה יחסית בקבוצת המבנים: מבנה שחותך ומבטל מבנה קדום, מבנה קבורה הבנוי על תאי קבורה ומבטל אותם, מבנה נוסף בנוי אף הוא מעליהם, אך לאחר פער מסוים הניכר במילוי סחף שהצטבר. בית הקברות שימש אם כן במשך כמה דורות.


נוסף על 20 הגלוסקמאות והמצבות, נחשף מכלול מצומצם של כלי חרס עשויים חומר גס ופריך: קנקנים, פכים וכמה בזיכים, המהווים מאובן מנחה המתארך את בית הקברות לשלב הע'סולי של התקופה הכלקוליתית. בשל תנאי מזג האוויר והקרבה לים, החומר פריך מאוד ובמצב השתמרות גרוע. במקום אחד נחשף כוך חצוב באבן הכורכר, מחוץ למבנים, המזכיר את הכוך שהתגלה במבנה הלבנים בבית הקברות בכיסופים. בתוך הכוך נמצא פך חרס שלם. עוד נמצאו כמה כלי צור, בהם להבים, להבים זעירים משובררים שברור עדין וגרעיני להבים אשר תוארכו לתקופה הכלקוליתית. כן נמצאו חרוז ותליון מלבני עשוי אבן כורכר שלו שני חורים. כמוהו, אך עשויים מחומרים אחרים מוכרים מכיסופים ומחפירות גופנא בפלמחים.

החפירה חשפה בית קברות שניתן לתארכו בוודאות על סמך כלי החרס לתקופה הכלקוליתית (האלף הרביעי לפנה"ס).
 

קבורה בגלוסקמאות אופיינית למנהגי הקבורה של התקופה. הגלוסקמאות עשויות חרס אם כי ידועות גם גלוסקמאות מאבן גיר בקולה ובבן שמן. גלוסקמאות מכורכר נדירות יחסית ומוכרות מבני ברק, גבעתיים וכיסופים. נראה שחומר הגלם המקומי הכתיב את חומר הבנייה של הגלוסקמאות.