בחודש פברואר 2006 נערכה חפירת הצלה בכפר יסיף (הרשאה מס' 4901-A; נ"צ 21571-2/76210-2). החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ר' אבו ריא (מדידות), בסיוע י' יעקובי (מנהלה), ה' סמיטליין (צילום שטח), א' בלשוב (שרטוט), ח' טחן (ציור) וד"צ אריאל (נומיסמטיקה).
נחפר ריבוע אחד במרכז הכפר, מצפון למסגד הישן ונחשפו יסודות של שני קירות מהתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה.
בשכבת פני השטח (כ-0.1 מ' עובי) לוקטו חרסים מזוגגים מהתקופה הממלוכית (המאות הי"ג–הי"ד לסה"נ). מתחת לשכבת פני השטח נחשפו יסודות של שני קירות (W2 ,W1; איורים 1, 2); קיר 1 חותך את קיר 2 שנבנה בציר צפון–דרום (2.5 מ' אורך, 1.8 מ' רוחב, 0.5–0.8 מ' גובה השתמרות). הפן המזרחי של קיר 2 בנוי על הסלע מנדבך אחד של אבנים מהוקצעות גדולות, ואילו הפן המערבי בנוי משני נדבכים של אבני גוויל בינוניות וקטנות ומונח על אדמת חרסית (לוקוס 106) המונחת על הסלע; בתווך יש מילוי של אבני גוויל בינוניות וקטנות. בהצטברות אדמה הניגשת אל הפן המזרחי של קיר 2 (לוקוס 102) התגלה מטבע משלהי התקופה הרומית (395–408 לסה"נ; מס' ר"ע 111756). בקיר ובתעלות היסוד שלו(לוקוסים 103, 104, 106, 109) התגלה ממצא קרמי, ובו חרס יחיד של קנקן מהמאות הא'–הב' לסה"נ (איור 3: 1), וכן חרסים רבים מהתקופה הביזנטית, ובהם שתי קערות ייבוא מקפריסין (איור 3: 2, 3), ארבעה קנקנים (איור 3: 4–7), מהם שניים מטיפוס עוצה (4, 5) ואחד עם שפה קצרה מעובה (6; המאות הה'–הו' לסה"נ). החרס והמטבע מהתקופה הרומית מלמדים כנראה שבאזור יש שרידים מתקופה זו שטרם נחשפו.
קיר 1 נבנה בציר מזרח–מערב (5 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה השתמרות) באבני גוויל בינוניות וקטנות המלוכדות בחומר מליטה אפור. תעלת היסוד של קיר 1 רחבה (לוקוס 107), והיא מלאה באדמה אפורה ואבני גוויל בינוניות. במילוי של תעלת היסוד התגלו חרסים מהתקופות האומיית והעבאסית, ובהם קערת ייבוא מצרית ממורקת אדום (איור 3: 8) ושני קנקני חבית שחורים (איור 3: 9, 10; המאות הז'–הח' לסה"נ).