בכפר נין נערכו חפירות רבות ובהן נחשפו מפלסי חיים מתקופת הברונזה הביניימית, מבנים מהתקופות ההלניסטית והרומית הקדומה, מערכת מסתור מהתקופה הרומית, גתות מהתקופה הביזנטיתושרידי מבנים מהתקופות האסלאמית הקדומה, הצלבנית, הממלוכית והעות'מאנית (אבו זידאן 2014, ור' שם ביבליוגרפיה).